Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A20 F33 I0 R1
|
257 |
164.2 |
5999246 |
98.1% |
5885260 |
142.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,292,472 |
G→A |
6.2% |
intergenic (+107/+37) |
galU → / ← hns |
glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,292,472 | 0 | G | A | 6.2%
| 572.3
/ 15.2
| 175 | intergenic (+107/+37) | galU/hns | glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/87); new base A (7/4); total (84/91) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
TTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTT > NC_000913/1292324‑1292617
|
ttAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGAGGGGAATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTTAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTAAAACCGGACAATAAAAAATCCcgcc‑gc < 2:1505040/149‑1 (MQ=255)
aaGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTgg < 3:376507/149‑1 (MQ=255)
tGGCTTGAACAAGAGATGGGCATTAAGAGGTAACATCCGTATCGGTGGTCTCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGTCGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAGTAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGa < 3:1253487/149‑1 (MQ=255)
ggCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCAGC‑GGCGGGAt < 1:1009954/149‑1 (MQ=255)
ggCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGAt < 1:1130583/149‑1 (MQ=255)
ggCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGAt > 1:607917/1‑149 (MQ=255)
ggCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAAGAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGAt < 2:1355179/149‑1 (MQ=255)
gaagaaGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTaa < 3:499173/149‑1 (MQ=255)
aagaagAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAg > 2:220158/1‑149 (MQ=255)
agaagaGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGc > 3:903596/1‑149 (MQ=255)
gaagaGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑AGCGGCGGGAttttttatt < 2:607917/149‑6 (MQ=255)
aagaGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCaa < 3:1237083/149‑1 (MQ=255)
aagaGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCaa < 1:616703/149‑1 (MQ=255)
gagaTGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGt < 1:230772/149‑1 (MQ=255)
gagaTGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGt > 3:573461/1‑149 (MQ=255)
agaTGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTg < 2:1295836/149‑1 (MQ=255)
tGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGt < 2:652955/145‑1 (MQ=255)
tGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGt > 1:652955/1‑145 (MQ=255)
agaagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACaaaa < 3:1064177/149‑1 (MQ=255)
aagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGa < 2:527279/149‑1 (MQ=255)
attAACATCCGTATCGGTGTTATCCACAAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTTTAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGat < 4:1230257/147‑1 (MQ=255)
aaCATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGattat < 4:699513/149‑1 (MQ=255)
aTCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGattatt > 1:1390028/1‑147 (MQ=255)
aTCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGc < 3:928144/149‑1 (MQ=255)
tCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCt < 4:1215451/149‑1 (MQ=255)
ccGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCtt < 4:635913/149‑1 (MQ=255)
ccGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCtt < 1:1497459/149‑1 (MQ=255)
gTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGa > 3:324612/1‑149 (MQ=255)
aTCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATc < 4:840936/149‑1 (MQ=255)
aTCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATc < 2:757612/149‑1 (MQ=255)
cGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAg < 3:38492/149‑1 (MQ=255)
ttATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAt < 2:193778/149‑1 (MQ=255)
gctataaaaAAACGGCGTCGATTGCTCAACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCaa > 3:952852‑M1/10‑118 (MQ=255)
tATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtc < 2:468182/149‑1 (MQ=255)
aTCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcg > 3:776659/1‑149 (MQ=255)
cACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAtcgtcg > 3:682158/1‑149 (MQ=255)
aCGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCTCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGa > 4:1369022/1‑149 (MQ=255)
aCGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGa < 4:1207647/149‑1 (MQ=255)
aCGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGa < 2:451020/149‑1 (MQ=255)
cGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAg < 2:67552/149‑1 (MQ=255)
aacggcgtcgattgctcaacgccgtttTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGa > 4:208585‑M2/28‑149 (MQ=255)
AACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGa < 3:117246‑M1/149‑1 (MQ=255)
GGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGAttt < 4:1293209‑M1/149‑1 (MQ=255)
GGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGG‑ATTTa < 4:880102‑M1/149‑1 (MQ=255)
GTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTAcc > 1:741686‑M1/1‑149 (MQ=255)
aaTCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCa > 1:485089/1‑149 (MQ=255)
acgccgtttTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCAt < 3:1022458‑M2/140‑1 (MQ=255)
gccgtttTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTg > 3:618178‑M2/8‑149 (MQ=255)
gccgtttTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTg < 2:959066‑M2/142‑1 (MQ=255)
gccgtttTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCACCCATTg > 3:1372756‑M2/8‑149 (MQ=255)
tttTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCttt > 2:1253973‑M2/4‑149 (MQ=255)
tttTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCttt > 3:192273‑M2/4‑149 (MQ=255)
tttTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCttt > 2:334487‑M2/4‑149 (MQ=255)
ttTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCtttt < 2:1395654‑M2/147‑1 (MQ=255)
ttTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCtttt < 3:120408‑M2/147‑1 (MQ=255)
ttttATCGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCtttttt < 1:400191/149‑1 (MQ=255)
ttttATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCtttttt < 3:1360260/149‑1 (MQ=255)
gCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACa > 2:819154/1‑149 (MQ=255)
gCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACa > 4:858185/1‑149 (MQ=255)
attcttattAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTg < 4:1365024/149‑1 (MQ=255)
ttcttattAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGattat > 4:378235/1‑84 (MQ=255)
ttcttattAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGattat < 3:378235/84‑1 (MQ=255)
tcttattAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGa < 4:573461/149‑1 (MQ=255)
ttattaAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAg < 1:1307055/57‑1 (MQ=255)
ttattaAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAg > 2:1307055/1‑57 (MQ=255)
tattaAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTa > 2:287743/1‑149 (MQ=255)
attaAATTGTCTTAAACCGGACAATTAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCCATCTACAAAAGATTATTGTTTAATCTGAAAATCGACTAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTCTTTTGATTACAGTTGGAGTag > 3:544784/1‑148 (MQ=255)
attaAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAg > 1:1004140/1‑90 (MQ=255)
ttaAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACg > 3:1000187/1‑149 (MQ=255)
ttaAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACg > 1:1428747/1‑149 (MQ=255)
ttaAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACg > 4:1343009/1‑149 (MQ=255)
ttaAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACg > 3:892977/1‑149 (MQ=255)
ttaAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACg > 1:699087/1‑149 (MQ=255)
aTTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCt > 3:473776/1‑149 (MQ=255)
aTTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATATACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCt > 3:856329/1‑149 (MQ=255)
tGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTg < 2:800178/149‑1 (MQ=255)
gTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTgg < 3:1293209/149‑1 (MQ=255)
ttAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCa > 2:1386389/1‑149 (MQ=255)
ttAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCa > 4:1131567/1‑149 (MQ=255)
ttAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCa < 3:70289/149‑1 (MQ=255)
tAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAg < 1:987672/149‑1 (MQ=255)
aaaCCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGt > 3:1193911/1‑149 (MQ=255)
cGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAg > 2:775260/1‑149 (MQ=255)
ggACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGAt > 4:1079182/1‑88 (MQ=255)
ggACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGAt < 3:1079182/88‑1 (MQ=255)
gACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGt < 4:1044264/149‑1 (MQ=255)
aaTAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGtttt > 2:1409276/1‑149 (MQ=255)
aaTAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGtttt < 4:470045/149‑1 (MQ=255)
gcttaaaaTCCCGCC‑AGCGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTa > 4:1161791/5‑149 (MQ=255)
aTAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTa < 4:776659/149‑1 (MQ=255)
aTAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTa < 4:384252/149‑1 (MQ=255)
tAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAg > 1:790597/1‑142 (MQ=255)
tAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAg > 3:1358885/1‑149 (MQ=255)
tAAAAAATCCCGCC‑ACTGGCGGGATTTCAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGAGCAGGAAAGCGTCGAGGTATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTGGAAGACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCATGTATTAg > 2:1084450/1‑149 (MQ=255)
ttaaaaTCCCGCC‑AGCGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGt > 1:934507/3‑149 (MQ=255)
aaaaaaTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGa > 1:26201/1‑109 (MQ=255)
aaaaaaTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGt > 1:1400367/1‑149 (MQ=255)
aaaaTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAg < 2:553824/146‑1 (MQ=255)
aaaaTCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGttt > 1:1378779/1‑149 (MQ=255)
aaTCCCGCC‑AGCGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCg > 2:257063/1‑149 (MQ=255)
|
TTTAAAGCCTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCC‑GCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTT > NC_000913/1292324‑1292617
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
