Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F57 I1 R1
|
23 |
129.1 |
2698390 |
96.2% |
2595851 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,343,438 |
C→T |
intergenic (+114/+250) |
USA300HOU_RS11955 → / ← aldC_1 |
65 kDa membrane protein/Alpha‑acetolactate decarboxylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,343,438 | 0 | C | T | 99.2%
| 413.2
/ NA
| 125 | intergenic (+114/+250) | USA300HOU_RS11955/aldC_1 | 65 kDa membrane protein/Alpha‑acetolactate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (54/70); minor base A (0/1); total (54/71) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CAAACAGATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAATTATAA > USA300TCH1516_ALE/2343297‑2343578
|
cAAACAGATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATGGTa > 1:1247911/1‑149 (MQ=255)
aTACAAATTGTATCTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCTTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTta < 2:1056422/149‑1 (MQ=255)
aTACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTCTTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTta < 1:1269097/149‑1 (MQ=255)
aTACAAAGTGTACTTAAAAAAAAATTTGTACAGCGTTTTATATGGCAAGCGCTGAAAAATTGGATTTTCTTTTTTTAGTTATGTAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTta < 2:146936/149‑1 (MQ=255)
aacttGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATg < 1:51214/146‑1 (MQ=255)
aaTTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGa > 2:582796/1‑149 (MQ=255)
taatTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGTGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAAttt < 2:719006/149‑1 (MQ=255)
aatTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTta < 2:548601/149‑1 (MQ=255)
tttGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTtata < 1:401723/149‑1 (MQ=255)
ttaaaaTAGCTTTATAGGGCAAGCTCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCCTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAAt < 2:22866/147‑1 (MQ=255)
tGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAAt < 1:679820/149‑1 (MQ=255)
gAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATc < 2:1312026/149‑1 (MQ=255)
aaTAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATCGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTaa < 1:963000/149‑1 (MQ=255)
attgTTTTATAGTGCAAGCGCTGTAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCCCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTaaa < 1:430434/146‑1 (MQ=255)
tAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAAc > 1:331058/1‑149 (MQ=255)
aGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGTCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACa < 2:313235/149‑1 (MQ=255)
aGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACa > 1:1163992/1‑149 (MQ=255)
aGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGGGTACCGCAATTTATAATCTAGACa > 1:1241546/1‑149 (MQ=255)
ttttATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGCGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATa > 2:1112676/1‑149 (MQ=255)
tttATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCCCAATTTATAATCTAAACATaa > 1:296027/1‑149 (MQ=255)
tttATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATaa > 2:667417/1‑149 (MQ=255)
tttATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATaa > 2:39720/1‑149 (MQ=255)
tataGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTGCCACAATTTATACACTAAACATaaac > 2:174363/1‑147 (MQ=255)
ataGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAg > 1:754875/1‑149 (MQ=255)
ataGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAg > 2:1053760/1‑149 (MQ=255)
gggCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTGCCACAATTTATAATCTAAAGATAACAGCaa > 1:347495/1‑149 (MQ=255)
ggCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATAGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATACCAGCaaa > 2:1315045/1‑149 (MQ=255)
cAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAAtc > 1:655643/1‑149 (MQ=255)
aaGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAAtct < 2:1137891/149‑1 (MQ=255)
aaGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAAtct < 2:1255755/149‑1 (MQ=255)
aGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATGGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAAtctc < 1:294608/149‑1 (MQ=255)
gcgcTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCa < 1:1188291/149‑1 (MQ=255)
cgcTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCaa > 1:940117/1‑149 (MQ=255)
cgcTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCaa < 1:783868/149‑1 (MQ=255)
aaaaaTTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATc > 2:403080/1‑149 (MQ=255)
aaaaaTTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATc > 1:286623/1‑149 (MQ=255)
aaaaaTTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATc > 1:608614/1‑149 (MQ=255)
ttGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAATTATCTGGaa > 1:35017/1‑149 (MQ=255)
tGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAAc > 2:15964/1‑149 (MQ=255)
tggTTTGTCTTTTTAGATATTTAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCt < 1:502759/147‑1 (MQ=255)
gCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAACTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTGTATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCt < 1:895639/149‑1 (MQ=255)
tCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTTTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAAt < 2:849951/149‑1 (MQ=255)
aGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATCATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCa < 1:759427/149‑1 (MQ=255)
ttATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCact > 1:1257024/1‑149 (MQ=255)
tATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATTTAATAGAAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCACCTAactc > 2:222776/1‑148 (MQ=255)
tATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCacta > 2:790580/1‑149 (MQ=255)
tATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCacta < 2:489589/149‑1 (MQ=255)
gAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑Gc > 1:575358/1‑149 (MQ=255)
gAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑Gc < 2:596887/149‑1 (MQ=255)
gAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑Gc > 1:508172/1‑149 (MQ=255)
aaCTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCt < 1:767797/149‑1 (MQ=255)
atttGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTAAAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGTTACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTa < 1:871928/147‑1 (MQ=255)
aCTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTa < 1:865501/149‑1 (MQ=255)
aCTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTa < 1:109007/149‑1 (MQ=255)
aCTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTa > 1:608717/1‑149 (MQ=255)
aCTTGTAAATTATGGTTGTTTGCTGCGCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCGAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTa < 1:570881/149‑1 (MQ=255)
cTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCCAGCCTCAAATATCTGGAACCTAATAAGTCCCCTCACTACT‑GGTaa < 2:32372/149‑1 (MQ=255)
cTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTaa < 2:56053/149‑1 (MQ=255)
cTTGGAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACATATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTCCATCCTTTTCAAAAGTAAACAGAACAGAATATCGTAAATATCTGGAACCTAAAAGACCTCCACGCTACT‑GCTaa < 2:947175/149‑1 (MQ=255)
ttAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAg < 1:1164994/148‑1 (MQ=255)
gTATATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAg < 1:30041/149‑1 (MQ=255)
gTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAg < 1:1062811/149‑1 (MQ=255)
gTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAg < 1:1103376/149‑1 (MQ=255)
gTAAATTATTGTTGGTTGCTTCTCGGAGTACCAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATCATCTAAACATACCAGCAAATCTCAAATATCTGGGACCTAATAAATCCCCTCGCTACT‑GCTAATAg < 2:601227/149‑1 (MQ=255)
gTAAATTATTGGTGTTTGCTTCGCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAg < 2:524190/149‑1 (MQ=255)
tAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGt < 2:1129376/149‑1 (MQ=255)
tAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATACCTGGTGCGTGATATTTCCCCTCACTACT‑GCTAATAGt < 2:290329/149‑1 (MQ=255)
aaTTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGa < 1:1277125/149‑1 (MQ=255)
ttgttgTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTCCT‑GCTAATAGTGAAGGGa > 1:961599/1‑149 (MQ=255)
ttgttgTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATATCAAATATCTGGAAACTAATAAATACCCTCACTCCT‑GCTAATAGTgggcgcg > 2:588785/1‑143 (MQ=255)
tgtttgttGCTTCTCGTAGTAACATATTGGCCGATCTAAGAGTAAATTTTATATGAGTCTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGat < 1:96210/143‑1 (MQ=255)
tgttgtTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATCTCCTCGTGGCTTGTTTAAGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGat < 1:436164/149‑1 (MQ=255)
tgttgtTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGCGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGat > 2:152178/1‑149 (MQ=255)
tgttgtTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCCAATATCTGGAACCTAATAAATCCACTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGat > 2:277586/1‑149 (MQ=255)
tgttgtTTACTTTTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCACATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGat < 2:704584/149‑1 (MQ=255)
gttgttTGCTTCTCGTAGTNACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGatt < 1:423324/149‑1 (MQ=255)
tgttTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGattta < 1:84388/149‑1 (MQ=255)
tgttTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGattta < 1:551493/149‑1 (MQ=255)
tgttTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGattta < 1:530703/149‑1 (MQ=255)
tgttTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGattta < 1:489174/149‑1 (MQ=255)
tttGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCTTCACTATTAGC‑AGTAGTGAGGGGatttatt < 1:1250166/149‑1 (MQ=37)
tttGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCTTCACTATTAGC‑AGTAGTGAGGGGatttatt < 2:404919/149‑1 (MQ=37)
tttGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTCATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCTTCACTATTAGC‑AGTAGTGAGGGGatttatt < 1:368183/149‑1 (MQ=37)
ttGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGatttattt > 1:200265/1‑149 (MQ=255)
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tctcGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGATTTATTttatta > 1:863313/1‑149 (MQ=255)
tctcGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGATTTATTttatta > 1:700654/1‑149 (MQ=255)
tctcGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGATTTATTttatta > 1:1027247/1‑149 (MQ=255)
agtaACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGa < 1:790580/149‑1 (MQ=255)
gtaACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCCAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTCCTTAGAc > 2:1274980/1‑149 (MQ=255)
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aaCAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGt > 1:1011180/1‑149 (MQ=255)
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taggCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAATtat < 2:1344395/147‑1 (MQ=255)
ggCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAATTATaa < 2:94618/149‑1 (MQ=255)
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CAAACAGATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACT‑GCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAATTATAA > USA300TCH1516_ALE/2343297‑2343578
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
