Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F34 I0 R1
|
470 |
116.5 |
4231616 |
98.1% |
4151215 |
142.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,227,051 |
G→C |
5.9% |
intergenic (+83/+20) |
ycgJ → / ← pliG |
uncharacterized protein/periplasmic inhibitor of g‑type lysozyme |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,227,051 | 0 | G | C | 5.9%
| 411.0
/ 13.2
| 119 | intergenic (+83/+20) | ycgJ/pliG | uncharacterized protein/periplasmic inhibitor of g‑type lysozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/48); new base C (4/3); total (68/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTGACTATCG > NC_000913/1226904‑1227194
|
aTGGTAAGCGGAGTAGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGgaga < 1:840949/149‑1 (MQ=255)
tGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGagag < 1:215504/149‑1 (MQ=255)
tGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGagag < 2:845267/149‑1 (MQ=255)
tGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGagag > 2:480535/1‑149 (MQ=255)
tAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTGTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGGcc > 2:358160/1‑149 (MQ=255)
tAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTcc < 2:135118/149‑1 (MQ=255)
ggAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGACTCTCCCCGTc < 4:916307/149‑1 (MQ=255)
gTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGt < 3:501036/149‑1 (MQ=255)
gAAAAAACAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGa > 2:754498/1‑149 (MQ=255)
aaaaaTCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGAc < 1:480535/149‑1 (MQ=255)
aatcaatcAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACAtt < 4:537228/149‑1 (MQ=255)
atcaatcaAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACAttt > 4:764332/1‑149 (MQ=255)
caatcaaACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTGCCCGTCGGTTGACATTTAc > 4:533515/1‑149 (MQ=255)
caatcaaACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTAc < 4:124398/149‑1 (MQ=255)
aatcaaACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACt < 3:467353/149‑1 (MQ=255)
aatcaaACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACt > 3:841319/1‑149 (MQ=255)
aatcaaACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACt > 3:989303/1‑149 (MQ=255)
aatcaaACCACCACAAAGATGTAAATTATGTGTGGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGAGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACt > 2:113990/1‑149 (MQ=255)
atcaaACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACtt > 3:43473/1‑149 (MQ=255)
tcaaACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTa > 4:251464/1‑149 (MQ=255)
caaACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTaa < 4:1014799/149‑1 (MQ=255)
aaCCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAAtt > 1:382289/1‑149 (MQ=255)
aaCCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCATCGGTTGACATTTACTTAAtt < 3:400164/149‑1 (MQ=255)
caccacAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGTAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGa > 2:440887/1‑149 (MQ=255)
caccacAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGa < 1:492285/149‑1 (MQ=255)
acaAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAatat > 3:449781/1‑149 (MQ=255)
aaaGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCg > 4:952324/1‑149 (MQ=255)
aGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGAc > 2:344197/1‑149 (MQ=255)
aGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATCATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGCCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGAc < 4:1030292/149‑1 (MQ=255)
tgtgTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATAtttttt > 2:927756/1‑149 (MQ=255)
gtgtCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTa < 2:57104/149‑1 (MQ=255)
gtgtCGTGAGTGATGTCTTGTCTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTa < 4:989303/149‑1 (MQ=255)
gtgagtgaTGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAgtttt < 4:377118/149‑1 (MQ=255)
gtgagtgaTGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAgtttt < 4:419459/149‑1 (MQ=255)
gtgagtgaTGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAgtttt < 4:450820/149‑1 (MQ=255)
tGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTAc < 3:32931/149‑1 (MQ=255)
tGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTAc > 2:619644/1‑149 (MQ=255)
tCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTAc < 3:1010100/147‑1 (MQ=255)
tCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTAc > 4:1010100/1‑147 (MQ=255)
tCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACgg > 3:155182/1‑149 (MQ=255)
tCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACgg > 1:318752/1‑149 (MQ=255)
ttGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGc > 2:425508/1‑149 (MQ=255)
ttGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGc > 4:1045322/1‑149 (MQ=255)
tttACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGcgtc < 2:549430/149‑1 (MQ=255)
aTTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTc < 2:879071/149‑1 (MQ=255)
tATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCgg < 4:449781/149‑1 (MQ=255)
tATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCgg < 1:148968/149‑1 (MQ=255)
gTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGtt < 1:600335/149‑1 (MQ=255)
