Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F171 I0 R1
|
77 |
151.8 |
3400288 |
94.4% |
3209871 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,909,214 |
C→A |
47.4% |
Y7* (TAC→TAA) |
USA300HOU_RS09460 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,909,214 | 0 | C | A | 47.4%
| 67.6
/ 177.5
| 135 | Y7* (TAC→TAA) | USA300HOU_RS09460 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/24); new base A (42/22); total (89/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTAT > USA300TCH1516_ALE/1909077‑1909354
|
tGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTAC‑AAAAAAATACttt < 2:1061189/141‑1 (MQ=255)
gCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACtttt > 1:1037802/1‑141 (MQ=255)
gCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGAGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATTATATGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGTATGTCTTGTTC‑AAAAAAATAAtttt > 3:204484/1‑141 (MQ=255)
ccTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑ACAAAAATACTTTTa > 1:240322/1‑141 (MQ=255)
tataTTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACt < 3:281724/141‑1 (MQ=255)
atatTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGAAAAAAAA‑AAAAAAATACTTTTACtt < 2:981236/141‑1 (MQ=255)
tttttAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCt < 3:322512/141‑1 (MQ=255)
ttAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGc > 1:831812/1‑141 (MQ=255)
tAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCt > 4:316139/1‑141 (MQ=255)
tAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATATAGCt > 3:343300/1‑141 (MQ=255)
aaaaaTGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCtt > 1:1172187/1‑141 (MQ=255)
aaTGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAAt > 1:984465/1‑141 (MQ=255)
ttAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGattatt < 4:451795/141‑1 (MQ=255)
aGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTAtttt > 1:688978/1‑141 (MQ=255)
aGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTAtttt > 1:473044/1‑141 (MQ=255)
aaCATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTTTGTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGGATGTTTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGc < 1:273197/141‑1 (MQ=255)
aaCATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGc < 2:668154/141‑1 (MQ=255)
aaCATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGc < 1:872968/141‑1 (MQ=255)
catagagtCTACAAGTTAATAAAACTCTTGCAGAATGATTGTTTATGCTCCGATATGTCAATAGTGCTCAGCCTGGGGGACTAGCATGGCTCGGTC‑AAAAAAATACTTTTACTTCTCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCtt > 2:1103126/7‑141 (MQ=255)
cATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCtt < 1:245805/141‑1 (MQ=255)
cATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATAATACAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCtt > 2:995472/1‑141 (MQ=255)
aTTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCttt < 1:1080955/141‑1 (MQ=255)
ttCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTATATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGAAAAAAAAAAAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCt < 2:333898/140‑1 (MQ=255)
gtCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCtt > 2:93449/1‑141 (MQ=255)
tCTAAAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTA‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCttt < 4:20242/141‑1 (MQ=255)
cTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTa > 2:430455/1‑141 (MQ=255)
cTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTa < 1:294848/141‑1 (MQ=255)
aaGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATAc < 1:614647/141‑1 (MQ=255)
ttAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACaaa < 3:89080/141‑1 (MQ=255)
taataaAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATTATCCAGGAGGTCTAGTATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTCTTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAAt > 4:308142/1‑141 (MQ=255)
taaAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAAc > 1:248862/1‑141 (MQ=255)
aaaaCTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACg > 2:335705/1‑141 (MQ=255)
aaCTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGtt < 1:909220/141‑1 (MQ=255)
aCTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGCTTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGttt > 4:461068/1‑141 (MQ=255)
ttGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCt > 4:240966/1‑141 (MQ=255)
ttGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCt > 4:496474/1‑141 (MQ=255)
tGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTa > 1:858839/1‑141 (MQ=255)
tGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATATAGCTTAATGATTGTTTTATGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCTTa > 1:532625/1‑141 (MQ=255)
gTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTTCTTATCTAGCATAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTaa > 1:1122393/1‑141 (MQ=255)
tttATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGt < 4:204660/141‑1 (MQ=255)
ttATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTTCTAAGtt > 3:224954/1‑140 (MQ=255)
tATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTgg < 1:67906/141‑1 (MQ=255)
gATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACt > 1:1098031/1‑141 (MQ=255)
tGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACtttt < 1:391596/141‑1 (MQ=255)
tGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACtttt > 2:195952/1‑141 (MQ=255)
tGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACtttt < 4:406660/141‑1 (MQ=255)
tGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACtttt > 3:212247/1‑141 (MQ=255)
ttATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTaa > 1:478569/1‑141 (MQ=255)
aTGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAAtt < 2:376166/141‑1 (MQ=255)
tGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAAttt > 2:1120612/1‑140 (MQ=255)
tGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAAttt > 1:154340/1‑140 (MQ=255)
tGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTc > 2:461874/1‑141 (MQ=255)
gATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCt < 2:606295/141‑1 (MQ=255)
aTACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCtt < 2:650787/141‑1 (MQ=255)
cGATATGTAAATGATAATCATCGAGGCGGTCTAGCATGTAACGTTC‑AAAAAAATACTATTACTTATCTAGCTTAAAGATCATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAATGTTTTCCTAAGTGGACATTTTAATTCttttc > 4:120130/1‑140 (MQ=255)
cGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTtta > 1:763797/1‑141 (MQ=255)
tatGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTttatta > 3:11902/1‑141 (MQ=255)
tGTAAATGATAATCATCTAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaa < 4:450912/141‑1 (MQ=255)
tGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaa > 3:118456/1‑141 (MQ=255)
tGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaa > 2:23318/1‑141 (MQ=255)
gTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaat > 1:594271/1‑141 (MQ=255)
gTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCAAGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaat > 1:816894/1‑141 (MQ=255)
tAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaatt < 3:472663/141‑1 (MQ=255)
aaaTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaatta > 4:229243/1‑141 (MQ=255)
aaTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaattaa < 2:936423/141‑1 (MQ=255)
aaTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTGCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaattaa > 1:1106661/1‑141 (MQ=255)
aTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAAt > 1:1018897/1‑141 (MQ=255)
tGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATa < 3:342444/141‑1 (MQ=255)
atcatcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACtttt < 1:333618/141‑1 (MQ=255)
tcatcCAGGAGGTCTANCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACttttt > 1:1023589/1‑140 (MQ=255)
tcatcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTc > 2:913198/1‑141 (MQ=255)
catcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCt > 3:237026/1‑141 (MQ=255)
tcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGc < 4:204484/141‑1 (MQ=255)
tcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGc > 2:512603/1‑141 (MQ=255)
aggTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGtt > 2:252331/1‑141 (MQ=255)
gTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGttat > 2:263921/1‑141 (MQ=255)
cTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGtta < 1:395764/138‑1 (MQ=255)
aGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAAc > 1:1154248/1‑141 (MQ=255)
aGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAAc < 1:1141066/141‑1 (MQ=255)
aGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAAc < 2:824256/141‑1 (MQ=255)
cATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTc > 1:588263/1‑141 (MQ=255)
gTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAAt > 3:180369/1‑141 (MQ=255)
tctcGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAAtt > 3:77911/1‑141 (MQ=255)
ctcGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGTCTTTTTAATTCTTTTCTTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTg > 1:418275/1‑141 (MQ=255)
gTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTat > 2:1156342/1‑140 (MQ=255)
gTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTAc > 2:37800/1‑141 (MQ=255)
gTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTAc < 2:733069/141‑1 (MQ=255)
ttC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTTTTTTTTACTAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACt > 2:844291/1‑141 (MQ=255)
ttC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACt < 2:720429/141‑1 (MQ=255)
aaaaaaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAt > 1:359171/1‑141 (MQ=255)
aaaaaaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAt > 2:1100838/1‑141 (MQ=255)
aaaaaaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAt > 1:747260/1‑141 (MQ=255)
aaaaaaTAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAtt > 2:447244/1‑141 (MQ=255)
aaaaaaTAATTATACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAtt > 2:447230/1‑141 (MQ=255)
aaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTg > 2:1188916/1‑141 (MQ=255)
aaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAAGCCAATTGTACTAATTTTGt > 1:312468/1‑141 (MQ=255)
aaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGt > 2:98167/1‑141 (MQ=255)
tACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCt < 4:91903/141‑1 (MQ=255)
cTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCtat > 4:180580/1‑141 (MQ=255)
cTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCtat > 2:557488/1‑141 (MQ=255)
|
TGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTAT > USA300TCH1516_ALE/1909077‑1909354
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
