Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F171 I0 R1
|
77 |
151.8 |
3400288 |
94.4% |
3209871 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,010,363 |
C→T |
100% |
C146Y (TGT→TAT) |
USA300HOU_RS10125 ← |
Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | 0 | C | T | 100.0%
| 583.4
/ NA
| 163 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (81/82); total (81/82) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
CTTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGTAT > USA300TCH1516_ALE/2010225‑2010500
|
tttCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAAt > 2:1136113/1‑141 (MQ=255)
gtgtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAAcc > 2:852517/1‑141 (MQ=255)
tgtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 2:790316/141‑1 (MQ=255)
tCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCaaa > 1:876659/1‑141 (MQ=255)
tCAATTATCATAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTTTTATATAATCTAAcc > 2:609687/1‑141 (MQ=255)
aTTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAatat > 4:126317/1‑141 (MQ=255)
tttCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTc < 2:57197/141‑1 (MQ=255)
ttCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCa < 3:163484/141‑1 (MQ=255)
cTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAtt < 1:211737/141‑1 (MQ=255)
cTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAtt > 1:476555/1‑141 (MQ=255)
aaTCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAc > 1:928504/1‑141 (MQ=255)
aTCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGACGATAAACAGTGCTGCTACTGTCCATTTCACATCT‑‑‑AAAACAAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAcc < 1:537014/141‑1 (MQ=255)
tCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAccc < 1:997286/141‑1 (MQ=255)
cTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCg < 1:559095/141‑1 (MQ=255)
ttCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCgg < 1:765583/141‑1 (MQ=255)
tCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTATAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGt < 1:1175131/141‑1 (MQ=255)
tCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGt < 4:253382/141‑1 (MQ=255)
ccAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGtt > 2:129168/1‑141 (MQ=255)
cAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTa > 1:676399/1‑141 (MQ=255)
cAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTa > 2:138762/1‑141 (MQ=255)
aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaaa > 3:106371/1‑141 (MQ=255)
aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGATaaaa > 2:163643/1‑141 (MQ=255)
aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACACGGTTaaaa > 2:1020175/1‑141 (MQ=255)
aaaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCCCATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg < 3:216327/141‑1 (MQ=255)
aaaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg < 4:340120/141‑1 (MQ=255)
aaaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg < 1:480186/141‑1 (MQ=255)
aaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGa > 2:1152592/1‑141 (MQ=255)
cGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAAt < 3:289740/141‑1 (MQ=255)
gTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATc > 3:442564/1‑141 (MQ=255)
gTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATc > 2:100915/1‑141 (MQ=255)
gTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATc > 2:125270/1‑141 (MQ=255)
gTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATc > 3:84187/1‑141 (MQ=255)
tACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCt > 4:253800/1‑141 (MQ=255)
gacagTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAACTGAGATCttt < 4:152083/137‑1 (MQ=255)
cacCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTACAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCttt > 1:672861/1‑141 (MQ=255)
gTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgtt < 2:380027/141‑1 (MQ=255)
taaaatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgtttg < 3:112253/141‑1 (MQ=255)
taaaatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgtttg < 1:805685/141‑1 (MQ=255)
aaaatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTttgtttgt < 2:559120/141‑1 (MQ=255)
aaaatgtaaaacgGGCAGATAAACTGTTCTGCTATAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAATAGAACATTATCGATAGTGCATTAATCATTGTTATATATTCTAACCATACATTCATTAACCCGGTTAACATGAATTCTTttgttcgt < 2:515397/141‑1 (MQ=255)
aaatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTtgtttgtt > 1:275718/1‑141 (MQ=255)
aatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTc < 2:661872/141‑1 (MQ=255)
tgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCaa < 2:209789/141‑1 (MQ=255)
gtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAc > 4:259534/1‑141 (MQ=255)
gtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAc < 4:492934/141‑1 (MQ=255)
aaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcat > 2:1101670/1‑141 (MQ=255)
aaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGCCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcat < 1:402771/141‑1 (MQ=255)
aaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatc > 2:263455/1‑141 (MQ=255)
aaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatc > 2:439508/1‑141 (MQ=255)
gggAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTa > 1:1045626/1‑141 (MQ=255)
gggAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTa > 1:827779/1‑141 (MQ=255)
gATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCAc > 2:888674/1‑141 (MQ=255)
aaaCAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCActct < 4:307104/141‑1 (MQ=255)
aaaCAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCActct < 2:1110875/141‑1 (MQ=255)
cAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGa > 2:1060255/1‑141 (MQ=255)
cAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGa > 2:638211/1‑141 (MQ=255)
tgctgcTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGatat > 2:484052/1‑141 (MQ=255)
tgctgcTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGAATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGatat > 2:903130/1‑141 (MQ=255)
gctAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACt > 2:290558/1‑141 (MQ=255)
caaaaGTCACTTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTCTGTTTGTTCAACATCATTACTCACTCTAGATATTACtt < 4:355101/139‑1 (MQ=255)
tAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATATTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTg > 3:37429/1‑141 (MQ=255)
aGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGAcc < 2:995297/141‑1 (MQ=255)
gTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCt < 4:402743/141‑1 (MQ=255)
aaTTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTTCt < 2:320371/141‑1 (MQ=255)
aaTTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCGAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACt < 3:176046/141‑1 (MQ=255)
aTTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACtt < 2:652671/141‑1 (MQ=255)
tttCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTg > 2:176125/1‑141 (MQ=255)
cT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAg < 3:75314/141‑1 (MQ=255)
cT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAg < 2:233312/141‑1 (MQ=255)
t‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGc < 1:656737/141‑1 (MQ=255)
t‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGc < 1:1065951/141‑1 (MQ=255)
aaaaaGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCa < 1:1137529/141‑1 (MQ=255)
aaaGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATa < 3:359516/141‑1 (MQ=255)
aaCATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAt > 1:1150482/1‑141 (MQ=255)
aTTATGGATAGTGCAATCAGCCGTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAtctc < 1:611654/141‑1 (MQ=255)
aTTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAtctc > 1:120213/1‑141 (MQ=255)
ggATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACt > 3:234114/1‑141 (MQ=255)
gATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACt > 1:156774/1‑114 (MQ=255)
gTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTTTTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAg > 1:1126165/1‑141 (MQ=255)
gTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAg < 1:1163479/141‑1 (MQ=255)
gTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAg > 2:256196/1‑141 (MQ=255)
tGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGc > 2:1059971/1‑141 (MQ=255)
tGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCCACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGc < 2:768793/141‑1 (MQ=255)
gCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCt > 1:51125/1‑141 (MQ=255)
aataataatTGTTTTATTATCTTGCTTAATATTTATTAACCCGGTTATATTGAAATTTTTTGTTTTTTTAACATCATTAATTTTTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTATTATTAAATCTCGCACTTAAAGCttt < 2:310907/141‑2 (MQ=255)
aataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCCCTATAGATCTTACTTGCCCTACTTGATTATTAGCCTAAAATCTCGCCCTTAAAGCTTg < 2:713275/141‑1 (MQ=255)
aataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 2:713311/141‑1 (MQ=255)
aataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 4:230145/141‑1 (MQ=255)
aataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg > 2:979669/1‑141 (MQ=255)
taatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAAt > 3:67448/1‑141 (MQ=255)
aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATg < 1:94505/141‑1 (MQ=255)
aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATg > 3:459360/1‑141 (MQ=255)
atTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCCCTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATgg < 4:411290/141‑1 (MQ=255)
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tGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACtt > 3:366846/1‑89 (MQ=255)
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tGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGtt > 2:1044785/1‑141 (MQ=255)
tGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGtt > 2:223943/1‑141 (MQ=255)
gTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTttgtttgt < 4:226878/57‑1 (MQ=255)
tatataATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGta > 4:206832/1‑141 (MQ=255)
|
CTTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGTAT > USA300TCH1516_ALE/2010225‑2010500
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