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ttCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGcgtcgt < 1:263507/140‑1 (MQ=255)
ttCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGcgtcgt > 2:263507/1‑140 (MQ=255)
aTTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGaa > 1:1047199/1‑94 (MQ=255)
aTTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGaa < 2:1047199/94‑1 (MQ=255)
ttCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAac > 2:175598/1‑149 (MQ=255)
tCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAaca > 1:1001588/1‑149 (MQ=255)
gTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACt > 4:816877/1‑149 (MQ=255)
tCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGtt > 2:588946/1‑132 (MQ=255)
tCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTc > 4:104023/1‑149 (MQ=255)
cATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATAttt < 1:595758/104‑1 (MQ=255)
aTTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAGCACTCGc > 3:902329/1‑149 (MQ=255)
ttAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGaa > 1:440154/1‑86 (MQ=255)
ttAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGaa < 2:440154/86‑1 (MQ=255)
aaCCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGc < 1:619644/149‑1 (MQ=255)
aaCCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGc > 1:52661/1‑149 (MQ=255)
aCCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCt > 3:367424/1‑149 (MQ=255)
aCCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCt > 1:564599/1‑149 (MQ=255)
tctTGAGCGACAGAGAGGAATGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGATTCCCCGGCGGGTGACATTTACTTAATTTGAATTTCGACGTTATATTTTTTAGTTCGGTATTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCCGCTCat > 3:237949/1‑149 (MQ=255)
cGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGcc > 3:1003673/1‑149 (MQ=255)
agagagGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATAGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGaa < 1:506769/149‑1 (MQ=255)
aggagTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAg < 1:946239/149‑1 (MQ=255)
ggagTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAAATTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAgg < 3:993579/149‑1 (MQ=255)
tGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCACGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTCTTTTTACGGGCGTCGTTTTGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGgagt < 3:655457/149‑1 (MQ=255)
gggCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGgagtga > 1:932111/1‑149 (MQ=255)
gggCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGgagtga > 2:1048939/1‑149 (MQ=255)
gggCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGgagtga < 3:355113/149‑1 (MQ=255)
gggCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGgagtga < 2:52661/149‑1 (MQ=255)
gggCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGgagtga > 4:194820/1‑149 (MQ=255)
gCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGgagtgagt > 3:344928/1‑149 (MQ=255)
cATTGACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTa > 4:924178/1‑149 (MQ=255)
cATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTa < 1:847083/149‑1 (MQ=255)
cATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTa < 3:107884/149‑1 (MQ=255)
aTTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTAt > 2:357531/1‑149 (MQ=255)
ttAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTGGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTGGTTTCGGGTTTGCAACATTCGAAGCTCATATTTGCAAGAAGCAGGGAGGGAGTAtt > 2:60865/1‑149 (MQ=255)
tAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTg < 1:113583/149‑1 (MQ=255)
aCGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTc > 3:140334/1‑149 (MQ=255)
gTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCg > 2:993470/1‑149 (MQ=255)
gTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCg > 4:51231/1‑149 (MQ=255)
tttATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGt > 4:498215/1‑149 (MQ=255)
caaccgACGGGGACTCTCCCCTTCGGTTGACAATTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGgagtga > 2:145952/6‑138 (MQ=255)
aaccgACGGGGACTCTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTg > 2:1031362/5‑149 (MQ=255)
accgACGGGGACTCTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACgg < 1:875967/77‑1 (MQ=38)
accgACGGGGACTCTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACgg > 2:875967/4‑80 (MQ=38)
gACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTGACTa > 1:240438/1‑149 (MQ=255)
gACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTGACTa > 4:263504/1‑149 (MQ=255)
gACGGGGACTCTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTGACTa > 3:121714/1‑149 (MQ=255)
aCGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTGACTAt < 1:383070/149‑1 (MQ=255)
ggggAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAgg < 4:293186/124‑1 (MQ=255)
ggggAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTGACTATCg > 4:598532/1‑149 (MQ=255)
agagTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAgtttt < 1:693330/60‑1 (MQ=255)
agagTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAgtttt > 2:693330/1‑60 (MQ=255)
|
ATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTGACTATCG > NC_000913/1226904‑1227194
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
