Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F187 I0 R2
|
632 |
116.8 |
4275814 |
98.0% |
4190297 |
140.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,314,684 |
A→T |
5.7% |
intergenic (+26/+34) |
ompW → / ← yciE |
outer membrane protein W/putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,314,684 | 0 | A | T | 5.7%
| 353.6
/ 6.3
| 102 | intergenic (+26/+34) | ompW/yciE | outer membrane protein W/putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/45); new base T (4/2); total (55/47) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAA > NC_000913/1314539‑1314826
|
tCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAAta‑ta > 4:704167/1‑148 (MQ=255)
tCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TAc < 1:100801/149‑1 (MQ=255)
cAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACg < 2:754180/149‑1 (MQ=255)
agggtgGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACgg < 1:297211/146‑1 (MQ=255)
gtgtGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAGTA‑TACgg < 3:975553/148‑1 (MQ=255)
gtgtGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACgg < 4:534474/148‑1 (MQ=255)
gtgtGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACgg < 3:312685/148‑1 (MQ=255)
tgtgGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACggg < 3:30158/148‑1 (MQ=255)
gtgGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACgggg < 3:25049/148‑1 (MQ=255)
tgGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTc < 2:49159/149‑1 (MQ=255)
aTGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAg > 2:103253/1‑149 (MQ=255)
aTGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTATTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAg > 2:127023/1‑149 (MQ=255)
gATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGa > 3:32540/1‑148 (MQ=255)
gATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGAc > 1:339960/1‑149 (MQ=255)
tatCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACAt > 1:194257/1‑149 (MQ=255)
tatCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACAt > 1:323851/1‑149 (MQ=255)
tatCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACAt < 1:335807/149‑1 (MQ=255)
cGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGt < 1:103107/149‑1 (MQ=255)
gATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGta > 1:310164/1‑149 (MQ=255)
ccaccGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATaaa < 1:103253/149‑1 (MQ=255)
accGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACATAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAgt < 2:912379/149‑2 (MQ=255)
accGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAg > 3:41261/1‑148 (MQ=255)
accGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAg < 3:242183/148‑1 (MQ=255)
cGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAggg > 3:317098/1‑148 (MQ=255)
gCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGt < 3:997080/148‑1 (MQ=255)
ccAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGtat > 2:364232/1‑149 (MQ=255)
ccAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGtat > 1:172279/1‑149 (MQ=255)
cAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATa > 3:195846/1‑127 (MQ=255)
cAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATa < 4:195846/127‑1 (MQ=255)
cAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGtatt > 2:248323/1‑149 (MQ=255)
aTTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGtattat > 2:789007/1‑149 (MQ=255)
ataAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTAttt < 4:899910/148‑1 (MQ=255)
ataAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATttc < 2:657013/149‑1 (MQ=255)
aGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATttctt < 3:916159/148‑1 (MQ=255)
gCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCg > 2:150287/1‑149 (MQ=255)
cTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCg < 3:705945/148‑1 (MQ=255)
gggCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTACGCACAAAAACAACCCCGTAATA‑TACCGGGTCAATAAGGACAGGGGATAAAGGGTATTATTTCTTCGCtt > 2:459927/1‑149 (MQ=255)
gCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCt < 1:127023/149‑1 (MQ=255)
cGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTa < 2:864951/149‑1 (MQ=255)
ggTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTa < 4:481723/148‑1 (MQ=255)
tGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACg < 4:317098/148‑1 (MQ=255)
acaGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCAt > 2:683105/1‑149 (MQ=255)
cacGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGttt > 4:587046/1‑148 (MQ=255)
cacGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGttt > 3:201005/1‑148 (MQ=255)
gATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCaga > 2:336192/1‑149 (MQ=255)
gATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCaga > 1:190791/1‑149 (MQ=255)
gATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCaga > 2:828591/1‑149 (MQ=255)
gATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCaga > 1:854029/1‑149 (MQ=255)
aTAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCaga > 4:372066/1‑148 (MQ=255)
cGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAg < 4:410940/107‑1 (MQ=255)
cGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAg > 3:410940/1‑107 (MQ=255)
cTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTaaaa < 4:492905/148‑1 (MQ=255)
tCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTaaaaa < 3:587046/148‑1 (MQ=255)
tCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAAt < 1:150287/149‑1 (MQ=255)
tCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTtct > 1:106933/1‑149 (MQ=255)
tCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTtct < 1:145393/149‑1 (MQ=255)
cGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCa < 1:756891/149‑1 (MQ=255)
gTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAg > 2:855972/1‑149 (MQ=255)
gTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCACACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAg > 2:748853/1‑149 (MQ=255)
tGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAgt > 2:572054/1‑149 (MQ=255)
gtgtTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAgttg > 4:415150/1‑148 (MQ=255)
gtgtTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAgttg < 3:704167/148‑1 (MQ=255)
gtgtTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCAGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAgttgt < 1:865089/149‑1 (MQ=255)
ttATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGTGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTg > 3:980876/1‑148 (MQ=255)
ttATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGc < 1:666912/149‑1 (MQ=255)
aTGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCgg > 1:289947/1‑149 (MQ=255)
aTGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCg > 3:883223/1‑148 (MQ=255)
aTGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCg > 3:75514/1‑148 (MQ=255)
tctcAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAat < 3:372066/148‑1 (MQ=255)
tctcAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAat > 4:448246/1‑148 (MQ=255)
agcagGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGta > 2:701548/1‑78 (MQ=255)
agcagGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGta < 1:701548/78‑1 (MQ=255)
agcagGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTc < 3:448246/148‑1 (MQ=255)
gATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAAt < 3:261773/148‑1 (MQ=255)
gATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATc > 1:286916/1‑149 (MQ=255)
atatCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCa < 1:215197/149‑1 (MQ=255)
atCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAg > 3:969950/1‑148 (MQ=255)
tCGTTTTTAATTCCGCACAATAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGcc > 1:856380/1‑149 (MQ=255)
tttttAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAg < 4:883223/148‑1 (MQ=255)
tttttAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGt > 2:302917/1‑149 (MQ=255)
tAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGc > 1:762651/1‑149 (MQ=255)
ccGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCATCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCAtt < 3:1000168/148‑1 (MQ=255)
gCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGc > 2:20305/1‑149 (MQ=255)
gCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGc > 2:713797/1‑149 (MQ=255)
cttattgACCCCGTATAT‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCtttt > 2:527106/7‑149 (MQ=255)
ttattgACCCCGTATAT‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTc > 1:747994/6‑149 (MQ=255)
attgACCCCGTATAT‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAat > 4:86468/4‑114 (MQ=255)
attgACCCCGTATAT‑TACGGAGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAat < 3:86468/111‑1 (MQ=255)
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aCCCCGTATAT‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCAtt < 1:967195/149‑1 (MQ=255)
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aCCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCAt > 3:51769/1‑148 (MQ=255)
aCCCCGT‑ATATTACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCAtt > 2:967195/1‑149 (MQ=255)
aCCACGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCAtt < 2:106933/149‑1 (MQ=255)
cccGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTa > 1:1028021/1‑149 (MQ=255)
ccGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTaa > 1:100999/1‑149 (MQ=255)
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gTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTaaa > 3:47309/1‑148 (MQ=255)
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TCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAA > NC_000913/1314539‑1314826
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
