Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A21 F117 I1 R1
|
27 |
126.2 |
2957298 |
92.6% |
2738457 |
136.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,672,590 |
G→T |
L135I (CTT→ATT) |
sigA ← |
RNA polymerase sigma factor SigA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,672,590 | 0 | G | T | 95.3%
| 274.2
/ 6.4
| 86 | L135I (CTT→ATT) | sigA | RNA polymerase sigma factor SigA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/0); new base T (40/42); total (44/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.77e-01 |
ATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAAGTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAACACCTGGAGGG > USA300TCH1516_ALE/1672452‑1672726
|
aTCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTc > 1:682314/1‑141 (MQ=255)
ttGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGAt > 3:315087/1‑141 (MQ=255)
ttGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAAGTCTTGAt > 1:730579/1‑141 (MQ=255)
gTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGAttt > 4:166874/1‑141 (MQ=255)
aGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTa > 4:114529/1‑141 (MQ=255)
aaTTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTtca > 2:916505/1‑141 (MQ=255)
aaTTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACCtca > 2:975936/1‑141 (MQ=255)
aTTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTtcat < 3:205526/141‑1 (MQ=255)
aTTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTtcat < 2:413299/141‑1 (MQ=255)
ttttgCAACAGCTTTTATAAGGCCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTGGAACTTTGCGTTAGTTCGCTTCTGCGATTCTTGATTTGGCTACTtcatc < 2:208318/141‑1 (MQ=255)
tCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCt > 1:862129/1‑141 (MQ=255)
tCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAAGTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCt > 1:626163/1‑141 (MQ=255)
tttttttttAATAAGACAAATATTACATTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTg > 2:347604/7‑141 (MQ=255)
aaCAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCt > 2:290714/1‑117 (MQ=255)
aaCAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCt < 1:290714/117‑1 (MQ=255)
aCAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGt > 3:408416/1‑141 (MQ=255)
cAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGtt > 1:57223/1‑141 (MQ=255)
aGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTc < 1:662399/141‑1 (MQ=255)
cccATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACCTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGcc < 1:975936/141‑2 (MQ=255)
ccATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCATTACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTa < 2:220622/141‑1 (MQ=255)
cATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTaa < 4:307534/141‑1 (MQ=255)
atTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTc < 1:792677/141‑1 (MQ=255)
tACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCTCGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACGACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGa < 1:482942/141‑1 (MQ=255)
tACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGa < 2:440658/141‑1 (MQ=255)
tACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGa < 2:1005036/141‑1 (MQ=255)
ccTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAGCATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGAtt < 1:687806/141‑1 (MQ=255)
ccTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAGCATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGAtt < 4:317108/141‑1 (MQ=255)
cttcttGGATTAAATCAAGGCATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGAttt > 2:513371/1‑141 (MQ=255)
cttcttGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAAGTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGAttt > 1:76817/1‑141 (MQ=255)
ttcttGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATttc < 3:429822/141‑1 (MQ=255)
tcttGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATttct < 1:347604/141‑1 (MQ=255)
tcttGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGAAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTTGCTAATTCGATttct > 1:867080/1‑141 (MQ=255)
ttAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTtgtg < 2:357937/141‑1 (MQ=255)
aGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTtaat > 2:754926/1‑141 (MQ=255)
ggAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTtaata > 2:953897/1‑141 (MQ=255)
aaCATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAAGTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTa > 1:142615/1‑141 (MQ=255)
aCATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCTCTTAATAAGTTaa > 4:149175/1‑141 (MQ=255)
cATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAac > 3:231958/1‑141 (MQ=255)
aTACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAaca > 4:299534/1‑141 (MQ=255)
