Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F109 I0 R1
|
243 |
97.5 |
3490752 |
98.5% |
3438390 |
141.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,202,961 |
A→C |
6.4% |
intergenic (‑28/‑63) |
cohE ← / → croE |
e14 prophage; repressor protein phage e14/e14 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,202,961 | 0 | A | C | 6.4%
| 429.0
/ 21.3
| 125 | intergenic (‑28/‑63) | cohE/croE | e14 prophage; repressor protein phage e14/e14 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/68); new base C (3/5); total (52/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.95e-01 |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CCATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACACCTGGCTACTTACGGC > NC_000913/1202813‑1203108
|
ccATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTaa > 2:736230/1‑149 (MQ=255)
ccATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTCaa > 4:837490/1‑149 (MQ=255)
aTAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑gg > 1:769302/1‑149 (MQ=255)
aTAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑gg > 1:719159/1‑149 (MQ=255)
aaaCCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTa < 1:367744/149‑1 (MQ=255)
aaCCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTAc < 1:576786/149‑1 (MQ=255)
ccTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACaa < 3:687259/149‑1 (MQ=255)
ccTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACaa < 2:463529/149‑1 (MQ=255)
ctgctgGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAg > 4:372371/1‑149 (MQ=255)
tgctgGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCTTAAC‑GGTACAAgg < 1:116989/149‑2 (MQ=255)
gctgGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCTGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCTTAAC‑GGTACAAggg < 1:358007/149‑3 (MQ=255)
ctgGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACACTTGTACCTTAAC‑GGTACAAgggt < 2:417380/149‑4 (MQ=255)
ggTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCt < 3:756397/149‑1 (MQ=255)
tGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGaa < 1:846640/149‑1 (MQ=255)
tGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGaa < 4:736442/149‑1 (MQ=255)
gggTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAg < 2:203689/149‑1 (MQ=255)
gggTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAg < 4:139158/149‑1 (MQ=255)
gggTTGGCTCGCGACCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAg < 4:824321/149‑1 (MQ=255)
gTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGt > 1:20009/1‑149 (MQ=255)
ttGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGtt > 4:777341/1‑149 (MQ=255)
ttGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGtt > 2:270237/1‑149 (MQ=255)
cgATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTTAAGGTTCATTTCaa < 4:79166/149‑1 (MQ=255)
cgATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCaa < 2:528113/149‑1 (MQ=255)
cgATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCaa < 1:432128/149‑1 (MQ=255)
cgATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCaa < 4:390962/149‑1 (MQ=255)
tcaatcaTAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCa < 4:25080/149‑1 (MQ=255)
tcaatcaTAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCa > 1:271662/1‑149 (MQ=255)
caatcaTAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCAt < 4:297879/149‑1 (MQ=255)
caatcaTAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCAt < 4:383620/149‑1 (MQ=255)
atcaTAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATGTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑TGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGt > 1:720138/1‑149 (MQ=255)
tcaTAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTa > 4:455170/1‑149 (MQ=255)
caTAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTaa > 1:535376/1‑149 (MQ=255)
ggCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAatat > 2:178945/1‑146 (MQ=255)
ggCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAatat < 1:178945/146‑1 (MQ=255)
ggCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTa < 2:720138/149‑1 (MQ=255)
cAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTaca > 4:330489/1‑149 (MQ=255)
aaaGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTacac > 1:839116/1‑149 (MQ=255)
aaaGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTacac > 2:384276/1‑149 (MQ=255)
aaTTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTa > 3:368639/1‑149 (MQ=255)
ttCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACTAAATTAAAACGCTTGTACCGCTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCGTGTAATATGTACAGTGGAGGTaga > 4:609496/1‑147 (MQ=255)
ttCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACa > 2:476867/1‑149 (MQ=255)
tCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACat < 1:506123/149‑1 (MQ=255)
cGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATAtt < 1:152960/149‑1 (MQ=255)
cAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTa < 4:802169/149‑1 (MQ=255)
cAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTa < 1:783677/149‑1 (MQ=255)
acacCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTaa > 2:309158/1‑84 (MQ=255)
acacCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTaa < 1:309158/84‑1 (MQ=255)
acCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGaa > 1:784104/1‑149 (MQ=255)
acCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGCTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGaa > 4:581784/1‑149 (MQ=255)
ccATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGaaa < 3:634279/149‑1 (MQ=255)
agctctcAGTTTTCTGGGGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTATAACCTTTGTACCGTTAA‑GGGCCAAGTATCTTGAAGGTTAATTTCAGTCATGTAATATGTAAACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGc > 4:695523/3‑149 (MQ=255)
tctcAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTa > 4:132106/1‑149 (MQ=255)
tctcAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTa > 3:709348/1‑149 (MQ=255)
ctcAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTAt < 4:108229/149‑1 (MQ=255)
tcAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCTTAAC‑GGTACAAggg < 3:845192/84‑3 (MQ=38)
tcAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTAtt > 3:304594/1‑149 (MQ=255)
tcAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTAtt < 3:165662/149‑1 (MQ=255)
cAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTg < 2:271662/149‑1 (MQ=255)
aGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTgg < 4:277752/149‑1 (MQ=255)
aGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTgg < 1:541527/149‑1 (MQ=255)
ttttCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGa > 3:496552/1‑149 (MQ=255)
cGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTaa < 2:769302/149‑1 (MQ=255)
cGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTaa < 2:719159/149‑1 (MQ=255)
cGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTaa < 1:826369/149‑1 (MQ=255)
gTTAGACCGCCGGTTGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTACAACCCTTGTACCGTTAA‑TGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCttt < 4:703746/146‑1 (MQ=255)
gTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTATCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAAc > 1:567380/1‑149 (MQ=255)
gTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCttt > 3:703746/1‑146 (MQ=255)
gTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAAc > 1:185525/1‑149 (MQ=255)
gTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAAc > 3:40117/1‑149 (MQ=255)
ttAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAGTCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAAcc > 1:768876/1‑149 (MQ=255)
tAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCa < 2:704527/149‑1 (MQ=255)
gACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCaaa < 3:777341/149‑1 (MQ=255)
aTGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAAcagcag < 4:181299/149‑1 (MQ=255)
tGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAgg < 3:620340/149‑1 (MQ=255)
gTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAggg < 1:736230/149‑1 (MQ=255)
gTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAggg < 1:430079/149‑1 (MQ=255)
aTGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAAc < 1:875261/131‑1 (MQ=255)
aTGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAAc > 2:875261/1‑131 (MQ=255)
aTGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGa > 2:118581/1‑149 (MQ=255)
tGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAg < 2:458552/149‑1 (MQ=255)
aTTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTg > 1:596948/1‑149 (MQ=255)
ttGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTgg > 1:174357/1‑149 (MQ=255)
gTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGcc < 1:82463/149‑1 (MQ=255)
gTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGcc < 3:783582/149‑1 (MQ=255)
aTAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGaaaa < 4:304594/149‑1 (MQ=255)
tAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAGTCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAg < 2:768876/149‑1 (MQ=255)
gAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTgg < 2:567380/149‑1 (MQ=255)
gAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTgg < 3:441049/149‑1 (MQ=255)
aaaTTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGc < 2:789692/149‑1 (MQ=255)
ttAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCa > 2:236041/1‑149 (MQ=255)
aCCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACAcc > 3:161047/1‑149 (MQ=255)
ttGTACCTTAAC‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGaaaa > 1:432325/1‑131 (MQ=255)
ttGTACCTTAAC‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGaaaa < 2:432325/131‑1 (MQ=255)
ttGTACCTTAAC‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACACCTGGc > 1:265542/1‑149 (MQ=255)
ttGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACAcc > 2:375427/1‑145 (MQ=255)
ttGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACAcc < 1:375427/145‑1 (MQ=255)
ttGTACC‑TTAACGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACACCTGGc > 3:345988/1‑149 (MQ=255)
ccGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACACCTGGCTACtt < 1:118581/149‑1 (MQ=255)
gTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACACCTGGCTACTTAc > 3:666709/1‑149 (MQ=255)
aa‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCTGAAAAGTTGGCTCAACACCTGGCTACTTACGGc < 4:834804/149‑1 (MQ=255)
|
CCATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAA‑GGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACACCTGGCTACTTACGGC > NC_000913/1202813‑1203108
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
