Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F171 I0 R1
|
77 |
151.8 |
3400288 |
94.4% |
3209871 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,027,805 |
C→A |
100% |
V48F (GTT→TTT) |
vraS ← |
Sensor protein VraS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,027,805 | 0 | C | A | 97.4%
| 529.8
/ 4.4
| 151 | V48F (GTT→TTT) | vraS | Sensor protein VraS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base A (67/80); total (68/83) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
CCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTAATGTAGTGG > USA300TCH1516_ALE/2027672‑2027941
|
ccAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTAtt > 2:1066593/1‑141 (MQ=255)
ccAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTAtt > 4:209865/1‑141 (MQ=255)
cAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTc < 3:354725/141‑1 (MQ=255)
cAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATGTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTc < 3:346975/141‑1 (MQ=255)
aaaCTGTTTCGCATTACAAAAAACAATCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATCATGATGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGTATTc < 4:450559/140‑1 (MQ=255)
aCTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCg < 1:839517/141‑1 (MQ=255)
cTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGa < 1:201929/141‑1 (MQ=255)
gTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAat > 1:245596/1‑141 (MQ=255)
gTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAat > 1:598097/1‑141 (MQ=255)
tttCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAata < 1:941452/141‑1 (MQ=255)
tCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATAtt > 3:120729/1‑141 (MQ=255)
cGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATAttt > 2:234797/1‑141 (MQ=255)
gCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGAGTTTGTAAGCAGGTACCTAACCAACAATAATACACAGTAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTtg > 4:353581/1‑141 (MQ=255)
ccTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTtgt > 2:784964/1‑141 (MQ=255)
cTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAAAATTtgtg > 3:455712/1‑141 (MQ=255)
tCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGta < 3:443101/141‑1 (MQ=255)
ccATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGtat < 1:638603/141‑1 (MQ=255)
ccATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGtat > 2:251335/1‑141 (MQ=255)
aTTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATCTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATCTTTGTGTATaa > 2:1028185/1‑141 (MQ=255)
cGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATa > 1:185521/1‑141 (MQ=255)
gttctgtttGGGTCTTAATCCGTTTTTTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAAGAATACACAATAAGATGATAATGATATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATAc < 2:709013/135‑1 (MQ=255)
gCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATAc > 3:2845/1‑141 (MQ=255)
gCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGAAAAAAAAAAAAAAAAACTTGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATAc < 2:1073436/141‑1 (MQ=255)
ttCAATTTGCGTCTTAATACAATAATTTTGCGGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAAAAATAAACAATAATATGATGATGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATAcc < 2:375126/140‑1 (MQ=255)
cAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCtt < 1:309245/141‑1 (MQ=255)
cAATTTGAGTCTTACTCCCTACATTTGGATGATTGATCTTGTAAGCGAGTACAGAACCAACAATATTACACAATTATATGATGATGAGATTTAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCtt < 2:945943/141‑1 (MQ=255)
cAATTCGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTACGCCAGTACCGACCCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAACAATAATAATAATGGTAGTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCtt < 1:632242/141‑1 (MQ=255)
aaTTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTg < 1:178939/141‑1 (MQ=255)
tttGCGTCTTAATCCAATCATTTTGGTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATATAACATACATTGaa > 2:1029480/1‑141 (MQ=255)
tttGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGaa < 3:90152/141‑1 (MQ=255)
tttGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGaa > 2:440861/1‑141 (MQ=255)
tttGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGaa > 1:500002/1‑141 (MQ=255)
gCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAAt > 4:221780/1‑141 (MQ=255)
gTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAg > 4:442093/1‑141 (MQ=255)
tCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAga < 1:205394/141‑1 (MQ=255)
gcTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAga < 1:601817/140‑1 (MQ=255)
cTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAgat < 1:681322/141‑1 (MQ=255)
cAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATAttt < 1:904374/141‑1 (MQ=255)
cATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGAGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaa < 2:693776/141‑1 (MQ=255)
aTTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaaa > 4:386119/1‑141 (MQ=255)
aTTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaaa < 3:389174/141‑1 (MQ=255)
aTTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaaa < 2:500002/141‑1 (MQ=255)
aTTTTGCTGATTGAGTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaaa < 2:469105/141‑1 (MQ=255)
gcaaaatgattgatTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACaaaa > 3:43869/7‑141 (MQ=255)
ttGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAAc < 4:442143/141‑1 (MQ=255)
ttGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAAc < 1:929184/141‑1 (MQ=255)
ttGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAAc < 2:102486/141‑1 (MQ=255)
ttGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAAc < 1:3421/141‑1 (MQ=255)
gCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACtt > 1:843131/1‑141 (MQ=255)
gCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACtt < 4:300792/141‑1 (MQ=255)
gCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTAAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACtt < 4:300802/141‑1 (MQ=255)
gattgattTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTAAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTAt < 2:755383/141‑1 (MQ=255)
tttGTAAGCGAGTACCGCACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGaa > 2:273025/1‑141 (MQ=255)
tGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACATTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACa > 1:156848/1‑141 (MQ=255)
gTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCTAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAg > 1:758749/1‑141 (MQ=255)
gTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAata > 1:70380/1‑80 (MQ=255)
gTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAata < 2:70380/80‑1 (MQ=255)
gCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAAt > 3:40274/1‑141 (MQ=255)
cGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATg > 4:188898/1‑141 (MQ=255)
gAGTAAAGAACCAACAATAATACATAATAATATGATGATGAAATATAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGc < 4:103195/141‑1 (MQ=255)
tACCGAACCAACATTAATACACTATAATGTGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGc < 2:139540/141‑1 (MQ=255)
tACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGc < 2:419096/141‑1 (MQ=255)
aaCGAACAAGAATACAACAAACGATGATGATTATACTAAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACTGAAATGCAGCTAGCa < 2:50242/141‑1 (MQ=255)
aaCCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCa < 2:472351/141‑1 (MQ=255)
aaCCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCa < 3:459472/141‑1 (MQ=255)
aCCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTCGCAt > 2:174022/1‑141 (MQ=255)
acaaTAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCta > 2:986978/1‑141 (MQ=255)
aataatACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCtata > 4:400576/1‑141 (MQ=255)
aataatACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCtata > 3:125618/1‑141 (MQ=255)
aataatACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCtata > 3:370759/1‑141 (MQ=255)
cacaATGATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAg < 2:738612/141‑1 (MQ=255)
aataatATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATg < 1:1118260/141‑1 (MQ=255)
aataatATGATCATGAGATTTAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATg < 2:59726/141‑1 (MQ=255)
taataTGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAg > 1:160057/1‑141 (MQ=255)
atatGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCa > 3:323120/1‑141 (MQ=255)
tatGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCAt > 1:488984/1‑141 (MQ=255)
atgatgatgAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCAtt < 3:414775/141‑1 (MQ=255)
atgatgatgAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCAtt > 1:568650/1‑141 (MQ=255)
atgatgatgAGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCAtt < 1:367031/141‑1 (MQ=255)
tgatgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGTACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTg < 1:1023653/141‑1 (MQ=255)
tgatgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTg > 2:396067/1‑141 (MQ=255)
tgatgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTg < 1:840498/141‑1 (MQ=255)
tgatgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACATTGAAAATAGATGATATTTACAAAAAATTTATTGATGAAAAGAAATGCAGCTAGCATGATATATATTAAGATGAGCAttt > 1:669075/1‑140 (MQ=255)
tgatgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTACGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTg > 3:240647/1‑141 (MQ=255)
atgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAATTAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGaa < 3:194259/141‑1 (MQ=255)
atgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGaa < 1:800872/141‑1 (MQ=255)
atgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGaa > 3:217535/1‑141 (MQ=255)
tgatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATCCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGACAATAAAAACAAAAACTTTATCGATGACCAGACATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAAc < 3:453291/141‑1 (MQ=255)
gatgaGATTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAAcc < 2:61320/141‑1 (MQ=255)
gatgaGATAAAAAAAAAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAAcc < 2:289514/141‑1 (MQ=255)
gagaATTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCAAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAAt < 2:1098403/141‑1 (MQ=255)
aTTTAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGt < 2:544104/141‑1 (MQ=255)
tttAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGtt < 1:87893/141‑1 (MQ=255)
ttAAAAATAAAAAAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTc < 1:289029/141‑1 (MQ=255)
taaaaataaaaaAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCt > 1:274244/1‑141 (MQ=255)
taaaaataaaaaAAATGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCt < 2:1111524/141‑1 (MQ=255)
taaaaataaaaaAAATGGTATCCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCt > 2:630694/1‑141 (MQ=255)
aaaaaaaaTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTAATGTAg < 2:578695/141‑1 (MQ=255)
aaaaaaaaTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTAATGTAg > 3:199512/1‑141 (MQ=255)
aaaaaaATGGTATTCCGAATATTTGTGTAAAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATACTATATACTAAGATGAGCATTGAACTAATTGTTCTAATGTAGt > 4:345994/1‑141 (MQ=255)
|
CCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAGCTAGCATGCTATATACTAAGATGAGCATTGAACCAATTGTTCTAATGTAGTGG > USA300TCH1516_ALE/2027672‑2027941
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
