Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F176 I0 R1
|
792 |
112.0 |
3729108 |
98.1% |
3658254 |
142.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,665,671 |
C→A |
89.1% |
R119R (CGC→CGA) |
clcB → |
H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,665,671 | 0 | C | A | 89.1%
| 296.8
/ 24.9
| 99 | R119R (CGC→CGA) | clcB | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/4); new base A (50/38); total (57/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
GCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTT > NC_000913/1665527‑1665816
|
gCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAg > 4:893518/1‑149 (MQ=255)
gCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAg > 1:567635/1‑149 (MQ=255)
aGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGt < 3:78477/149‑1 (MQ=255)
gAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTg > 4:117878/1‑149 (MQ=255)
aaaTTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGc < 2:219289/149‑1 (MQ=255)
aTTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCga < 2:259745/149‑1 (MQ=255)
aTTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCga > 1:464435/1‑149 (MQ=255)
tttACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCgat < 1:202113/149‑1 (MQ=255)
ttACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCgatg < 4:181305/149‑1 (MQ=255)
aCCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCgatgat > 1:928362/1‑149 (MQ=255)
ccgacaacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTc > 4:202177/4‑149 (MQ=255)
ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTc > 2:899770/1‑149 (MQ=255)
ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTc > 1:186277/1‑149 (MQ=255)
ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTc > 2:113572/1‑149 (MQ=255)
ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTc > 1:527957/1‑149 (MQ=255)
ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTc > 1:91260/1‑149 (MQ=255)
ccAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTc > 1:658811/1‑149 (MQ=255)
caacaaCGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCt > 2:228474/1‑149 (MQ=255)
aacaacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCtt > 1:588085/1‑149 (MQ=255)
acaacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCttt > 3:557901/1‑149 (MQ=255)
caacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCtttt > 2:171126/1‑149 (MQ=255)
aacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTa > 3:770638/1‑149 (MQ=255)
aacGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTa > 3:783303/1‑149 (MQ=255)
ccTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGc > 4:321897/1‑149 (MQ=255)
ccTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGc < 2:117584/149‑1 (MQ=255)
cATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCt < 2:186277/149‑1 (MQ=255)
cATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAACTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCt < 4:672301/149‑1 (MQ=255)
accgaTTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGcctc > 1:231068/1‑149 (MQ=255)
cgaTTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGcctcct < 2:91260/149‑1 (MQ=255)
ttATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGtt > 4:485181/1‑149 (MQ=255)
ttATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGtt < 3:642809/149‑1 (MQ=255)
tatGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTg < 3:118575/149‑1 (MQ=255)
atGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGc > 3:758115/1‑149 (MQ=255)
tGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGcc > 4:1528/1‑149 (MQ=255)
ggAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGccc > 3:828408/1‑149 (MQ=255)
ggAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGccc > 3:645394/1‑149 (MQ=255)
ggAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGccc > 2:510792/1‑149 (MQ=255)
ttGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGttt < 2:464435/149‑1 (MQ=255)
cAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTac < 3:202177/149‑1 (MQ=255)
aCCGATGGACAGTTCGACTACGCAGCAAGCCTCGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCGGGTAGTCACCAGCGGCAGAGCAATTGGCCCAGACGGTGCGACGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCTGCCTCCTGTTTTGCCCAACCTTTTccgcc > 2:172963/1‑149 (MQ=255)
gATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTacgccacg > 2:785700/1‑149 (MQ=255)
aCAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAgg > 2:757112/1‑149 (MQ=255)
cAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGa < 3:485181/149‑1 (MQ=255)
aGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAg > 4:32236/1‑149 (MQ=255)
gTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGt < 4:749535/149‑1 (MQ=255)
gTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGt > 2:221084/1‑149 (MQ=255)
gTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGt < 2:231068/149‑1 (MQ=255)
gATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGaa > 1:86216/1‑149 (MQ=255)
gATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAAc > 4:104481/1‑124 (MQ=255)
gATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAAc < 3:104481/124‑1 (MQ=255)
aCGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTa < 3:762118/149‑1 (MQ=255)
cGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTAt < 4:758115/149‑1 (MQ=255)
cGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTAt < 1:228474/149‑1 (MQ=255)
gcagcaAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATg < 2:527957/149‑1 (MQ=255)
gcagcaAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATg < 1:347836/149‑1 (MQ=255)
gcagcaAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGACGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATg < 1:451924/149‑1 (MQ=255)
cTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCtg > 3:856157/1‑149 (MQ=255)
ggTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCtgtg < 4:770638/149‑1 (MQ=255)
gTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTgg < 3:182134/149‑1 (MQ=255)
ttAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTggg > 3:748280/1‑149 (MQ=255)
aaTCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAATGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGcc < 3:922889/149‑1 (MQ=255)
tCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGcccc > 3:79861/1‑147 (MQ=255)
tCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCcgc > 2:744694/1‑149 (MQ=255)
cTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCgcggc < 2:55641/149‑1 (MQ=255)
cTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCgcggc > 4:488599/1‑149 (MQ=255)
ttGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCgcggcg > 3:363608/1‑149 (MQ=255)
tGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGcggcgg < 3:461451/149‑1 (MQ=255)
gCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCggg < 4:150046/149‑1 (MQ=255)
gCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCggg > 2:788646/1‑149 (MQ=255)
ctctctGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGaa < 1:841000/149‑1 (MQ=255)
ctctctGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGaa > 4:121762/1‑149 (MQ=255)
ctctctGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGaa < 2:689064/149‑1 (MQ=255)
ctctctGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGaa > 3:846030/1‑149 (MQ=255)
tctctGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAAt > 1:368958/1‑149 (MQ=255)
tctctGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAAt < 1:757112/149‑1 (MQ=255)
tctGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATgg > 3:732187/1‑149 (MQ=255)
tctGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATgg < 1:221084/149‑1 (MQ=255)
tctGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATgg > 4:18525/1‑149 (MQ=255)
tgctgGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAAGTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCt < 3:334776/149‑1 (MQ=255)
gctgGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTg > 1:886035/1‑149 (MQ=255)
gtagtaACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGc > 1:216701/1‑149 (MQ=255)
gtaACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTa > 4:190858/1‑149 (MQ=255)
ccAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGt > 4:296043/1‑149 (MQ=255)
cAGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTg > 1:83009/1‑149 (MQ=255)
aGCGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGc < 2:216701/149‑1 (MQ=255)
gCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGcc > 4:395930/1‑149 (MQ=255)
cGGCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGccc < 2:83009/149‑1 (MQ=255)
gCAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCg > 2:158444/1‑149 (MQ=255)
cAGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGc < 1:256717/149‑1 (MQ=255)
aGTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCt > 1:601303/1‑149 (MQ=255)
gTGCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCtt < 1:741214/149‑1 (MQ=255)
gCAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGc > 1:5386/1‑149 (MQ=255)
cAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCt < 3:190858/149‑1 (MQ=255)
cAATTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCt < 2:675435/149‑1 (MQ=255)
aaTTGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGTCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTg > 2:676028/1‑149 (MQ=255)
aTTGGTCGAGACGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTgg > 4:559969/1‑149 (MQ=255)
tGGTCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCa < 1:510792/149‑1 (MQ=255)
tCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGtt > 2:452511/1‑149 (MQ=255)
tCGAGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGtt < 2:378128/149‑1 (MQ=255)
|
GCAGAAATTTACCCAACAACGCCCTCATGCGCCGACCGATTATATGGAAGCGTTGCAAACCGATGGACAGTTCGATTACGCAGCAAGCCTGGTTAAATCGCTTGCCTCTCTGCTGGTAGTAACCAGCGGCAGTGCAATTGGTCGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTT > NC_000913/1665527‑1665816
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
