Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F114 I0 R1
|
92 |
803.2 |
28831534 |
98.5% |
28399060 |
140.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,472,757 |
C→T |
6.6% |
pseudogene (2241/3497 nt) |
ydbA → |
pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,472,757 | 0 | C | T | 6.6%
| 2760.2
/ 111.4
| 850 | pseudogene (2241/3497 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (367/426); new base T (26/31); total (393/457) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 862 total aligned reads displayed.
CGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCTGACGCCATCACCTCAACGTCCGTGGTATG > NC_000913/1472609‑1472905
|
gTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGaa < 1:3412943/149‑1 (MQ=255)
gTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGa > 4:1944958/1‑148 (MQ=255)
tGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAg < 1:6663484/149‑1 (MQ=255)
tATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTaa < 4:5365255/149‑1 (MQ=255)
cTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCa > 3:3283412/1‑149 (MQ=255)
cTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCa < 1:2853703/149‑1 (MQ=255)
agataCGTTGCCCGATGTGCCGAAGCCCAAAACGGGTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGCGGCAACATGAACAACCTCATCAGCCACTTCGTCGATACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTCAACAATGCCa < 4:7083565/147‑1 (MQ=255)
aCGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCAt < 2:777987/149‑1 (MQ=255)
cGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATg > 3:2898796/1‑149 (MQ=255)
gTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCa > 1:4133479/1‑143 (MQ=255)
ttGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGaa > 1:5013313/1‑149 (MQ=255)
tGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGTTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAAc < 3:2148702/149‑1 (MQ=255)
gtgCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGga < 4:4484200/149‑1 (MQ=255)
tcccGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGTAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGgag < 3:4273909/147‑1 (MQ=255)
gCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGgaga < 2:2250709/149‑1 (MQ=255)
aaGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTgg > 1:1008387/1‑142 (MQ=255)
ccAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGt < 1:3818768/136‑1 (MQ=255)
cAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACgg > 4:4048635/1‑149 (MQ=255)
aaTACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGAGGAGATTAACACggg > 4:4216409/1‑149 (MQ=255)
tACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCt > 2:1129023/1‑149 (MQ=255)
aCGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCtt < 3:4616319/149‑1 (MQ=255)
ggTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGga < 2:6195762/132‑1 (MQ=255)
ggTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTa > 2:4970317/1‑149 (MQ=255)
ggTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTa > 4:1465722/1‑149 (MQ=255)
gTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGTTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTAc > 2:1476106/1‑149 (MQ=255)
ttAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTAcc > 3:6092302/1‑149 (MQ=255)
aGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGc < 4:5969892/149‑1 (MQ=255)
aGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGc < 2:997181/149‑1 (MQ=255)
gtgtAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGTTGAAGGtt > 3:5198252/1‑101 (MQ=255)
gtgtAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCt < 1:17333/149‑1 (MQ=255)
tgtAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTg > 4:686208/1‑149 (MQ=255)
tgtAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTg < 3:5518808/149‑1 (MQ=255)
cGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGc < 2:3144849/142‑1 (MQ=255)
gTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACgg < 4:1754892/149‑1 (MQ=255)
tCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGc > 2:2020928/1‑149 (MQ=255)
aaGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGaca > 2:4611332/1‑149 (MQ=255)
tgatgaGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGAcacca < 4:3071478/149‑1 (MQ=255)
atgaGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACt > 2:244712/1‑149 (MQ=255)
atgaGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACt > 3:3531728/1‑149 (MQ=255)
gaGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTaa > 1:6412444/1‑83 (MQ=255)
gaGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACttt > 1:2267894/1‑147 (MQ=255)
gaGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACtgt > 3:3099088/1‑149 (MQ=255)
cTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAAt < 1:5717067/83‑1 (MQ=255)
ggtggGAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACAGCGt > 1:2083776/1‑98 (MQ=255)
ggtggCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGttt < 1:4611332/149‑1 (MQ=255)
gtggCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAACGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGtttt < 4:6680826/149‑1 (MQ=255)
gcagcaTGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGAt > 2:4368734/1‑149 (MQ=255)
gcagcaTGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGAt < 4:6381210/149‑1 (MQ=255)
agcaTGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGaa > 3:748211/1‑65 (MQ=255)
agcaTGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATaa < 1:6872633/149‑1 (MQ=255)
gcaTGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAAc < 1:4857746/149‑1 (MQ=255)
gcaTGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAAc < 3:4063491/149‑1 (MQ=255)
gcaTGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAAc < 3:5692510/149‑1 (MQ=255)
gcaTGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAAc < 1:5187427/149‑1 (MQ=255)
caTGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGTTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACg > 3:6667887/1‑149 (MQ=255)
caTGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGc < 1:148486/123‑1 (MQ=255)
tGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGTTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGtttt < 3:1694627/140‑1 (MQ=255)
gAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGc > 1:3110190/1‑56 (MQ=255)
gAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACtgt > 1:1204867/1‑132 (MQ=255)
gAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGa > 3:6881529/1‑134 (MQ=255)
gAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAg < 4:1111750/149‑1 (MQ=255)
aacaacCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGt > 1:2493300/1‑149 (MQ=255)
acaacCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTg > 4:2212363/1‑149 (MQ=255)
caacCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTgg > 2:2656765/1‑149 (MQ=255)
acCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGaa > 4:3741174/1‑149 (MQ=255)
ccTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGtttt > 4:5042079/1‑133 (MQ=255)
ccTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAAc > 3:1848506/1‑139 (MQ=255)
ccTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAg < 3:2528048/149‑1 (MQ=255)
ccTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAg < 2:671122/149‑1 (MQ=255)
cTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAgg > 3:1138731/1‑149 (MQ=255)
cTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAgg < 3:3800076/149‑1 (MQ=255)
ttaaCGGCTATGGCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGAGTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCCGCGGGAGGTTTGATCACGTAGTGGAAGGt > 2:1784930/3‑149 (MQ=255)
tCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGt > 2:5202589/1‑149 (MQ=255)
cAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTa < 2:4208946/149‑1 (MQ=255)
aaCGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACTACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAg > 4:5805472/1‑149 (MQ=255)
ggCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCaa > 2:5860293/1‑149 (MQ=255)
tGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGTTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGa < 4:5625351/149‑1 (MQ=255)
tGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGa < 1:4368734/149‑1 (MQ=255)
tGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGa < 1:6100676/149‑1 (MQ=255)
gtcgtcGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGTTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGAc < 4:4664448/149‑1 (MQ=255)
gtcgtcGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGAc < 2:3407595/149‑1 (MQ=255)
gtcgtcGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGAc < 3:135889/149‑1 (MQ=255)
tcgtcgGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCt < 4:2352879/145‑1 (MQ=255)
gtcgGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGa > 4:3364494/1‑149 (MQ=255)
tcgGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGAc < 1:894950/149‑1 (MQ=255)
gTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCt > 2:4016121/1‑149 (MQ=255)
tACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCTg < 3:50117/149‑1 (MQ=255)
ccAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCTGAc < 2:6551496/149‑1 (MQ=255)
cAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGAc > 1:5449331/1‑142 (MQ=255)
cAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCTGACg > 4:3205452/1‑149 (MQ=255)
aaCGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGTTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTa > 1:7007704/1‑127 (MQ=255)
aaCGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGa < 2:3633842/103‑1 (MQ=255)
gTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCTGACGCCAt > 2:695603/1‑149 (MQ=255)
tAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCTGACGCCATCa < 3:5306911/149‑1 (MQ=255)
aaCGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCTGACGCCATCAc > 3:63767/1‑149 (MQ=255)
aCGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCTGACGCCATCAcc < 4:256930/149‑1 (MQ=255)
ggCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCTGACGCCATCACCTc > 2:2953633/1‑149 (MQ=255)
cgcCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCTGACGCCATCACCTCAACGt > 4:2858059/1‑149 (MQ=255)
gcCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCTGACGCCATCACCTCAACGTc < 2:567071/149‑1 (MQ=255)
cTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCTGACGCCATCACCTCAACGTCCGTGGTATg < 3:2275344/149‑1 (MQ=255)
|
CGAAGTGCATTATGGCGACTATACGTTGCCGGATGTGCCGAAGCCCAATACGGTTAGTGTAACGTCGGGAAGTGATGAGGCTGGTGGCAGCATGAACAACCTCAACGGCTATGTCGTCGGTACCAACGTTAACGGCAGCGCCGGGAAGCTGAAGGTTAACAATGCCAGCATGAACGGCGTGGAGATTAACACGGGCTTTACCGCTGGTACGGCAGACACCACTGTGAGTTTTGATAACGTAGTGGAAGGTAGCAACCTGACCGACGCTGACGCCATCACCTCAACGTCCGTGGTATG > NC_000913/1472609‑1472905
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
