Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F171 I0 R1
|
77 |
151.8 |
3400288 |
94.4% |
3209871 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,643,049 |
G→A |
23.5% |
A341V (GCT→GTT) |
cfiB_2 ← |
2‑oxoglutarate carboxylase small subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,643,049 | 0 | G | A | 23.5%
| 309.9
/ 90.3
| 157 | A341V (GCT→GTT) | cfiB_2 | 2‑oxoglutarate carboxylase small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/60); new base A (15/22); total (75/82) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
TCGCTACCATCGAATCATAATATGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGATGTTCTACT > USA300TCH1516_ALE/1642909‑1643189
|
tCGCTACCATCGAATCATAATATGGCTGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAg < 4:368072/141‑1 (MQ=255)
cGCTACCATCGAATCATAATATGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGc > 1:458872/1‑141 (MQ=255)
gCTACCATCGAATCATAATATGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCa > 1:211937/1‑141 (MQ=255)
tCGAATCATAATATGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTc < 1:328393/141‑1 (MQ=255)
tCGAATCATAATATGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTc > 2:188222/1‑141 (MQ=255)
aataTGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCaa > 2:447647/1‑141 (MQ=255)
aataTGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCaa < 3:25812/141‑1 (MQ=255)
atatGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAAt < 4:182476/141‑1 (MQ=255)
tatGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAAtt < 3:231308/141‑1 (MQ=255)
tGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGc < 4:159621/141‑1 (MQ=255)
ggTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCgtgt > 3:336443/1‑141 (MQ=255)
ggTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCgtgt < 1:516343/141‑1 (MQ=255)
gTATCGTATAGTTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTc > 3:367761/1‑141 (MQ=255)
tATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTcc > 1:1084005/1‑141 (MQ=255)
aTCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCt < 1:104586/141‑1 (MQ=255)
tCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTg < 3:183094/141‑1 (MQ=255)
cGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGt < 4:471208/141‑1 (MQ=255)
cGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGt < 2:245922/141‑1 (MQ=255)
gTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGtt > 1:261724/1‑141 (MQ=255)
aaTTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGttaatt > 4:101352/1‑141 (MQ=255)
gTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAata > 3:289034/1‑141 (MQ=255)
tataACATGCTGACTCTATTCGTACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAAGTGCGTGTCCTGTTGATTTAatat > 1:825354/1‑141 (MQ=255)
tataACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAatat > 1:361450/1‑141 (MQ=255)
ataACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATAtc < 1:640286/141‑1 (MQ=255)
taACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATAtct > 1:1059679/1‑141 (MQ=255)
aaCATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATAtctt > 1:453933/1‑141 (MQ=255)
cATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATAtcttct > 1:518762/1‑141 (MQ=255)
cATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATAtcttct < 1:1117749/141‑1 (MQ=255)
tGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTg > 3:429712/1‑141 (MQ=255)
gCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGt > 1:158823/1‑141 (MQ=255)
cTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGtt > 1:923208/1‑141 (MQ=255)
tGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGttt > 1:598016/1‑141 (MQ=255)
ctctATTCGAACACCATATCCACCTGTTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTtata < 2:34345/141‑1 (MQ=255)
ctctATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTtata > 2:864214/1‑141 (MQ=255)
ctATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACg > 3:150863/1‑141 (MQ=255)
aTTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGt > 2:708410/1‑141 (MQ=255)
cGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATNCGGTAac > 2:896515/1‑141 (MQ=255)
gAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAaca < 1:1159735/141‑1 (MQ=255)
aaCACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAacac < 2:271625/141‑1 (MQ=255)
acacCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATAtc > 4:200913/1‑119 (MQ=255)
acacCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACg > 1:1000276/1‑141 (MQ=255)
acacCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACg > 1:76392/1‑141 (MQ=255)
acacCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACg > 1:1135746/1‑141 (MQ=255)
cacCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGt < 4:429407/141‑1 (MQ=255)
acCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTc > 4:249964/1‑141 (MQ=255)
acCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTc > 2:635918/1‑141 (MQ=255)
cATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCAc < 2:1021073/141‑1 (MQ=255)
atatCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCAcc < 4:147074/141‑1 (MQ=255)
atCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCa < 4:460176/141‑1 (MQ=255)
ccTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCa < 1:1186144/141‑1 (MQ=255)
cTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCaa < 2:186792/141‑1 (MQ=255)
cTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCaa > 3:276994/1‑141 (MQ=255)
tGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAAc > 2:926022/1‑141 (MQ=255)
ggTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACt > 1:874932/1‑141 (MQ=255)
tGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACtcg < 2:1173946/141‑3 (MQ=255)
gCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACttgt > 2:252730/1‑141 (MQ=255)
cAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCTTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACttgta < 4:494927/141‑1 (MQ=255)
aaGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCCTAGCAACttgtaa > 2:620362/1‑141 (MQ=255)
aGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACttgtaat > 3:327640/1‑141 (MQ=255)
cTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAAttt < 1:711944/141‑1 (MQ=255)
cTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAAttt < 2:1046679/141‑1 (MQ=255)
cAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTaa > 1:444942/1‑141 (MQ=255)
aaTTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAAc < 2:39815/141‑1 (MQ=255)
aaTTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAAc < 2:39795/141‑1 (MQ=255)
ttttACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTa < 2:211937/141‑1 (MQ=255)
ttttACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTa < 2:1007514/141‑1 (MQ=255)
ttttACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTa < 3:423384/141‑1 (MQ=255)
tttACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTaa > 1:742557/1‑141 (MQ=255)
ttACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTaaa > 2:927579/1‑141 (MQ=255)
ttACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTaaa < 1:1123981/141‑1 (MQ=255)
ccTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCa > 3:404283/1‑141 (MQ=255)
ggTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAAtt > 3:46758/1‑141 (MQ=255)
aTGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTg < 4:289034/141‑1 (MQ=255)
aTGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTg < 3:372405/141‑1 (MQ=255)
ggCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGtt < 4:386977/141‑1 (MQ=255)
ggCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGtt < 2:40390/141‑1 (MQ=255)
gCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTa > 2:366223/1‑141 (MQ=255)
gCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTa > 2:84873/1‑141 (MQ=255)
aTAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTg < 2:648149/136‑1 (MQ=255)
aTAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTAcc > 2:97633/1‑141 (MQ=255)
aTAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATAAGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTg > 1:648149/1‑136 (MQ=255)
aGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCAttt > 1:156494/1‑141 (MQ=255)
aGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCAttt > 4:199402/1‑141 (MQ=255)
gTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTc < 2:458872/141‑1 (MQ=255)
cTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGt < 4:392695/141‑1 (MQ=255)
ttGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGtt > 2:725710/1‑141 (MQ=255)
ttGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGtt > 1:573802/1‑141 (MQ=255)
tGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTa < 2:1059679/141‑1 (MQ=255)
gTAAGGATTTTCAACATTACTTCTAAATTCAATTGCGGGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTNAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTAc < 1:1003532/141‑1 (MQ=255)
gTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTAc < 1:839509/141‑1 (MQ=255)
aaGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAg > 3:502118/1‑141 (MQ=255)
aGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAgg > 1:451997/1‑141 (MQ=255)
aGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAgg < 1:705033/141‑1 (MQ=255)
aGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAgg > 2:435658/1‑141 (MQ=255)
ggATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGa > 4:167779/1‑141 (MQ=255)
ggATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGa < 1:204005/141‑1 (MQ=255)
aTTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGATg > 1:680555/1‑141 (MQ=255)
cAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGATGTTCTa > 1:412648/1‑141 (MQ=255)
aGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGATGTTCTAc > 1:783695/1‑141 (MQ=255)
gCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATATTCTTGTTTATACGGTAACACGTATTAAAAAGCATCGTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGATGTTCTACt < 1:1009333/141‑1 (MQ=255)
|
TCGCTACCATCGAATCATAATATGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGATGTTCTACT > USA300TCH1516_ALE/1642909‑1643189
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
