Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F176 I0 R1
|
792 |
112.0 |
3729108 |
98.1% |
3658254 |
142.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,352,990 |
C→A |
40.6% |
L213F (TTG→TTT) |
sapD ← |
antimicrobial peptide ABC transporter ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,352,990 | 0 | C | A | 40.6%
| 128.7
/ 158.7
| 123 | L213F (TTG→TTT) | sapD | antimicrobial peptide ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/32); new base A (26/24); total (67/56) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACTTTCTGA > NC_000913/1352844‑1353137
|
aTCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGaaa < 2:645843/149‑1 (MQ=255)
aTCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCaa > 2:680483/1‑149 (MQ=255)
tCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGaaaa > 1:269712/1‑149 (MQ=255)
cgcgcgGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCaaaa < 3:145248/149‑1 (MQ=255)
gcgcgGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAAt > 2:209847/1‑149 (MQ=255)
cgcgGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATa < 4:74670/149‑1 (MQ=255)
gcgGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAg > 1:704179/1‑149 (MQ=255)
gATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTgg > 3:200604/1‑149 (MQ=255)
ccTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTg > 2:840059/1‑149 (MQ=255)
cTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGt < 2:269712/149‑1 (MQ=255)
ggTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGCCCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGtttt < 2:188921/149‑1 (MQ=255)
gTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTg > 1:837647/1‑149 (MQ=255)
tataAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTgg > 1:154151/1‑149 (MQ=255)
ataAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGt < 3:922151/149‑1 (MQ=255)
taAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGtt < 2:893359/149‑1 (MQ=255)
taAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGtt < 1:680483/149‑1 (MQ=255)
gatgatGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTgaga > 2:286802/1‑149 (MQ=255)
atgatgTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGAc > 3:135040/1‑149 (MQ=255)
gatgTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGAcgc < 2:302909/149‑1 (MQ=255)
gCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTcagc > 1:241228/1‑149 (MQ=255)
cATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTcagca < 4:5663/149‑1 (MQ=255)
tCGTCACCTACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTc > 3:852869/1‑143 (MQ=255)
tCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTc < 4:852869/143‑1 (MQ=255)
tCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAgg > 1:893986/1‑149 (MQ=255)
tCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATa > 2:759602/1‑113 (MQ=255)
tCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATa < 1:759602/113‑1 (MQ=255)
tCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAgg > 4:734096/1‑149 (MQ=255)
tCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGa > 2:696848/1‑149 (MQ=255)
aCCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGaaa > 2:467548/1‑149 (MQ=255)
aCCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGaaa > 4:740470/1‑149 (MQ=255)
aCCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCACCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGaaa > 4:632180/1‑149 (MQ=255)
ccAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAg < 1:166935/149‑1 (MQ=255)
ccAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGtt > 2:450779/1‑127 (MQ=255)
ccAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGtt < 1:450779/127‑1 (MQ=255)
cAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGa > 4:179646/1‑149 (MQ=255)
aaCTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGAt > 1:463349/1‑149 (MQ=255)
aCTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTa < 1:210219/110‑1 (MQ=255)
aCTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGAtt < 4:644905/149‑1 (MQ=255)
cTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGAttt < 1:286802/149‑1 (MQ=255)
cTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGAttt > 1:675987/1‑149 (MQ=255)
ttACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTgcgc > 2:168558/1‑149 (MQ=255)
aCTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCt < 2:893986/149‑1 (MQ=255)
aCTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCt < 4:635040/149‑1 (MQ=255)
aCTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCt < 2:920541/149‑1 (MQ=255)
gcgcGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGgtt < 1:304742/149‑1 (MQ=255)
gcgGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGgttgt < 3:580576/149‑1 (MQ=255)
cgGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGgttgtt < 4:732365/149‑1 (MQ=255)
gTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGAttt < 2:901634/133‑1 (MQ=255)
gTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGAttt > 1:901634/1‑133 (MQ=255)
gTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTgg < 4:135040/149‑1 (MQ=255)
tttCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGc > 4:347096/1‑149 (MQ=255)
tttCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGc > 3:569751/1‑149 (MQ=255)
aCTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTGGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGTAAGATTAGCGCCTGTGTTGTTGGCTCCAt > 4:761709/1‑149 (MQ=255)
ttGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGt < 1:209847/149‑1 (MQ=255)
tGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGtt < 1:66238/149‑1 (MQ=255)
ccGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGAttt < 2:468792/118‑1 (MQ=255)
ccGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGAttt > 1:468792/1‑118 (MQ=255)
gCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCa < 2:463349/149‑1 (MQ=255)
gCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCa < 1:874570/149‑1 (MQ=255)
gCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCa < 3:734096/149‑1 (MQ=255)
gTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCaa > 3:228949/1‑149 (MQ=255)
gTTAATTTTATCAGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCaa > 2:225584/1‑149 (MQ=255)
ttAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGAGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGATCGGTTCGTCAGCAAt > 3:789687/1‑149 (MQ=255)
ttttATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATcagc > 2:740256/1‑149 (MQ=255)
ttttATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATcagc > 2:264071/1‑149 (MQ=255)
ttttATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATcagc > 1:847743/1‑149 (MQ=255)
tCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTgcgc > 4:36423/1‑98 (MQ=255)
tCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTgcgc < 3:36423/98‑1 (MQ=255)
tCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAg > 4:629587/1‑120 (MQ=255)
tCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGAcg > 1:489354/1‑149 (MQ=255)
ccGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGAcgc < 4:201565/149‑1 (MQ=255)
ccGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGATGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGAcgc < 4:338476/149‑1 (MQ=255)
gCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGc < 3:692376/134‑1 (MQ=255)
gCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGc > 4:692376/1‑134 (MQ=255)
cccATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGt < 2:236851/149‑1 (MQ=255)
aTTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGa > 2:812936/1‑149 (MQ=255)
aTTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGa > 3:204374/1‑149 (MQ=255)
aTTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGATGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGa > 4:310569/1‑149 (MQ=255)
tAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGcc < 3:665299/149‑1 (MQ=255)
tAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGcc > 3:627348/1‑149 (MQ=255)
aaGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCa > 3:767019/1‑149 (MQ=255)
ttGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCaa > 2:616330/1‑149 (MQ=255)
tGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTTGCCAGTGCAAt < 3:740470/149‑1 (MQ=255)
tGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAAt < 1:467548/149‑1 (MQ=255)
tAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATgg < 4:204374/149‑1 (MQ=255)
gTCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTa > 3:444604/1‑149 (MQ=255)
tCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTat < 3:647156/149‑1 (MQ=255)
tCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTat < 3:179646/149‑1 (MQ=255)
tCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGa < 4:712594/92‑1 (MQ=255)
tCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGa > 3:712594/1‑92 (MQ=255)
tCATGGCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTc < 4:393501/99‑1 (MQ=255)
tGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTatcat < 4:854578/149‑1 (MQ=255)
ggCTGATAAGAAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTatcatc < 2:375497/149‑1 (MQ=255)
tGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACt > 2:129154/1‑149 (MQ=255)
tGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACt > 4:695487/1‑149 (MQ=255)
tGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACt > 2:23588/1‑149 (MQ=255)
gATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACtt > 3:238458/1‑149 (MQ=255)
aTAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGtt < 3:894955/94‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGtt > 4:894955/1‑94 (MQ=255)
gCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACTTTCTGa < 1:812936/149‑1 (MQ=255)
|
ATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACTTTCTGA > NC_000913/1352844‑1353137
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
