Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F68 I0 R1
|
25 |
50.4 |
1217238 |
93.3% |
1135683 |
133.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,513,930 |
A→T |
100% |
L413F (TTA→TTT) |
USA300HOU_RS07375 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | 0 | A | T | 100.0%
| 149.7
/ NA
| 48 | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (20/28); total (20/28) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGA > USA300TCH1516_ALE/1513811‑1514054
|
gCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGatt < 1:526651/134‑1 (MQ=255)
gtattaGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCGTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACAGCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGattatt < 1:418208/133‑1 (MQ=255)
tagtagGCAGAGGCACGGGGGTAGACGCGTCGAGAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCAAAACGAAAAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATg < 1:331068/134‑1 (MQ=255)
gagtagCCAGTGGAATGGGGTTTGTCTCTGGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATg < 1:493774/133‑1 (MQ=255)
agtagCCATTGGCATGTGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGc < 1:271761/134‑1 (MQ=255)
gtagCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTATTGcc > 1:432407/1‑134 (MQ=255)
ccATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCatta < 2:89752/134‑1 (MQ=255)
tttgCATTGAGTTTTTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTAttt < 1:107822/131‑1 (MQ=255)
gggTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATc > 2:54684/1‑134 (MQ=255)
gTTTGTCTCTTGTATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCAc < 1:161627/134‑1 (MQ=255)
gTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCAc < 2:153316/134‑1 (MQ=255)
ttGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAATAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACtt < 1:52835/134‑1 (MQ=255)
tGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTa > 2:163982/1‑134 (MQ=255)
tGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTAATTGGATTATCACTTa > 2:133592/1‑134 (MQ=255)
gTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCCCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGCATTTTcctctat > 2:185485/1‑128 (MQ=255)
ctctTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATTTCACTCATAATATGTTTTATTTTATTAGGATTATTAATGACATTATTTGTATTATTATTTATcc > 1:18148/1‑134 (MQ=255)
tctTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCt < 1:430282/134‑1 (MQ=255)
aTAAAGCGTACAAAAAATACTGAAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTAtt < 2:297049/134‑1 (MQ=255)
tAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTAttt < 1:594256/134‑1 (MQ=255)
tAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGGTTTATTGTATCAGGATTATTAATGCCATTATTTGTATTATCACTTATCCTTGTAttt < 1:594237/134‑1 (MQ=255)
gagTACAAAAAATACTACAATAAAAGTACCACATCGAGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATaa < 2:601244/132‑1 (MQ=255)
gCGGACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGGGTAAAAATACTGGCTTCTATATGAGTCTTATTATGTTTTATTGTATTAGGATTAGGAGTTGCATTTTTTGGATTATGACTTATCCTTGTATTTATaa < 2:103371/134‑1 (MQ=255)
aCAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGTATAACACAAATCCTTGTATTTATAATTGa > 1:162838/1‑134 (MQ=255)
aaagaTACTGCAATAAAAGGACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAtt < 1:534855/134‑1 (MQ=255)
aaaaaTACTTCAATAAAAGTACCACATAGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAtt < 2:7323/134‑1 (MQ=255)
aaaaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCTTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAtt < 2:561416/134‑1 (MQ=255)
aaaaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTCGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAtt > 1:566112/1‑134 (MQ=255)
aaaaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACGCAAAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAtt < 1:125428/134‑1 (MQ=255)
aaaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTTTCACTTATCCTTGTATTTATTATTGAATTa > 1:161853/1‑134 (MQ=255)
aaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATTACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTaa < 2:524347/134‑1 (MQ=255)
aaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTaa > 2:375918/1‑134 (MQ=255)
aCTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAAtatt < 1:111900/134‑1 (MQ=255)
cTGGAATAAAATTACCACATCGCGTAAAATAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAAtatta < 2:566112/134‑1 (MQ=255)
tAAAAGTACCACATCGCGTAATAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATAtt < 1:266504/134‑1 (MQ=255)
aGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTCGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTaaaa > 1:168370/1‑133 (MQ=255)
tACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGAt > 2:520684/1‑134 (MQ=255)
cacaTCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGAtcgt > 1:128370/1‑134 (MQ=255)
aaCCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACaataa > 1:351326/1‑134 (MQ=255)
gCATCTTTAGCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCAc < 1:503735/134‑1 (MQ=255)
gCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTTTATATTTCAGATCGTCGTACTAAACAATAATGCAc > 2:124958/1‑134 (MQ=255)
gCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTTCTAAACAATAATGCAc > 2:385670/1‑134 (MQ=255)
gCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCAc < 2:409686/134‑1 (MQ=255)
aTCTATTTCACTCATCTTATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACtt < 1:17173/134‑1 (MQ=255)
tatCACCCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTACATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGt > 2:511232/1‑134 (MQ=255)
aCTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGATTTAATATTATATATTACATCTCTTCTTTCTGAACTATAATGTCATTAAACTTTTg > 2:608154/1‑134 (MQ=255)
tCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGaa < 2:432407/134‑1 (MQ=255)
taataTGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATAGTCGTGCTAAACAATAATACACTTAAAGTTTTGAACTg > 1:555920/1‑134 (MQ=255)
aataTGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGa > 2:62770/1‑134 (MQ=255)
|
GCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGA > USA300TCH1516_ALE/1513811‑1514054
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
