Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F176 I0 R1
|
792 |
112.0 |
3729108 |
98.1% |
3658254 |
142.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,904,592 |
C→A |
9.3% |
T233N (ACT→AAT) |
manZ → |
mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,904,592 | 0 | C | A | 9.3%
| 463.2
/ 26.9
| 137 | T233N (ACT→AAT) | manZ | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (66/58); new base A (3/10); total (69/68) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.79e-01 |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGA > NC_000913/1904444‑1904740
|
ttCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGAc > 3:600283/1‑149 (MQ=255)
ttCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGAc > 4:670933/1‑149 (MQ=255)
cTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCGGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTAt > 3:366378/1‑149 (MQ=255)
tGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTa > 3:203662/1‑147 (MQ=255)
tGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTAtt > 4:382512/1‑149 (MQ=255)
gCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTc > 1:889549/1‑149 (MQ=255)
aaaaaCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTg < 3:853069/149‑1 (MQ=255)
aaaaCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTgg > 3:262270/1‑149 (MQ=255)
aaaCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGa < 1:253311/149‑1 (MQ=255)
aaaCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATCACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGAATAGTCTGGa < 4:622038/149‑1 (MQ=255)
aCTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGAATAGTCTGGAca < 2:514448/149‑2 (MQ=255)
cTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGAATAGTCTGGAcag < 2:319453/149‑3 (MQ=255)
tGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAg > 3:686617/1‑149 (MQ=255)
gACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGAATAGTCTGGAcagta < 2:651355/149‑5 (MQ=255)
gACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGAATAGTCTGGAcagta < 1:584380/149‑5 (MQ=255)
ggAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTaa < 1:237213/149‑1 (MQ=255)
ggAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGAATAGTCTGGAcagta < 2:473569/146‑5 (MQ=255)
gggCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCa > 3:486389/1‑149 (MQ=255)
cTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTg < 2:891520/149‑1 (MQ=255)
tATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCACCATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCACACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTgg < 4:566494/149‑1 (MQ=255)
ccTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTAc < 2:887815/149‑1 (MQ=255)
ccTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGAATagt < 4:175079/121‑3 (MQ=255)
ccTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGAATaga > 3:175079/1‑119 (MQ=255)
cGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCAc < 3:815339/149‑1 (MQ=255)
gCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActg > 4:903170/1‑149 (MQ=255)
cTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgct > 3:632560/1‑149 (MQ=255)
tGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCa > 4:426368/1‑131 (MQ=255)
tCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGAcc > 2:332839/1‑149 (MQ=255)
aTGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCtt > 3:384216/1‑149 (MQ=255)
ggggCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGc < 4:632560/149‑1 (MQ=255)
ggggCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGc < 3:142701/149‑1 (MQ=255)
gggCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCt > 3:630536/1‑149 (MQ=255)
aTTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTa > 2:814983/1‑149 (MQ=255)
ttGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAt > 2:258934/1‑149 (MQ=255)
ggTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtgt < 1:52664/149‑1 (MQ=255)
gTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtgtg > 2:366063/1‑149 (MQ=255)
ttAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGGCCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTgg < 2:930089/149‑1 (MQ=255)
tAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGc < 1:443084/149‑1 (MQ=255)
cAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTAc < 1:366063/149‑1 (MQ=255)
aaGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCa < 1:775640/117‑1 (MQ=255)
aaGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACt > 3:868690/1‑149 (MQ=255)
gTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTgc < 3:226846/149‑1 (MQ=255)
gACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCa > 3:105634/1‑149 (MQ=255)
ctGTCAACATCACGCTGGTTGTCTCTCGCACTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACATTACTACTGTCCAGACTATTCTCGACCAGTTAATGCCAGGCCGGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGCGGCTACTGCGCaaaaaa < 4:571319/148‑1 (MQ=255)
aTGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCaaaaaa < 2:790468/149‑1 (MQ=255)
tGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGGACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGAc < 1:141063/82‑1 (MQ=255)
gTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGt > 3:14664/1‑149 (MQ=255)
tCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGATGGGAAAAGAACACGTTGCTACTATCCAGACTATTCTTGTCCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGATGCTGACCTGTGCTTGTATCTGGCTAATGCGCGAAAAAgag > 3:571319/1‑147 (MQ=255)
tCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCaaaaaa < 2:529824/146‑1 (MQ=255)
tCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCaaaaaa > 1:529824/1‑146 (MQ=255)
tCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGtt < 1:183072/149‑1 (MQ=255)
tCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGtt > 1:358264/1‑149 (MQ=255)
aaCATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTaa > 4:377748/1‑149 (MQ=255)
cccGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGc < 4:701455/149‑1 (MQ=255)
acGCTGGTTGTCTCTCGCCTTACTGACCAGACGGGCCAAGAACCCGGAACTAATGTCAAGACTATTGTGGACAAGTTAATGCCAAGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCATGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAATTAACCCGCt > 4:395023/2‑149 (MQ=255)
gCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGCTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCtgt < 4:493822/149‑1 (MQ=255)
tGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTgg < 3:377748/149‑1 (MQ=255)
gTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGCCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGat < 2:788124/149‑1 (MQ=255)
gTTGTCTCTCGCATGACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGat > 3:63953/1‑149 (MQ=255)
ttGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAg > 1:136248/1‑78 (MQ=255)
ttGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAg < 2:136248/78‑1 (MQ=255)
ttGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatc < 4:63953/149‑1 (MQ=255)
ttGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatc > 4:742773/1‑149 (MQ=255)
tGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatca > 4:621130/1‑149 (MQ=255)
tctctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatcatc < 3:500033/149‑1 (MQ=255)
tctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCtgtg < 2:418799/140‑1 (MQ=255)
tctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCtgtg > 1:418799/1‑140 (MQ=255)
tctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGat > 1:868575/1‑143 (MQ=255)
tctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGat < 2:868575/143‑1 (MQ=255)
tctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGt > 3:40104/1‑149 (MQ=255)
tctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGt > 1:576515/1‑149 (MQ=255)
tctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGt > 1:328662/1‑149 (MQ=255)
tcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTg > 3:361106/1‑149 (MQ=255)
tcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTg < 1:814983/149‑1 (MQ=255)
tcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTg > 1:822125/1‑149 (MQ=255)
cGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTgg < 4:262270/149‑1 (MQ=255)
tACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGcttct < 4:215971/149‑1 (MQ=255)
cTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCttcttc < 4:234457/149‑1 (MQ=255)
aCCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTc > 4:152963/1‑149 (MQ=255)
aCCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTc > 4:419710/1‑149 (MQ=255)
aGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCCTCTTCGTCATc < 1:693947/149‑1 (MQ=255)
gACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCtgt < 3:866518/122‑1 (MQ=255)
gACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCtgt > 4:866518/1‑122 (MQ=255)
gggCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTa < 3:692278/149‑1 (MQ=255)
ggCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTAt < 3:170235/149‑1 (MQ=255)
cAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTa > 4:265829/1‑83 (MQ=255)
gAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCa < 1:546340/57‑1 (MQ=255)
gAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTgg < 4:552598/149‑1 (MQ=255)
gTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTAc < 3:844880/147‑1 (MQ=255)
gTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGc < 4:473952/149‑1 (MQ=255)
gTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGATATCGCTGGTTAc > 4:844880/1‑147 (MQ=255)
tactGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCg > 4:692996/1‑149 (MQ=255)
tactGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCg > 1:692241/1‑149 (MQ=255)
tCCAGAATAGTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGtt > 3:879748/1‑86 (MQ=255)
tCCAGAATAGTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGtt < 4:879748/86‑1 (MQ=255)
ccAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTACTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCctgc < 3:594191/149‑1 (MQ=255)
cAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTTCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCctgct > 4:321022/1‑149 (MQ=255)
cAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCctgct < 2:508090/149‑1 (MQ=255)
aGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCGTGGTACCACTGCTGCTTACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGCTCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCctgctg > 2:572324/1‑149 (MQ=255)
gACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTgg > 2:471541/1‑149 (MQ=255)
|
TTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACTGTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGA > NC_000913/1904444‑1904740
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
