Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A27 F34 I0 R2
|
578 |
165.1 |
5883352 |
98.2% |
5777451 |
141.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,292,472 |
G→A |
6.5% |
intergenic (+107/+37) |
galU → / ← hns |
glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,292,472 | 0 | G | A | 6.5%
| 448.6
/ 10.4
| 137 | intergenic (+107/+37) | galU/hns | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/67); new base A (5/4); total (66/71) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.38e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
AAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTT > NC_000913/1292327‑1292617
|
tGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGa > 4:873506/1‑149 (MQ=255)
ggCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGAt < 1:1230163/149‑1 (MQ=255)
ggCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGAt < 4:127609/149‑1 (MQ=255)
gCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCAGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGAtt < 4:873989/149‑1 (MQ=255)
ttGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCAGC‑GGCGGGAtttt < 1:1191954/149‑1 (MQ=255)
ttGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGAtttt < 1:751166/149‑1 (MQ=255)
gaagagGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCGCGAAAAGGCGTTGAGCAATCGCCGCAGTTTTTTTATAGCTTATTCTTAAAAAATTGTCTTAACCCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTaa < 2:514811/149‑1 (MQ=255)
gaagaaGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTaa > 2:170255/1‑149 (MQ=255)
gtagagATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGAt > 4:1000462/3‑141 (MQ=255)
gaagaGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGAt > 1:446038/1‑141 (MQ=255)
agaTGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTaa < 3:135343/142‑1 (MQ=255)
gaTGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGc > 3:12864/1‑149 (MQ=255)
gggCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAAt < 4:871693/149‑1 (MQ=255)
gggCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAAt > 4:570058/1‑149 (MQ=255)
aTTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTg > 4:236921/1‑141 (MQ=255)
aTTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTg < 3:236921/141‑1 (MQ=255)
aTTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTAc > 2:820700/1‑149 (MQ=255)
agaagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACaaaa < 2:1036618/149‑1 (MQ=255)
aagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACaaaa < 2:1021516/147‑1 (MQ=255)
aagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACaaaa > 1:1021516/1‑147 (MQ=255)
aagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGa < 1:485005/149‑1 (MQ=255)
aagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGa > 1:405819/1‑149 (MQ=255)
gTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGatt < 3:873506/149‑1 (MQ=255)
tAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGatta < 4:13709/149‑1 (MQ=255)
aCATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGattatt > 4:805834/1‑149 (MQ=255)
tCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCt > 1:25085/1‑149 (MQ=255)
tCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCt > 3:391434/1‑149 (MQ=255)
gTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGa < 3:796668/149‑1 (MQ=255)
tgtTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTaa > 4:1437192/1‑110 (MQ=255)
gtTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAACCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGaaa < 3:1056421/149‑1 (MQ=255)
tATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtc < 4:391434/149‑1 (MQ=255)
tCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcgt < 1:820700/149‑1 (MQ=255)
ccACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcgtc < 4:546910/149‑1 (MQ=255)
ccACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcgtc < 4:1270234/149‑1 (MQ=255)
cACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcgtcg > 1:219454/1‑149 (MQ=255)
ggttaaCGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGa < 2:308217/145‑1 (MQ=255)
aCGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAAt > 3:81778/1‑113 (MQ=255)
aCGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGa > 3:1452150/1‑149 (MQ=255)
aCGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGa < 4:1072692/149‑1 (MQ=255)
aCGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGa > 3:1179704/1‑149 (MQ=255)
gAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATTGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAgg > 2:427496/1‑149 (MQ=255)
aCGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATTGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGAt < 1:427496/149‑1 (MQ=255)
ggCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGAttt < 1:995810/149‑1 (MQ=255)
gCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTa > 1:118008/1‑149 (MQ=255)
gCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGa < 2:1193400/88‑1 (MQ=255)
gTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTAcc > 1:1003379/1‑149 (MQ=255)
gTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTAcc < 1:814266/149‑1 (MQ=255)
gTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTAcc > 1:155325/1‑149 (MQ=255)
gAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTg > 2:590181/1‑149 (MQ=255)
gAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTg < 2:809463/149‑1 (MQ=255)
aGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGc < 1:1256899/149‑1 (MQ=255)
aGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGc < 1:170255/149‑1 (MQ=255)
aGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGc > 4:410277/1‑149 (MQ=255)
aaTCGACGCCGTTTTTTTATCGCTTATTCTTATTAAATTTTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATTAGGAAGTCGTCAAGGGATTTACCTTGCTCa > 2:967176/1‑149 (MQ=255)
aaTCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCa > 1:1415593/1‑149 (MQ=255)
tCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATc > 3:534992/1‑149 (MQ=255)
tCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATc < 2:44022/149‑1 (MQ=255)
tCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATc > 1:40448/1‑149 (MQ=255)
aCGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCAt > 1:1237997/1‑149 (MQ=255)
aCGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCAt > 1:700232/1‑149 (MQ=255)
tataGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGAt < 2:1003379/149‑1 (MQ=255)
tataGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGAt > 4:702379/1‑149 (MQ=255)
taGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGAt < 3:390974/147‑1 (MQ=255)
taGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGAt > 4:390974/1‑147 (MQ=255)
taGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTa < 2:1466896/149‑1 (MQ=255)
taGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTa > 3:829733/1‑149 (MQ=255)
cttattcttattAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAg > 3:1025789/1‑149 (MQ=255)
attcttattAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTg < 3:1379095/149‑1 (MQ=255)
cttattAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAg > 4:935129/1‑149 (MQ=255)
ttaAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACg > 1:1239598/1‑149 (MQ=255)
ttaAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACg > 2:1380382/1‑149 (MQ=255)
aaaTTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGc < 2:155325/149‑1 (MQ=255)
aaTTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGcc < 4:1086403/149‑1 (MQ=255)
ttGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCAtt < 4:913148/118‑1 (MQ=255)
ttGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCtt < 4:81733/149‑1 (MQ=255)
tCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGc < 1:659194/106‑1 (MQ=255)
ttAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGa > 3:732165/1‑94 (MQ=255)
ttAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGa < 4:732165/94‑1 (MQ=255)
ttAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCa > 3:17629/1‑149 (MQ=255)
ttAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCa > 1:841818/1‑149 (MQ=255)
aaCCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTc < 2:1081869/149‑1 (MQ=255)
cGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAg < 4:730512/149‑1 (MQ=255)
cGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAg > 2:803627/1‑149 (MQ=255)
gACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGt < 2:118008/149‑1 (MQ=255)
gcttaaaaTCCCGCC‑AGCGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTACTGCTTGATCAGGAAATCGACGAGGGATTTACCTTGCACATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTATGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTa > 2:1453809/5‑149 (MQ=255)
aTAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTa < 4:1353476/149‑1 (MQ=255)
aTAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTCGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTa < 4:1373944/149‑1 (MQ=255)
tAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAACAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAg > 1:566011/1‑149 (MQ=255)
ttaaaaTCCCGCCAGC‑GGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTa > 3:1185064/3‑147 (MQ=255)
ttaaaaTCCCGCCAGC‑GGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTa < 4:1185064/145‑1 (MQ=255)
ttaaaaTCCCGCC‑AGCGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGt > 3:712643/3‑149 (MQ=255)
aaaaaaTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGa < 1:1304638/50‑1 (MQ=255)
aaaTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTc < 3:932633/149‑1 (MQ=255)
aaaTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTc < 3:612173/149‑1 (MQ=255)
aaTCCCGCCAGC‑GGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCg > 1:1051511/1‑149 (MQ=255)
aaTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCg > 3:1397394/1‑149 (MQ=255)
aTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGc > 3:100305/1‑149 (MQ=255)
cgcc‑gcTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGtttt > 1:747348/1‑137 (MQ=255)
cgcc‑gcTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGtttt < 2:747348/137‑1 (MQ=255)
gcc‑gcTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTTGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGttt > 3:1329456/1‑149 (MQ=255)
|
AAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTT > NC_000913/1292327‑1292617
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