cACGACCTACGTATCTTTTATCAATACTTACAACTAAACTTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGcc < 1:978356/141‑1 (MQ=255)
aaCGACATAAGTATCTTTTAGAAATACTTATAACTACTTATAATTTTGCTTCTTCAATTCTTGATTTTTCTACTTCATCGTCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGcc < 2:89861/140‑1 (MQ=255)
aCGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGccc < 1:102790/141‑1 (MQ=255)
aCGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGccc > 4:431797/1‑141 (MQ=255)
gACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCaa > 1:185231/1‑141 (MQ=255)
aCCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACt < 1:17909/70‑1 (MQ=255)
aCCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACt > 2:17909/1‑70 (MQ=255)
aCCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAAt < 1:78681/141‑1 (MQ=255)
aTCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTaa < 1:730831/141‑1 (MQ=255)
aGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCATGTTCCATACGTTTGGCCAATAAGATTTCTACTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCACTTTCTTTAAGGTACAt < 1:923254/141‑1 (MQ=255)
gCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCAc < 2:597754/103‑1 (MQ=255)
gCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCAc > 1:597754/1‑103 (MQ=255)
cAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGc > 3:355325/1‑49 (MQ=255)
cAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGc < 4:355325/49‑1 (MQ=255)
cAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATAc > 1:209669/1‑141 (MQ=255)
aaTACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACg < 2:154917/141‑1 (MQ=255)
aCTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAAc < 3:399452/141‑1 (MQ=255)
tACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTgg > 2:123294/1‑141 (MQ=255)
aCAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTggg < 4:434446/141‑1 (MQ=255)
cAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGt > 3:40817/1‑141 (MQ=255)
cAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGt > 2:417558/1‑141 (MQ=255)
aaCTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTc < 2:380399/141‑1 (MQ=255)
aaCTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTc < 4:236621/141‑1 (MQ=255)
aCTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCa > 4:317762/1‑141 (MQ=255)
cTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACACCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCat < 4:409995/141‑1 (MQ=255)
tAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCatt < 1:92252/141‑1 (MQ=255)
aaCGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCattta < 2:74365/141‑1 (MQ=255)
aaCGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCattta > 1:856933/1‑141 (MQ=255)
aaCGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCattta > 2:704215/1‑141 (MQ=255)
aaCGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCattta > 4:279683/1‑141 (MQ=255)
aCGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCatttat > 3:238102/1‑141 (MQ=255)
aCGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCatttat > 4:43390/1‑141 (MQ=255)
cGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCCTCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAGTTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGTCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCatttatt < 4:428931/141‑1 (MQ=255)
cGTAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCatttatt < 2:57223/141‑1 (MQ=255)
tAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTAtttt > 3:402017/1‑141 (MQ=255)
tAAGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTAtttt > 3:329005/1‑141 (MQ=255)
aGTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTaa > 2:254726/1‑141 (MQ=255)
gTTCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAac < 1:534337/141‑1 (MQ=255)
ttCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAaca < 1:587091/141‑1 (MQ=255)
tCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGTTTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAATGTACATACTAACTGGGTCATTTATTTTAacac > 4:292876/1‑141 (MQ=255)
tCGCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAacac < 2:137228/141‑1 (MQ=255)
gCTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAACACCt > 2:843528/1‑141 (MQ=255)
cTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTaa > 3:395349/1‑55 (MQ=255)
cTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTaa < 4:395349/55‑1 (MQ=255)
cTTCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAACACCTg < 1:22610/141‑1 (MQ=255)
ttCTGCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAACACCTgg < 1:466033/141‑1 (MQ=255)
gCAATTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAACACCTGGAggg > 2:749568/1‑141 (MQ=255)
|
ATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAAACGTAAGTTCGCTTCTGCAAGTCTTGATTTTGCTACTTCATCACCTTGTTCAATACGTTTGGCTAATTCGATTTCTTCTTGTGCACTTAATAAGTTAACACGCCCAATTTCTTTAAGGTACATACGAACTGGGTCATTTATTTTAACACCTGGAGGG > USA300TCH1516_ALE/1672452‑1672726
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
