Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A27 F34 I0 R2
|
578 |
165.1 |
5883352 |
98.2% |
5777451 |
141.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
958,771 |
A→T |
7.6% |
intergenic (+30/‑41) |
serC → / → aroA |
3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase/5‑enolpyruvylshikimate‑3‑phosphate synthetase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 958,771 | 0 | A | T | 7.6%
| 585.7
/ 29.3
| 170 | intergenic (+30/‑41) | serC/aroA | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase/5‑enolpyruvylshikimate‑3‑phosphate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (72/85); new base T (8/5); total (80/90) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.87e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
TGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACAC > NC_000913/958626‑958919
|
tGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACagccagcc > 2:1273130/1‑149 (MQ=255)
tGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACagccagcc > 2:1248943/1‑149 (MQ=255)
tGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACagccagcc > 1:467500/1‑149 (MQ=255)
aaGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCtgt < 3:193937/149‑1 (MQ=255)
tCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGGCTGGCTGTgggg < 4:1308771/149‑1 (MQ=255)
tCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTgggg > 2:42414/1‑149 (MQ=255)
cACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGGCTGGCTGTgggga < 1:165264/149‑2 (MQ=255)
aCCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGtt < 4:204596/149‑1 (MQ=255)
cGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGtttt < 4:1137411/149‑1 (MQ=255)
gtgtGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGttttt < 1:1351942/149‑1 (MQ=255)
gtgtGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAAAGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGttttt > 3:509268/1‑149 (MQ=255)
tgtgGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTa < 3:273242/149‑1 (MQ=255)
gtgGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTAt < 3:58933/149‑1 (MQ=255)
gTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTc < 4:556591/149‑1 (MQ=255)
tCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGGCTGGCTGTgggga < 3:1287060/139‑2 (MQ=255)
tCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCt > 1:369566/1‑149 (MQ=255)
tCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCt < 2:1066531/149‑1 (MQ=255)
ggAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCtgttgt < 1:777443/149‑1 (MQ=255)
gAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTa < 1:1273130/149‑1 (MQ=255)
aTGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTaga < 1:500161/149‑1 (MQ=255)
tGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAATCACTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTGATGCCGAAATATTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTGTTTCTGTTGTagag > 4:898163/1‑149 (MQ=255)
gcgcgcTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTagaga < 2:185839/149‑1 (MQ=255)
cgcgcTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTagagag < 1:801313/149‑1 (MQ=255)
cgcTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagtt < 1:245821/149‑1 (MQ=255)
cTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagttga < 2:77438/149‑1 (MQ=255)
ttCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCtgtg > 4:1044403/1‑119 (MQ=255)
ttCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCtgtg < 3:1044403/119‑1 (MQ=255)
ttCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagttgag > 1:662590/1‑149 (MQ=255)
ttCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagttgag > 2:890385/1‑149 (MQ=255)
tATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTc < 2:483600/149‑1 (MQ=255)
aTTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCa > 1:395545/1‑149 (MQ=255)
tttATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGGCTGGCTGTgggga > 4:481310/1‑117 (MQ=255)
tttATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCAt < 2:118987/149‑1 (MQ=255)
tttATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCAt < 2:467500/149‑1 (MQ=255)
tttATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCAt > 2:595656/1‑149 (MQ=255)
tttATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCAt > 4:743942/1‑149 (MQ=255)
tttATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCAt < 3:177374/149‑1 (MQ=255)
ttATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATg < 3:342512/149‑1 (MQ=255)
ttATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATg < 3:1449471/149‑1 (MQ=255)
ttATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATg < 2:822221/149‑1 (MQ=255)
tataACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATgg > 1:560984/1‑149 (MQ=255)
taACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCTGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGaa < 1:1076971/149‑1 (MQ=255)
aaCGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAAt > 1:932695/1‑149 (MQ=255)
aaCGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAAt < 2:106468/149‑1 (MQ=255)
aCGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATc < 1:42414/149‑1 (MQ=255)
gCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATccc > 4:1000170/1‑149 (MQ=255)
tGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGAc < 1:890385/149‑1 (MQ=255)
cGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGtt < 4:1443504/149‑1 (MQ=255)
cGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGtt > 3:1194904/1‑149 (MQ=255)
gCTGGAAGACGTTAAAGCGATGACAGACTTCATGGTTAAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATATTGCTTAATCCCCACAACCAGCCTGTGGGGTTTTTCTTTCTGTCGTAGAGAGTTGAGTTCGTGGAAACCCTGACGTTa < 2:642652/149‑1 (MQ=255)
cTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTAc < 4:1211083/149‑1 (MQ=255)
cGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTagaga > 2:1448806/1‑113 (MQ=255)
gTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCg > 2:389701/1‑149 (MQ=255)
aGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCgt > 2:974098/1‑149 (MQ=255)
gcgcTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCgtg > 3:739886/1‑149 (MQ=255)
gcgcTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCgtg > 2:73941/1‑149 (MQ=255)
gACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGAt < 4:1066086/149‑1 (MQ=255)
aCAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCCGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATTGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATg > 3:207438/1‑149 (MQ=255)
ttCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCtgtg < 3:1352634/70‑1 (MQ=255)
ttCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCtgtg > 4:1352634/1‑70 (MQ=255)
ttCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTa > 1:1350467/1‑149 (MQ=255)
gTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATc > 4:536460/1‑149 (MQ=255)
tGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTg > 1:374489/1‑149 (MQ=255)
gTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagtt > 1:1139671/1‑86 (MQ=255)
gTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagtt < 2:1139671/86‑1 (MQ=255)
gTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAAGCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGccc < 3:1091582/149‑1 (MQ=255)
gAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGtt > 2:927503/1‑149 (MQ=255)
aCGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTcc < 2:336141/149‑1 (MQ=255)
gCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCaa < 1:1035799/149‑1 (MQ=255)
tCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGc > 3:103692/1‑149 (MQ=255)
tCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGc > 4:1107142/1‑149 (MQ=255)
tCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGc < 4:1017696/149‑1 (MQ=255)
cGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGtt < 3:738638/149‑1 (MQ=255)
ggTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGttt < 2:1350467/149‑1 (MQ=255)
cGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACcgcg > 1:733648/1‑149 (MQ=255)
gAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCgcgc > 1:981421/1‑149 (MQ=255)
aaaTTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCt < 4:1160040/149‑1 (MQ=255)
tttGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTAt < 2:374489/149‑1 (MQ=255)
ttGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTAtt < 2:662590/149‑1 (MQ=255)
cTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCt > 1:492816/1‑149 (MQ=255)
ttAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATgg > 4:321171/1‑97 (MQ=255)
ttAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTg > 3:1310423/1‑149 (MQ=255)
ttAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTg < 3:1392121/149‑1 (MQ=255)
aaaaccccACAGGCTGGCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTgg > 4:848287/5‑149 (MQ=255)
aaTCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGcc > 2:218909/1‑110 (MQ=255)
aaTCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGcc < 1:218909/110‑1 (MQ=255)
aaTCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGTGCTTTATTGCTggc < 4:286498/149‑1 (MQ=255)
aaccccACAGGCTGGCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTggcg > 2:1416026/3‑149 (MQ=255)
tCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTggcgg > 4:36767/1‑149 (MQ=255)
accccACAGGCTGGCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTggcgg > 3:457802/2‑149 (MQ=255)
ccccACAGGCTGGCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTggcggc > 3:921526/1‑149 (MQ=255)
cccACAGGCTGGCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCa > 4:1358008/1‑149 (MQ=255)
ccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCt < 3:881873/102‑1 (MQ=255)
ccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCAt > 3:769391/1‑149 (MQ=255)
acaGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTAtt < 1:707306/136‑1 (MQ=255)
acaGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTAtt > 2:707306/1‑136 (MQ=255)
acaGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTa < 3:47652/149‑1 (MQ=255)
acaGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTa < 1:673449/149‑1 (MQ=255)
gccagccTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGca < 1:267431/149‑1 (MQ=255)
agccTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCacac < 4:407980/149‑1 (MQ=255)
|
TGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACAC > NC_000913/958626‑958919
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
