Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F174 I1 R1
|
26 |
63.3 |
1412239 |
95.2% |
1344451 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,909,490 |
+T |
coding (297/303 nt) |
USA300HOU_RS09460 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,909,486 | 1 | . | T | 79.7%
| 199.8
/ 49.6
| 69 | coding (293/303 nt) | USA300HOU_RS09460 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/6); new base T (31/24); total (39/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.32e-01 |
TGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACT > USA300TCH1516_ALE/1909348‑1909617
|
tGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑tt > 1:726467/1‑141 (MQ=255)
tCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑tttt > 2:8686/1‑141 (MQ=255)
cTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑Tttta > 2:184366/1‑141 (MQ=255)
tataATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTTGTACATTC‑GG‑ttttta > 2:242985/1‑139 (MQ=255)
tataATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑ttttta < 2:219005/141‑3 (MQ=255)
taATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑Ttttattt < 1:82783/141‑1 (MQ=255)
aaTTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑tttttattt < 1:735638/141‑6 (MQ=255)
tttttGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACTTATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTTTATTTaaa < 1:488611/141‑1 (MQ=255)
ttttGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTaaa > 1:216380/1‑141 (MQ=255)
ttttGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTaaa > 1:216175/1‑141 (MQ=255)
tttGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTaaaa > 2:294203/1‑141 (MQ=255)
tGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTaaaaaa > 1:368895/1‑141 (MQ=255)
gCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTTTATTTAAAAAAGt > 1:419526/1‑141 (MQ=255)
gATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTa > 1:772283/1‑141 (MQ=255)
aTCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTaa > 2:362074/1‑141 (MQ=255)
aTCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTTTATTTAAAAAAGTTAat > 2:198889/1‑141 (MQ=255)
cAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTc < 2:188248/141‑1 (MQ=255)
cACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGcc < 2:118788/141‑1 (MQ=255)
aCTAAAGGCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCtt > 2:332529/1‑141 (MQ=255)
aGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTACCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATa > 1:126239/1‑141 (MQ=255)
gCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAACGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATAc > 2:115141/1‑141 (MQ=255)
gCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATAc < 1:385119/141‑1 (MQ=255)
cTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACaa < 1:282422/141‑1 (MQ=255)
tGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACaaa < 2:131513/141‑1 (MQ=255)
gCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAacaa > 1:152291/1‑141 (MQ=255)
gATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAacaatac > 2:393136/1‑141 (MQ=255)
tAGAATTGCGAGTAAAAGATTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCa < 2:76837/141‑1 (MQ=255)
aGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCa < 1:327741/141‑1 (MQ=255)
aaTTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATg < 2:300142/141‑1 (MQ=255)
aaTTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATg < 2:28343/141‑1 (MQ=255)
aaTTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTTTATTTACAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGc < 1:746877/141‑1 (MQ=255)
ttGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCt < 1:243374/141‑1 (MQ=255)
ttGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCt < 1:795324/141‑1 (MQ=255)
tGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTCAGT‑TTTTATTTAGAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCta > 1:833870/1‑141 (MQ=255)
tAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGa > 1:347900/1‑141 (MQ=255)
aaGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTa < 2:346868/141‑1 (MQ=255)
aGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAAAAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTaa < 2:379416/141‑1 (MQ=255)
gCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACaa < 2:75927/141‑1 (MQ=255)
cTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAAtt < 1:265798/141‑1 (MQ=255)
ttGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAAttt > 2:235617/1‑141 (MQ=255)
ggATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGa > 1:145423/1‑141 (MQ=255)
ggATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGa < 1:245835/141‑1 (MQ=255)
attCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACg > 1:392135/1‑141 (MQ=255)
ttCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACgt > 2:18798/1‑141 (MQ=255)
tCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACgtt < 2:270681/141‑1 (MQ=255)
aTTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGc > 1:275743/1‑141 (MQ=255)
ttATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGtat > 1:904671/1‑141 (MQ=255)
tATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGtat < 1:88113/141‑1 (MQ=255)
tATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGtat > 1:506808/1‑141 (MQ=255)
tATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGtata < 1:396541/141‑1 (MQ=255)
ttAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATaaaa > 1:822941/1‑141 (MQ=255)
ttAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATaaaa < 1:652303/141‑1 (MQ=255)
aGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATaaaaaa > 1:930070/1‑141 (MQ=255)
gTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAat > 1:708606/1‑141 (MQ=255)
tACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAata > 1:24363/1‑141 (MQ=255)
aCATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAatat < 2:87750/141‑1 (MQ=255)
aCATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAatat > 1:770599/1‑141 (MQ=255)
atatCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTa > 2:125777/1‑141 (MQ=255)
atatCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTa > 1:362890/1‑141 (MQ=255)
tatCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACATTACTATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAg > 2:357382/1‑141 (MQ=255)
tatCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAg < 1:727024/141‑1 (MQ=255)
atCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGa < 2:403275/141‑1 (MQ=255)
ttCAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTc > 2:28601/1‑141 (MQ=255)
ttCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCg < 1:83347/141‑1 (MQ=255)
cAATTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGa > 2:391511/1‑141 (MQ=255)
aaTTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGaa > 1:308751/1‑141 (MQ=255)
aaTTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGaa < 2:307441/141‑1 (MQ=255)
aTTGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGaaa > 2:385655/1‑141 (MQ=255)
ttGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAAt > 2:111835/1‑141 (MQ=255)
ttGTTCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAAt < 1:390690/141‑1 (MQ=255)
tCGTACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATa < 1:883047/141‑1 (MQ=255)
tCGTACATTC‑GG‑TTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATaa > 2:301136/1‑141 (MQ=255)
tACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACt > 1:693669/1‑141 (MQ=255)
tACATTC‑GGTTTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACt > 2:230465/1‑141 (MQ=255)
|
TGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACATATCTTTTCAATTGTTCGTACATTC‑GG‑TTTTATTTAAAAAAGTTAATATGTCATTGTAGCCTTAATACAAAACAATACAATGTATCATGCTATAATGAGTAAAACAATTTGATAACGTTGTTGCGTATAAAAAATATTAGATTTTCGAAATCATAACT > USA300TCH1516_ALE/1909348‑1909617
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
