Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A79 F1 I1 R1
|
19 |
52.0 |
3333102 |
95.7% |
3189778 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
2,520,689 |
(T)8→7 |
intergenic (‑101/‑45) |
dapA ← / → gcvR |
dihydrodipicolinate synthase/DNA‑binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 2,520,682 | 0 | T | . | 98.0%
| 240.4
/ ‑1.7
| 51 | intergenic (‑94/‑52) | dapA/gcvR | dihydrodipicolinate synthase/DNA‑binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (21/29); total (21/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
ACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACA > REL606/2520607‑2520753
|
aCAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGt > 1:1618903/1‑76 (MQ=255)
cAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtt < 1:652143/76‑1 (MQ=255)
aaGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGttt > 1:1403157/1‑76 (MQ=255)
aGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttt > 1:1150658/1‑76 (MQ=255)
aGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttt > 1:883053/1‑76 (MQ=255)
aGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttt > 1:588475/1‑76 (MQ=255)
aGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttt > 1:1501650/1‑76 (MQ=255)
ctcAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttttttat > 1:434704/1‑74 (MQ=255)
tcAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGtttttttatg < 2:1636978/76‑4 (MQ=255)
aTGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCtt > 2:1197578/1‑76 (MQ=255)
aCGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCtt > 1:404706/1‑76 (MQ=255)
cGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTa < 2:691812/76‑1 (MQ=255)
gTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCATTa < 1:1252076/76‑1 (MQ=255)
gTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTaa > 1:258108/1‑76 (MQ=255)
gTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTaa < 1:926945/76‑1 (MQ=255)
gTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTaa > 2:118132/1‑76 (MQ=255)
gTTTGGAATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTaa > 2:1603586/1‑76 (MQ=255)
tttGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAg > 1:1319863/1‑76 (MQ=255)
ttGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGa < 2:215225/76‑1 (MQ=255)
tGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaa > 1:297913/1‑76 (MQ=255)
tGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaa < 1:729853/76‑1 (MQ=255)
ggTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaac > 2:588162/1‑76 (MQ=255)
ggTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaac > 1:847371/1‑76 (MQ=255)
tATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaa < 1:1373003/76‑1 (MQ=255)
tATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaa < 2:1633651/76‑1 (MQ=255)
aTGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac < 1:301489/76‑1 (MQ=255)
aTGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGaacaac < 1:1437901/76‑1 (MQ=255)
tGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACt > 1:398347/1‑76 (MQ=255)
tGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACt < 2:1436009/76‑1 (MQ=255)
ggCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTc < 1:622003/76‑1 (MQ=255)
ggCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTc > 1:1152479/1‑76 (MQ=255)
ggCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTc < 1:622007/76‑1 (MQ=255)
aaaaGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCt < 2:1507779/76‑1 (MQ=255)
aaaGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCtt < 2:1162620/76‑1 (MQ=255)
aaaGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCtt < 1:1630206/76‑1 (MQ=255)
aaaGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCtt > 2:847152/1‑76 (MQ=255)
aagcaagcAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTa < 2:972414/76‑1 (MQ=255)
aagcaagcAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTa > 2:1010348/1‑76 (MQ=255)
gcaagcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTaaa < 1:240603/76‑1 (MQ=255)
gcaagcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTaaa < 2:772705/76‑1 (MQ=255)
caagcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAg < 2:1591487/76‑1 (MQ=255)
gcaGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGaa < 1:1019269/76‑1 (MQ=255)
agaACCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCa < 1:883528/76‑1 (MQ=255)
aaCCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGt < 1:603064/76‑1 (MQ=255)
aaCCGTTCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGt < 1:1166048/76‑1 (MQ=255)
tCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGaca < 1:180548/76‑1 (MQ=255)
tCTGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGaca < 1:180530/76‑1 (MQ=255)
tGATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACt > 2:1451709/1‑76 (MQ=255)
gATTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTg > 1:869406/1‑76 (MQ=255)
aTTGTTGTATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGt > 2:1463980/1‑76 (MQ=255)
tgttgtATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCa > 1:1305800/1‑76 (MQ=255)
gttgtATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCAt > 2:170721/1‑76 (MQ=255)
gttgtATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCAt > 2:879079/1‑76 (MQ=255)
tgtATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCg > 2:415967/1‑76 (MQ=255)
tgtATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCg < 2:713660/76‑1 (MQ=255)
tgtATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCg < 2:713663/76‑1 (MQ=255)
tgtATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCg < 1:1147156/76‑1 (MQ=255)
gtATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc < 1:795723/76‑1 (MQ=255)
gtATGCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGc > 1:994571/1‑76 (MQ=255)
gCATG‑TTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACa < 2:279412/76‑1 (MQ=255)
|
ACAAGTGTCTCAATGGTACGTTTGGTATGGCATTAAAAGCAAGCAGACAGAACCGTTCTGATTGTTGTATGCATGTTTTTTTTATGCTTTCCTTAAGAACAACTCACCCCTTAAAGGAATAACCAGTTTGACACTGTCATCGCAACA > REL606/2520607‑2520753
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
