Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A20 F33 I0 R1
|
257 |
164.2 |
5999246 |
98.1% |
5885260 |
142.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,333,815 |
T→A |
28.2% |
pseudogene (588/4605 nt) |
yfaS ← |
pseudogene, bacterial alpha2‑macroglobulin YfaS variant family; putative membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,333,815 | 0 | T | A | 28.2%
| 285.7
/ 133.9
| 159 | pseudogene (588/4605 nt) | yfaS | pseudogene, bacterial alpha2‑macroglobulin YfaS variant family; putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/58); new base A (20/25); total (76/83) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
CACCAACCATCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTGACTGAGAAGAGAAA > NC_000913/2333667‑2333962
|
caccaACCATCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGt < 3:1201310/149‑1 (MQ=255)
caccaACCATCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGt < 2:106587/149‑1 (MQ=255)
ccaTCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATaa < 3:169058/149‑1 (MQ=255)
caTCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAAc > 2:1455433/1‑149 (MQ=255)
caTCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAAc < 3:757144/149‑1 (MQ=255)
gCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGaa < 3:684551/149‑1 (MQ=255)
gCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGaa > 1:590232/1‑149 (MQ=255)
cgacgaGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGt < 4:351856/149‑1 (MQ=255)
acgaGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGttt < 1:1347400/149‑1 (MQ=255)
acgaGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGttt < 2:676391/149‑1 (MQ=255)
ggTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCAcc < 1:725004/149‑1 (MQ=255)
gTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCa < 3:102294/149‑1 (MQ=255)
tACAGTCCCGGCTTTTGTTGGCCGAGAGTAATATAAATGTTACCCGGCTGAAGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAg < 2:1061118/149‑1 (MQ=255)
tCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAgggg > 4:1092584/1‑147 (MQ=255)
tCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAgggg < 3:1092584/147‑1 (MQ=255)
tCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGCCTGCGGCGCGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCGGGCATGGAGGGTAACGGAACTGTTTCACCAGGGGat > 4:1165283/1‑149 (MQ=255)
ccGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGatat > 1:1221172/1‑149 (MQ=255)
ggCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATAttt > 1:496339/1‑149 (MQ=255)
gCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATAtttt > 1:618463/1‑149 (MQ=255)
tctTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATAtttttt > 4:388238/1‑149 (MQ=255)
tctTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATAtttttt < 1:281027/149‑1 (MQ=255)
ttgttgGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCa < 3:401909/149‑1 (MQ=255)
ttgttgGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCa < 3:813087/149‑1 (MQ=255)
gttgGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGc > 1:877711/1‑149 (MQ=255)
ttgGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCg < 4:544446/149‑1 (MQ=255)
tgGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCgg > 4:851720/1‑149 (MQ=255)
tgGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCgg < 3:109160/149‑1 (MQ=255)
ggCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGttt > 2:915894/1‑124 (MQ=255)
ccGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGa > 4:152251/1‑149 (MQ=255)
cGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAgg < 3:668507/128‑1 (MQ=255)
agagGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGaaaa < 3:750404/149‑1 (MQ=255)
agGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACt > 3:1050527/1‑149 (MQ=255)
agGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACt > 3:325942/1‑149 (MQ=255)
gAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGGGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGATCGAACGGTTTAGCCTTCCATAGTGGTTAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCATCGGGGAAAACTgt > 4:224149/1‑148 (MQ=255)
gAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTgg > 4:1246164/1‑149 (MQ=255)
tataAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGgttg > 4:659724/1‑149 (MQ=255)
ataAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAGTTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGtttgt > 4:1279015/1‑149 (MQ=255)
ataAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGgttgt > 1:912524/1‑149 (MQ=255)
aaaTGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTACTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTc < 2:1135045/149‑1 (MQ=255)
aaTGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAAc < 1:1488555/98‑1 (MQ=255)
aaTGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCt > 3:569874/1‑149 (MQ=255)
aaTGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCt > 3:1312292/1‑149 (MQ=255)
tGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGTAATTGCTGGAAGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGTGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGGTCTGt < 4:595241/149‑1 (MQ=255)
aCCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACt < 2:925094/134‑1 (MQ=255)
cccGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATa > 3:1484265/1‑149 (MQ=255)
ccGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATaa > 3:1171966/1‑149 (MQ=255)
ccGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTCGTTCTGTACATaa < 2:59695/149‑1 (MQ=255)
cGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAAc < 2:1287536/149‑1 (MQ=255)
ggCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACg < 3:928475/149‑1 (MQ=255)
gagaTGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGttt < 3:851720/149‑1 (MQ=255)
aTGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTtaat < 2:1221172/149‑1 (MQ=255)
aaaTTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTaataat < 3:990806/149‑1 (MQ=255)
aaaTTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTaataat < 2:1253890/149‑1 (MQ=255)
aaaTTGCTGGACGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTaataat < 4:1470672/149‑1 (MQ=255)
aaTTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATg < 4:325942/149‑1 (MQ=255)
aTTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATgg < 3:1306513/149‑1 (MQ=255)
cTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCAtt < 2:1010764/149‑1 (MQ=255)
tGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATg < 3:470090/139‑1 (MQ=255)
tGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGa > 3:656533/1‑149 (MQ=255)
gcCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCt > 4:576244/1‑149 (MQ=255)
ttCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTa > 2:752833/1‑149 (MQ=255)
ttCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTa > 1:816903/1‑149 (MQ=255)
aGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTc < 1:738885/149‑1 (MQ=255)
ttttACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCgg < 1:11294/149‑1 (MQ=255)
ttttACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCgg < 4:813530/149‑1 (MQ=255)
ttttACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCgg > 1:344313/1‑149 (MQ=255)
ttttACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCgg < 2:824/149‑1 (MQ=255)
ccccTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAAc < 2:331266/149‑1 (MQ=255)
ccccTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAAc < 2:877711/149‑1 (MQ=255)
cccTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGGTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTaaag > 2:179685/1‑147 (MQ=255)
cccTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACg > 1:1149298/1‑149 (MQ=255)
cccTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACg > 1:101225/1‑149 (MQ=255)
cccTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTACCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACg > 3:532729/1‑149 (MQ=255)
tgctgcGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTg < 1:1411010/149‑1 (MQ=255)
gcGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGaaaa > 1:921321/1‑76 (MQ=255)
gcGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTc < 2:496339/149‑1 (MQ=255)
gCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTcaca > 1:907973/1‑149 (MQ=255)
tCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGCACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACAtt > 4:1093072/1‑149 (MQ=255)
tCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTc > 1:23219/1‑128 (MQ=255)
tCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTc < 2:23219/128‑1 (MQ=255)
tCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACAtt > 2:781090/1‑149 (MQ=255)
tCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACAtt > 2:1195677/1‑149 (MQ=255)
tCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGc > 3:743838/1‑120 (MQ=255)
tCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGc < 4:743838/120‑1 (MQ=255)
gAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCt > 1:275484/1‑149 (MQ=255)
gAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCt < 3:120757/149‑1 (MQ=255)
aaCGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTg > 2:1002116/1‑149 (MQ=255)
aaCGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTg > 4:262982/1‑149 (MQ=255)
ggTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCg < 1:781090/149‑1 (MQ=255)
gTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACAGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATCGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGt < 3:979870/149‑1 (MQ=255)
tttAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTg > 4:665461/1‑149 (MQ=255)
tAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTGAc < 1:682449/149‑1 (MQ=255)
aGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTGACt < 2:907973/149‑1 (MQ=255)
ccATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTGACTga > 3:163890/1‑145 (MQ=255)
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cATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTGACTgagaaga < 1:1455433/149‑1 (MQ=255)
aTAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTGACTgagaagag > 1:1417006/1‑149 (MQ=255)
gTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGTAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTGACTGAGAAGAGaaa < 4:975202/149‑1 (MQ=255)
gTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATgg < 1:469237/87‑1 (MQ=255)
gTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATgg > 2:469237/1‑87 (MQ=255)
|
CACCAACCATCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTGACTGAGAAGAGAAA > NC_000913/2333667‑2333962
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
