Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F176 I0 R1
|
792 |
112.0 |
3729108 |
98.1% |
3658254 |
142.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
958,773 |
C→G |
7.7% |
intergenic (+32/‑39) |
serC → / → aroA |
3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase/5‑enolpyruvylshikimate‑3‑phosphate synthetase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 958,773 | 0 | C | G | 7.7%
| 529.0
/ 26.8
| 153 | intergenic (+32/‑39) | serC/aroA | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase/5‑enolpyruvylshikimate‑3‑phosphate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/81); new base G (5/7); total (65/88) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.32e-01 |
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
GAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACG > NC_000913/958627‑958920
|
aaGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCtgt < 3:13002/149‑1 (MQ=255)
gTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTggg > 1:186829/1‑149 (MQ=255)
tCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGGCTGGCTGTgggg < 2:64560/149‑1 (MQ=255)
cACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGGCTGGCTGTgggga < 3:562522/149‑2 (MQ=255)
ccGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGGCTGGCTGTGGGGatt > 3:445032/1‑149 (MQ=255)
gtgtGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGGCTGGCTGTGGGGattaa < 4:445032/149‑3 (MQ=255)
gtgtGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGGCTGGCTGTGGGGattaa < 1:905536/149‑3 (MQ=255)
tgtgGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTa < 4:35633/149‑1 (MQ=255)
tgtgGTCAGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGACGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTCCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTa < 4:1450/149‑1 (MQ=255)
gtgGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTAt < 2:252425/149‑1 (MQ=255)
ggTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTAttt < 1:25107/149‑1 (MQ=255)
ggTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTAttt < 2:546155/149‑1 (MQ=255)
cggcggAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCtg < 2:665374/149‑1 (MQ=255)
gcggAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCtgtt < 4:500634/149‑1 (MQ=255)
gAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTa < 4:321539/149‑1 (MQ=255)
cgcgcTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTagagag < 2:377061/149‑1 (MQ=255)
gcgcTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGGCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagt < 4:344791/149‑1 (MQ=255)
gcgcTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagt > 3:144733/1‑149 (MQ=255)
gcgcTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagt < 4:861445/149‑1 (MQ=255)
cgcTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagtt < 2:929095/149‑1 (MQ=255)
cTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagttga > 1:364478/1‑149 (MQ=255)
cTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagttga > 1:892028/1‑149 (MQ=255)
ttCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagttgag < 3:265075/149‑1 (MQ=255)
tATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTc > 4:269355/1‑149 (MQ=255)
aTTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCa < 1:800639/149‑1 (MQ=255)
tttATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCAt < 1:934378/149‑1 (MQ=255)
tttATAACGCCATGCCGCTCGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTT‑AGTTCATg < 4:651406/149‑1 (MQ=255)
ttATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATg < 3:831059/149‑1 (MQ=255)
ataACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCt > 3:181097/1‑125 (MQ=255)
ataACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCt < 4:181097/125‑1 (MQ=255)
ataACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCAAGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGa > 2:291565/1‑149 (MQ=255)
aaCGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAAt > 4:224844/1‑149 (MQ=255)
ccATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCt < 2:155412/149‑1 (MQ=255)
ccATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCt < 3:762719/149‑1 (MQ=255)
ccATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCt > 2:817942/1‑149 (MQ=255)
aTGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCGCAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATCTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGa < 4:257952/149‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGa < 4:567530/149‑1 (MQ=255)
gCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGGCTGGCTGTggggattaa < 4:310754/109‑6 (MQ=255)
gCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGGCTGGCTGTGGGGattaa > 3:310754/1‑107 (MQ=255)
gCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCAt < 2:458706/149‑1 (MQ=255)
gCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCAt < 1:817942/149‑1 (MQ=255)
gTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTagaga > 3:458326/1‑112 (MQ=255)
gTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTagaga < 4:458326/112‑1 (MQ=255)
aaaGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTc < 4:241905/149‑1 (MQ=255)
aaaGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTc < 4:832645/149‑1 (MQ=255)
aaaGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTc > 2:931676/1‑149 (MQ=255)
aaGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCg > 2:598981/1‑149 (MQ=255)
aGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCgt > 3:294127/1‑149 (MQ=255)
aGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCgt < 1:626316/149‑1 (MQ=255)
tGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGa > 3:793441/1‑149 (MQ=255)
gACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGAt > 1:689835/1‑149 (MQ=255)
cAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAAACCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATgg < 2:436653/149‑1 (MQ=255)
aGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCAt > 3:723866/1‑109 (MQ=255)
aGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCAt < 4:723866/109‑1 (MQ=255)
aGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGc > 4:372066/1‑149 (MQ=255)
aGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGc > 4:893164/1‑149 (MQ=255)
gACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCa < 3:269355/149‑1 (MQ=255)
gACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCa < 3:893164/149‑1 (MQ=255)
aCTTCATGGTTCAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCAGAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCAGGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCAc > 1:762890/1‑149 (MQ=255)
ttCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAAt < 2:380419/110‑1 (MQ=255)
ttCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTa > 1:492164/1‑149 (MQ=255)
ttCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTa > 3:879189/1‑149 (MQ=255)
aTGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGCTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTa < 2:364478/149‑1 (MQ=255)
tGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTaa < 2:186829/149‑1 (MQ=255)
cGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGt < 2:757671/149‑1 (MQ=255)
aaCGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTc > 2:629971/1‑149 (MQ=255)
aCGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTcc < 3:184208/149‑1 (MQ=255)
aCGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTcc < 4:144733/149‑1 (MQ=255)
ccGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAag > 4:877159/1‑149 (MQ=255)
cGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAaga > 1:822660/1‑149 (MQ=255)
gTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAagag > 4:286509/1‑149 (MQ=255)
tCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGc > 2:626190/1‑149 (MQ=255)
aCGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGt < 4:261704/149‑1 (MQ=255)
aCGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGt < 2:705577/149‑1 (MQ=255)
aggTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGtt < 1:291565/148‑1 (MQ=255)
ggTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGttt < 1:408706/149‑1 (MQ=255)
ggTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGttt < 2:30665/149‑1 (MQ=255)
aaTGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTaa < 1:628846/149‑1 (MQ=255)
gCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCaa < 1:212664/134‑1 (MQ=255)
cGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACcgcg > 2:77855/1‑149 (MQ=255)
gAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATc > 3:599851/1‑74 (MQ=255)
ttttGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATcc > 1:683346/1‑71 (MQ=255)
tttGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTAt < 4:793441/149‑1 (MQ=255)
ttGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTAtt < 3:877159/149‑1 (MQ=255)
ttGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTAtt < 1:798733/149‑1 (MQ=255)
tGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTg < 1:561257/149‑1 (MQ=255)
gCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGc < 1:598981/149‑1 (MQ=255)
ttAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCGCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTg > 3:601198/1‑149 (MQ=255)
aaTCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTggc > 4:385311/1‑149 (MQ=255)
aTCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTggcg < 3:358958/149‑1 (MQ=255)
tCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTaa > 2:804457/1‑129 (MQ=255)
cccACAGGCTGGCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCa > 4:364740/1‑149 (MQ=255)
ccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCaa < 1:307693/114‑1 (MQ=255)
ccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCAt < 3:635164/149‑1 (MQ=255)
ccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCAt < 3:228589/149‑1 (MQ=255)
cacaGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGttt > 3:429102/1‑121 (MQ=255)
acaGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTa < 4:615486/149‑1 (MQ=255)
ctgccagccTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAg < 2:271079/147‑1 (MQ=255)
cagccagcCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAg < 2:607380/149‑1 (MQ=255)
gccTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACg < 1:544779/149‑1 (MQ=255)
|
GAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACG > NC_000913/958627‑958920
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
