Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A21 F39 I0 R1
|
217 |
77.2 |
2771496 |
98.2% |
2721609 |
143.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,187,314 |
C→G |
6.0% |
intergenic (+16/+66) |
rcnB → / ← yehA |
periplasmic modulator of Ni and Co efflux/putative fimbrial‑like adhesin protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,187,314 | 0 | C | G | 6.0%
| 291.2
/ 9.2
| 84 | intergenic (+16/+66) | rcnB/yehA | periplasmic modulator of Ni and Co efflux/putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/38); new base G (2/3); total (43/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.15e-01 |
TTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGG > NC_000913/2187170‑2187462
|
ttGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGa > 4:115513/1‑149 (MQ=255)
gCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAgg < 1:597370/149‑1 (MQ=255)
gTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAgggg < 1:609647/149‑1 (MQ=255)
tAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATGATGAggggg < 1:416977/149‑1 (MQ=255)
cTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACCCCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCCTGAGGGGGAAAt < 4:428639/149‑1 (MQ=255)
tGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCtcatc < 3:358084/135‑1 (MQ=255)
tGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCtcatc > 4:358084/1‑135 (MQ=255)
gcgcCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGac < 3:184034/149‑1 (MQ=255)
tGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCtt > 3:58248/1‑149 (MQ=255)
ccGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTATGTGTTGATCAGCGACACAGACGGTAAAATTATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCACATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTAt > 4:600663/1‑149 (MQ=255)
ccGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTAt < 1:677871/149‑1 (MQ=255)
cGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTAtt > 4:149903/1‑149 (MQ=255)
gggACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGCTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTAttt < 2:592059/149‑1 (MQ=255)
gACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTAttttt < 2:269875/149‑1 (MQ=255)
aCTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTttatta > 1:401769/1‑149 (MQ=255)
aCTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTttatta > 4:316625/1‑149 (MQ=255)
cTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCa > 2:330911/1‑126 (MQ=255)
cTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCa < 1:330911/126‑1 (MQ=255)
cTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTttattat > 2:511348/1‑149 (MQ=255)
cTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTttattat < 2:552498/149‑1 (MQ=255)
cTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTttattat < 4:85543/149‑1 (MQ=255)
tGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTA‑TTTttattatta < 2:353729/149‑1 (MQ=255)
ggACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTttattatta < 3:598297/149‑1 (MQ=255)
gACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAg < 1:109088/149‑1 (MQ=255)
aCCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGc < 1:511348/149‑1 (MQ=255)
cTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCa > 3:274637/1‑149 (MQ=255)
cTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCa > 3:71618/1‑149 (MQ=255)
tctatGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTTAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCAc < 1:545774/147‑1 (MQ=255)
tataTGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCAc > 3:606528/1‑149 (MQ=255)
ggTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTc < 1:127021/149‑1 (MQ=255)
gcgcGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTct < 1:564574/149‑1 (MQ=255)
gcgTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTcttg > 1:355451/1‑149 (MQ=255)
gTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTcttgct < 4:204404/149‑1 (MQ=255)
gtgtTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGtt < 1:536207/149‑1 (MQ=255)
tgtTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGtta > 3:586715/1‑149 (MQ=255)
tgtTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGtta > 4:93063/1‑149 (MQ=255)
tgtTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGtta > 1:135238/1‑149 (MQ=255)
gtTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGttat > 4:362975/1‑149 (MQ=255)
ttGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGttatt > 1:157037/1‑149 (MQ=255)
tGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGttatta < 4:71618/149‑1 (MQ=255)
gATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAg > 2:442452/1‑149 (MQ=255)
gATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAg < 3:93063/149‑1 (MQ=255)
gATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAg > 4:489562/1‑149 (MQ=255)
aTCAGCGACACCGACGGTGAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGt > 1:523375/1‑149 (MQ=255)
aTCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGt > 3:351140/1‑149 (MQ=255)
aTCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGt > 4:607866/1‑149 (MQ=255)
tCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCCCTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTc > 3:189240/1‑149 (MQ=255)
tCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTc > 3:617136/1‑149 (MQ=255)
cAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCg > 1:691859/1‑149 (MQ=255)
cGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTAt < 1:565293/149‑1 (MQ=255)
ccGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCAc < 4:675078/149‑1 (MQ=255)
aCGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGtt < 1:442452/149‑1 (MQ=255)
gTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGAt < 4:606528/149‑1 (MQ=255)
tCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGc < 1:470619/149‑1 (MQ=255)
aTTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCgg > 1:210621/1‑149 (MQ=255)
ttAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCa > 1:503919/1‑99 (MQ=255)
ttAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCa < 2:503919/99‑1 (MQ=255)
ttAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGt > 2:648405/1‑149 (MQ=255)
tAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGtt < 3:639873/149‑1 (MQ=255)
gCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCa > 2:258915/1‑128 (MQ=255)
gCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCa < 1:258915/128‑1 (MQ=255)
gCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCt < 4:274637/149‑1 (MQ=255)
tACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCa < 2:487462/149‑1 (MQ=255)
acgacgGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAg > 3:339344/1‑149 (MQ=255)
acgGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTgc < 4:617136/149‑1 (MQ=255)
tGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCa > 4:209135/1‑149 (MQ=255)
gaTTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGAt < 3:316625/149‑1 (MQ=255)
aTTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGAtt > 2:697148/1‑149 (MQ=255)
ttttttATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACATTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCTAGAttt > 1:622819/1‑149 (MQ=255)
ttttATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTaa < 3:115513/149‑1 (MQ=255)
tATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACtt > 2:393340/1‑149 (MQ=255)
gCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTttgtttgt > 1:388471/1‑149 (MQ=255)
aaaaaaGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCg < 4:294663/149‑1 (MQ=255)
aaGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGa < 2:355451/149‑1 (MQ=255)
aaGCCCCCTCATCATGAGGGGAAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCGTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGa < 1:648405/149‑1 (MQ=255)
ccccTCATGATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTcttgc < 1:509502/68‑1 (MQ=255)
ccccTCATGATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTcttgc > 2:509502/1‑68 (MQ=255)
ccccTCATGATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACtttgtt < 1:516898/134‑1 (MQ=255)
ccccTCATGATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACtttgtt > 2:516898/1‑134 (MQ=255)
cccTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACtttgtt > 1:185956/1‑133 (MQ=255)
cccTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACtttgtt < 2:185956/133‑1 (MQ=255)
ccTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACgtagt > 1:38268/1‑149 (MQ=255)
ccTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACgtagt > 1:229547/1‑149 (MQ=255)
ccTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACgtagt > 4:81345/1‑149 (MQ=255)
ccTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACCTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACgtagt > 3:354792/1‑149 (MQ=255)
cTCATCCTGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACgtagta > 2:495811/1‑149 (MQ=255)
catGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTgg < 4:354792/149‑1 (MQ=255)
catGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTgg < 3:362975/149‑1 (MQ=255)
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TTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGG > NC_000913/2187170‑2187462
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
