Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F34 I0 R1
|
470 |
116.5 |
4231616 |
98.1% |
4151215 |
142.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
100,161 |
A→G |
6.2% |
Q173R (CAG→CGG) |
murG → |
N‑acetylglucosaminyl transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 100,161 | 0 | A | G | 6.2%
| 388.1
/ 10.9
| 126 | Q173R (CAG→CGG) | murG | N‑acetylglucosaminyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/52); new base G (5/3); total (70/56) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.01e-01 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
ATGAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGCAAAGGTTC > NC_000913/100014‑100308
|
gAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCgcagca > 2:65922/1‑149 (MQ=255)
aaCAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCaa > 1:118045/1‑149 (MQ=255)
aaCAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCaa > 4:333734/1‑149 (MQ=255)
aCAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAAc > 1:762680/1‑149 (MQ=255)
aaaaCGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGt > 3:849937/1‑149 (MQ=255)
aaaCGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGtt > 4:519107/1‑149 (MQ=255)
aaaCGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGtt < 1:308079/149‑1 (MQ=255)
aaaCGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGtt < 4:814743/149‑1 (MQ=255)
aaCGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCGGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCGGCAACtttt > 3:821013/1‑149 (MQ=255)
aaCGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCTGCGGCAACggca < 1:387221/149‑4 (MQ=255)
aaCGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGttt < 2:316354/149‑1 (MQ=255)
ggTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGc < 4:1015957/149‑1 (MQ=255)
ggTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGc < 1:64518/149‑1 (MQ=255)
gTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCt < 3:400876/149‑1 (MQ=255)
gggCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTg > 4:450100/1‑149 (MQ=255)
gggCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTg > 1:598028/1‑149 (MQ=255)
gCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGaa < 4:849937/149‑1 (MQ=255)
ttAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAgg > 2:257535/1‑149 (MQ=255)
ttAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTCCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAgg > 2:870885/1‑149 (MQ=255)
tcaaCCAATAAAAGGCTGGCGAAGATTGCCACCAACGTGATGCAGGCGATTCCAGGTGCTTGCCCGACTGAGGCAGTAGTGGATAACGCGGGGC‑GTAGCGATGTGCCGGCGCTGCAGTGGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAgg > 4:485104/3‑149 (MQ=255)
aaCCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTc > 4:191881/1‑149 (MQ=255)
aaCCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTc > 2:969579/1‑149 (MQ=255)
ccAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCg > 1:914343/1‑149 (MQ=255)
aaTAAATGGCTGGCGAAGATTGCCCCCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGG‑GTACCGATGGGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCAGGt > 3:401640/1‑149 (MQ=255)
aaTAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGt > 1:444952/1‑149 (MQ=255)
aaTAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGt < 4:224233/149‑1 (MQ=255)
aaTAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTATCCCTAATGCGGAAGAAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCCATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGt > 3:154727/1‑149 (MQ=255)
tAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTc < 4:257163/149‑1 (MQ=255)
aTGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCgtg < 3:696792/149‑1 (MQ=255)
gctggcGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGc < 1:501058/149‑1 (MQ=255)
tggcGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTg > 3:627420/1‑149 (MQ=255)
ggcGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTgg < 2:118045/149‑1 (MQ=255)
gAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAg < 1:65922/149‑1 (MQ=255)
gAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAg > 2:469672/1‑149 (MQ=255)
gATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAgtgg > 4:423113/1‑149 (MQ=255)
ttGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAgtgggt < 4:224932/149‑1 (MQ=255)
tGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAgtgggtg < 1:404716/149‑1 (MQ=255)
tGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAgtgggtg < 3:919261/149‑1 (MQ=255)
tGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAgtgggtg < 3:358490/149‑1 (MQ=255)
caccaAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGtt > 4:317603/1‑149 (MQ=255)
ccaAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGCGGTtct > 2:406210/1‑149 (MQ=255)
caAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTtctc < 2:917134/149‑1 (MQ=255)
caAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTtctc > 2:221899/1‑149 (MQ=255)
aaaGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCa < 1:226114/149‑1 (MQ=255)
aaGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCt > 3:363571/1‑104 (MQ=255)
aaGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCt < 4:363571/104‑1 (MQ=255)
aGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAgg < 1:257535/149‑1 (MQ=255)
tGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGgc < 2:762680/149‑1 (MQ=255)
tGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGcgca > 2:284715/1‑149 (MQ=255)
aGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGcgcacgc > 1:727613/1‑149 (MQ=255)
aGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGcgcacgc > 4:897880/1‑149 (MQ=255)
aGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACAGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGcgcacgc > 2:914525/1‑149 (MQ=255)
gCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCAt > 3:823818/1‑149 (MQ=255)
cGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCAtt < 4:627420/149‑1 (MQ=255)
tttCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCt < 1:1020490/149‑1 (MQ=255)
cAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAAc < 4:548120/149‑1 (MQ=255)
ggTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTACTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCa < 3:317603/149‑1 (MQ=255)
tGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAAc > 4:214202/1‑145 (MQ=255)
tGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAAc < 3:214202/145‑1 (MQ=255)
tGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGa > 2:199664/1‑149 (MQ=255)
tGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGa < 4:41600/149‑1 (MQ=255)
tttCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACaa > 2:826196/1‑149 (MQ=255)
tCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATg < 3:519107/149‑1 (MQ=255)
ccTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAgtgggtgg > 2:471197/1‑113 (MQ=255)
ccTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAgtgggtgg < 1:471197/113‑1 (MQ=255)
cTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTGGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCg > 1:25842/1‑149 (MQ=255)
tAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGc > 3:929169/1‑149 (MQ=255)
aaTGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCa > 4:1019073/1‑149 (MQ=255)
aaTGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCa > 4:798141/1‑149 (MQ=255)
tGCGGACGTAGT‑GGTTACCCGGGGCGGTCACGAGGTGTTGGAGCTGCCGTTGCGGATGCCATGTTTGGGTGGACGTGCAGGTCCGGTTCGTGTGCGGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTACCCAGACAATGCCGCAgg < 2:818379/149‑1 (MQ=255)
ggAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTtg > 4:783151/1‑149 (MQ=255)
ggAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTtg > 3:229768/1‑149 (MQ=255)
gAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTtgc > 1:237910/1‑149 (MQ=255)
aaGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTtgct < 4:117373/149‑1 (MQ=255)
tGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTCAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGaaa > 2:114949/1‑149 (MQ=255)
gTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTg < 4:350050/149‑1 (MQ=255)
tAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTgg < 3:333734/149‑1 (MQ=255)
tAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTgg < 2:598028/149‑1 (MQ=255)
tAACCCGGTGC‑GTACCGAGGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTgg < 4:821013/149‑1 (MQ=255)
aaCCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTggg < 1:629303/149‑1 (MQ=255)
aCCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGt < 4:401640/149‑1 (MQ=255)
aCCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGt < 3:897880/149‑1 (MQ=255)
ccGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGa > 4:722096/1‑149 (MQ=255)
cGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGAt > 1:830018/1‑149 (MQ=255)
ggTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGAtt < 3:798141/149‑1 (MQ=255)
agTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGGTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAAATGGGTGAtt < 4:902324/148‑1 (MQ=255)
gTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTc > 4:586267/1‑57 (MQ=255)
gTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTc < 3:586267/57‑1 (MQ=255)
gTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTc > 3:334316/1‑149 (MQ=255)
aTGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATc > 4:663689/1‑149 (MQ=255)
tgtgTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCt < 4:591310/149‑1 (MQ=255)
ttGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCa > 3:38930/1‑149 (MQ=255)
gcTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCaga > 3:432048/1‑149 (MQ=255)
gCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCg < 3:663689/149‑1 (MQ=255)
acGTTGCTGCGGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCgg > 1:1053400/2‑149 (MQ=255)
gTTGCTGCGGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGCa > 2:96416/1‑149 (MQ=255)
gTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGCa > 4:12411/1‑149 (MQ=255)
gTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGCa > 2:278748/1‑149 (MQ=255)
gTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGCa > 1:782992/1‑149 (MQ=255)
gcagcaACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGCAAAGGtt > 2:980795/1‑149 (MQ=255)
|
ATGAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCAATAAATGGCTGGCGAAGATTGCCACCAAAGTGATGCAGGCGTTTCCAGGTGCTTTCCCTAATGCGGAAGTAGTGGGTAACCCGGTGC‑GTACCGATGTGTTGGCGCTGCCGTTGCCGCAGCAACGTTTGGCTGGACGTGAAGGTCCGGTTCGTGTGCTGGTAGTGGGTGGTTCTCAGGGCGCACGCATTCTTAACCAGACAATGCCGCAGGTTGCTGCGAAACTGGGTGATTCAGTCACTATCTGGCATCAGAGCGGCAAAGGTTC > NC_000913/100014‑100308
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
