Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A35 F9 I0 R1
|
1164 |
192.0 |
7567036 |
97.0% |
7340024 |
130.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,202,959 |
T→A |
5.7% |
intergenic (‑26/‑65) |
cohE ← / → croE |
e14 prophage; repressor protein phage e14/e14 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,202,959 | 0 | T | A | 5.7%
| 712.7
/ 22.9
| 193 | intergenic (‑26/‑65) | cohE/croE | e14 prophage; repressor protein phage e14/e14 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (88/94); new base A (4/7); total (92/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.42e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.08e-01 |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
TCCCATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACACCTG > NC_000913/1202811‑1203096
|
ccATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTaa < 4:21865/149‑1 (MQ=255)
cATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAg < 4:564270/149‑1 (MQ=255)
cATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAg < 3:874373/149‑1 (MQ=255)
aTAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAgg > 2:137384/1‑149 (MQ=255)
aTAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAgg > 4:1615222/1‑149 (MQ=255)
aaCCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTAc > 2:907068/1‑149 (MQ=255)
ctgctgGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTa > 1:1222210/1‑140 (MQ=255)
ctgctgGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTa > 1:1359561/1‑140 (MQ=255)
tgctgGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGt > 3:472798/1‑149 (MQ=255)
tCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCTTAACGGTACAAgg < 4:817776/143‑2 (MQ=255)
tCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCTTAACGGTACAAgg > 3:817776/1‑142 (MQ=255)
tGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGaa < 3:1596403/149‑1 (MQ=255)
tGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGaa > 3:32171/1‑149 (MQ=255)
gggTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGaa > 3:170989/1‑148 (MQ=255)
gTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACaa > 3:122910/1‑136 (MQ=255)
tGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTc < 3:447132/149‑1 (MQ=255)
tGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTc < 1:907068/149‑1 (MQ=255)
ggCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCa < 1:916399/149‑1 (MQ=255)
gcgATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCa > 2:1514349/1‑149 (MQ=255)
gATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGtt > 4:897338/1‑140 (MQ=255)
gATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAAt < 4:1132769/149‑1 (MQ=255)
gATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAAt < 4:32171/149‑1 (MQ=255)
atcaatcaTAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGaa > 4:1077147/1‑135 (MQ=255)
aatcaTAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCTTAACGGTACAAgg < 4:933034/124‑2 (MQ=255)
aTAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAat > 4:1264122/1‑149 (MQ=255)
gCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAg < 1:636821/123‑1 (MQ=255)
gCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAg > 2:636821/1‑123 (MQ=255)
aaaGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCTTAACGGTACAAgggt > 4:1884025/1‑111 (MQ=255)
gaagaaTTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCtt < 1:620281/113‑1 (MQ=255)
gaagaaTTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCtt > 2:620281/1‑113 (MQ=255)
gaagaaTTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAatat < 4:747869/139‑1 (MQ=255)
aagaaTTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAg < 2:1259963/149‑1 (MQ=255)
ttCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCAt > 4:475772/1‑117 (MQ=255)
ttCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGa < 2:892337/143‑1 (MQ=255)
ttCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTa < 2:654731/147‑1 (MQ=255)
ttCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTa > 1:654731/1‑147 (MQ=255)
cccGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGtt > 4:1647324/1‑112 (MQ=255)
ccGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAg < 4:455307/91‑1 (MQ=255)
cGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGt > 3:1110087/1‑142 (MQ=255)
cAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAat < 1:1462226/124‑1 (MQ=255)
cAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTa < 1:1514349/149‑1 (MQ=255)
cacCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGa > 1:23293/1‑149 (MQ=255)
cATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACaa > 1:393984/1‑87 (MQ=255)
cATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAata > 4:1818912/1‑119 (MQ=255)
aTCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCt < 1:841797/92‑1 (MQ=255)
tctctcAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAg > 1:1257051/1‑86 (MQ=255)
tcAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTAt > 2:39577/1‑138 (MQ=255)
tcAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTAt < 2:541788/148‑1 (MQ=255)
tcAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTAt > 1:541788/1‑148 (MQ=255)
ttttCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTAt > 1:72152/1‑144 (MQ=255)
ttttCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTAt < 2:72152/144‑1 (MQ=255)
tGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTa < 3:1193692/64‑1 (MQ=255)
cGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTacac < 3:925873/108‑1 (MQ=255)
cGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTaa < 2:1175191/149‑1 (MQ=255)
cGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTaa < 4:1196796/149‑1 (MQ=255)
cGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTaa < 1:6041/149‑1 (MQ=255)
cGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTaa < 4:1104423/149‑1 (MQ=255)
gTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCAt > 2:357693/1‑94 (MQ=255)
gTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCAt < 1:357693/94‑1 (MQ=255)
gTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGaaa > 2:953953/1‑129 (MQ=255)
ttAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAg < 2:786051/111‑1 (MQ=255)
ttAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAg < 2:1250121/111‑1 (MQ=255)
ccgccgGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCaa > 3:1851715/1‑84 (MQ=255)
cgccgGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGaa < 2:23293/149‑1 (MQ=255)
ccgGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAAca < 3:939342/149‑1 (MQ=255)
aTGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAAcagcag < 4:1004240/149‑1 (MQ=255)
aTGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTg > 2:40798/1‑104 (MQ=255)
aTGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTa > 2:1725518/1‑106 (MQ=255)
aTGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTa < 1:1725518/106‑1 (MQ=255)
aTGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTAt < 2:829092/107‑1 (MQ=255)
tGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCaaa < 3:1517445/134‑1 (MQ=255)
tGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCaaa > 4:1517445/1‑134 (MQ=255)
tGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCaaa > 2:148360/1‑134 (MQ=255)
gATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTATTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGtt > 2:954500/1‑149 (MQ=255)
aTTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGCTg > 3:756576/1‑149 (MQ=255)
ttGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTg < 4:1372004/114‑1 (MQ=255)
ttGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTg > 3:1372004/1‑114 (MQ=255)
ttttCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCg > 3:1888928/1‑149 (MQ=255)
aTAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGActct > 3:610164/1‑113 (MQ=255)
aTAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGActct < 4:610164/113‑1 (MQ=255)
aTAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGActc > 1:1088921/1‑112 (MQ=255)
aTAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGaa < 1:400215/125‑1 (MQ=255)
tAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCaaa < 3:1086631/121‑1 (MQ=255)
aCGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTa < 1:452737/113‑1 (MQ=255)
gAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACata < 2:1640926/83‑1 (MQ=255)
gAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACata > 1:1640926/1‑83 (MQ=255)
gatacTTGTACCTTAACGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTgg < 3:1018086/90‑1 (MQ=38)
aaCCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTaa > 4:171589/1‑104 (MQ=255)
aCCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTaa > 3:544941/1‑103 (MQ=255)
aCCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTaa > 1:1289389/1‑103 (MQ=255)
aCCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACAcc > 3:1280225/1‑149 (MQ=255)
cccTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAACGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGcc > 1:776921/1‑128 (MQ=255)
cccTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTATTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACACCt < 1:954500/149‑1 (MQ=255)
ccTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTAc > 3:1623736/1‑69 (MQ=255)
cTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTg < 4:152039/74‑1 (MQ=255)
cGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAgg < 2:1004944/108‑1 (MQ=255)
cGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAgg > 1:1004944/1‑108 (MQ=255)
gTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTAtt < 1:80139/80‑1 (MQ=255)
gTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTAt > 3:1741869/1‑79 (MQ=255)
gTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTgg < 2:1322902/129‑1 (MQ=255)
|
TCCCATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACACCTG > NC_000913/1202811‑1203096
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
