Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F68 I0 R1
|
25 |
50.4 |
1217238 |
93.3% |
1135683 |
133.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,028,622 |
G→T |
32.7% |
T8K (ACG→AAG) |
USA300HOU_RS10230 ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,028,622 | 0 | G | T | 32.7%
| 62.6
/ 34.5
| 56 | T8K (ACG→AAG) | USA300HOU_RS10230 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/17); new base T (9/9); total (29/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
AATAAAGATATCCTACATAAACTAATACACATCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGTTGAAGTTTGTTGAATTTGAGTTTCAATTT > USA300TCH1516_ALE/2028494‑2028750
|
aaTAAAGATATCCTACATAAACTAATACACATCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGat < 1:122690/134‑1 (MQ=255)
aaaaGAAATACTACATAAACTAATACACAACCAAACACTAGAACAAATAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATCAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGatat < 1:136849/133‑1 (MQ=255)
atatatCCTACATAAACTAATACACATCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCTTTGatatata < 1:109085/132‑1 (MQ=255)
aGATATCCTACATAAACTAATACATATCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGatatata < 2:182741/134‑1 (MQ=255)
gATATCCTACATAAACTAATACACATCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTCATGCAGTAAAAATGATCAACAATTGCTTTGatatatat > 2:230910/1‑134 (MQ=255)
gATATCCTACATAAACTAATACACATCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGatatatat > 1:190853/1‑134 (MQ=255)
atatCCTACATAAACTAATACACATCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTATTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATAtt < 1:532445/134‑1 (MQ=255)
atCCTACATAAACTAATACACATCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTtg < 1:407728/134‑1 (MQ=255)
tCCTACATAAACTAATACACATCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTAATATATACTtga > 2:75504/1‑133 (MQ=255)
tACATAAACTAATACACATCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCTTTGATATAAATTtgagtg > 2:574994/1‑134 (MQ=255)
acaTCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCgccgcc > 1:162613/1‑134 (MQ=255)
acaTCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCgccgcc < 2:603692/134‑1 (MQ=255)
caTCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGAAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCt > 2:411798/1‑134 (MQ=255)
aTCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCtt > 1:71632/1‑134 (MQ=255)
ccAATAATAGAACGAGTAAAACGCCAATCGTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGTGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCtttat > 2:73430/1‑132 (MQ=255)
ccAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCt > 1:531395/1‑134 (MQ=255)
taataGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAAACATGAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGc < 1:195154/134‑1 (MQ=255)
gAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCCGTAAAAACGAACAACATTTGAATAGAGATAAATTTGTGTGTCAAGTTTAGCCACCATTCTATGCCACAg > 1:226966/1‑134 (MQ=255)
gAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGtt < 2:196370/134‑1 (MQ=255)
tAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTTGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCat < 1:302419/134‑1 (MQ=255)
aaaaGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCatat > 2:499425/1‑134 (MQ=255)
aaaaGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAAATGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTCGatat > 2:74149/1‑134 (MQ=255)
aaaGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTGATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCAtata < 2:562118/134‑1 (MQ=255)
aaaGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCAtata > 2:523600/1‑134 (MQ=255)
aaGCCATTTTTTTCAAAAAATATTTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATaa < 1:453870/134‑1 (MQ=255)
aTTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCAGATAATttagt > 1:91307/1‑132 (MQ=255)
tttCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTGGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGAt < 1:486570/134‑1 (MQ=255)
aaaaaaTATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCCCAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGa > 1:559272/1‑134 (MQ=255)
aaaaaTGTGTAGTAACAATGTGCAATAATCATTAATGCAGTAACAATGATCTACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCTTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGAt < 2:272664/134‑1 (MQ=255)
aaTATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATggt > 2:109824/1‑132 (MQ=255)
atatGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATTAACATTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGttt < 1:540806/134‑1 (MQ=255)
atatGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTACATACGATGttt < 2:531395/134‑1 (MQ=255)
atGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATAAGATGtttgt > 2:124450/1‑132 (MQ=255)
aaaaTTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGc < 2:71632/134‑1 (MQ=255)
gtaataagAATTAATGCAGTAAAAATGATCAACCTTTGCGTTAATATATATTTGTGTGTGATGTTTCGCCGCATTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTAttttt < 2:20241/132‑1 (MQ=255)
gCAATAACCATTAATTCAGTATAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTCatttt < 2:533654/134‑1 (MQ=255)
aatCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGt > 1:447738/1‑134 (MQ=255)
aatCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGt > 1:494402/1‑134 (MQ=255)
aatCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAACGATCACCATATCTACTACAAACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGt > 1:600112/1‑134 (MQ=255)
aatCATGAATGCAGTAAAGATGATCACCAGTTGCTTTGATATATATTTGTTTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGt < 2:396534/134‑1 (MQ=255)
cATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCACTTATATGGAGCGGGGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGTTGa > 1:282416/1‑134 (MQ=255)
cATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGTTGa > 1:112551/1‑134 (MQ=255)
aTTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGTTGac > 2:516066/1‑133 (MQ=255)
aTGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGTTGAAGttt > 1:494976/1‑134 (MQ=255)
gCAGTAAAAATGATCAACTTTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGTTGAAGTttgt < 2:25377/134‑1 (MQ=255)
gCAGTAAAAATGATCAACATTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGTTGAAGTttgt < 1:109824/134‑1 (MQ=255)
gCAGTAAAAATGATCAACATTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCACCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATCATTTATTAGATACGATGTTTTTTATGTTGCTATTTTTTCAGTTGACGttttt > 2:248834/1‑132 (MQ=255)
gCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGTTGAAGTttgt > 2:325123/1‑134 (MQ=255)
gTAAAAATGATGACCTTTTGCCTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGTTGAAGTTTGTTGa < 2:361124/134‑1 (MQ=255)
aaaaTGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGTGGCCTTTCTATACAACAGCCTTCTTGTACTTTATTAGATACGATGTTGTTTCTGTTACGATTTTTTCACTTGCGGTttgttgtgtt > 2:64412/1‑130 (MQ=255)
aaTTATCAACATTTTTGTTGATTTATATTTTTGTGTCAAGTGTCGCCGCCTTTCTAGGCCACAGCGTTCATATAAATTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATGTTTTCAGTTGAAGTTTGTTGAATTTg < 1:75504/134‑1 (MQ=255)
tGATCAACATTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGTTGTTTTTTCTGTTTCTATTTTTTCAGTTGAAGTTTGTTGAATTTGAg > 1:238165/1‑134 (MQ=255)
gATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGTTGAAGTTTGTTGAATTTGAGt < 1:523600/134‑1 (MQ=255)
aTCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGTTGAAGTTTGTTGAATTTGAGtt < 1:499425/134‑1 (MQ=255)
tCAACATTTGCTTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGTTGAAGTTTGTTGAATTTGAGttt < 1:431904/134‑1 (MQ=255)
tttGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTGTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGTTATTTTTTTAGTTGAAGTTTGTTGAATTTGAGTTTGAAttt > 1:353102/1‑134 (MQ=255)
|
AATAAAGATATCCTACATAAACTAATACACATCCCAATAATAGAACGAGTAAAAAGCCAATTTTTTCAAAAAATATGTAGTAAAAATTGGCAATAATCATTAATGCAGTAAAAATGATCAACATTTGCGTTGATATATATTTGTGTGTCATGTTTCGCCGCCTTTCTATGCCACAGCGTTCATATAATTTATTAGATACGATGTTTTTTCTGTTGCTATTTTTTCAGTTGAAGTTTGTTGAATTTGAGTTTCAATTT > USA300TCH1516_ALE/2028494‑2028750
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
