Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 344,741 (A)6→5 coding (114/246 nt) yahM → hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb344,7360A.100.0% 843.3 / NA 195coding (109/246 nt)yahMhypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base . (195/0);  total (195/0)

Only 100 of 195 total aligned reads displayed.

GACCAATGAAAAAAGCCCACACAGGGGAGAGTGGGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTAA  >  W3110S.gb/344728‑344791
        |                                                       
gACCAATG‑AAAAAGCCCTCACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1177397/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:565445/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:56888/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:554155/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:531066/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:516372/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:498135/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:491506/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:484398/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:451550/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:440875/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:440095/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:416582/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:398996/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:392281/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:378158/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:311285/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:30869/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:288916/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:255118/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:234621/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:225219/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:214696/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:197627/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:17383/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:167474/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:773502/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:962399/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:955522/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:9468/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:937220/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:922948/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:912586/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:896358/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:86417/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:853733/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:805105/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:778212/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1639092/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:770633/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:761448/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:7502/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:705317/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:693116/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:672839/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:633718/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:6302/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:622687/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:601737/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:59058/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:119374/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:101187/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1322829/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1321650/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1297859/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1286417/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1271906/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1269265/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1266559/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1249975/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1231344/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1223505/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1201039/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1324373/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1149710/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1133911/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1130605/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:112210/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1108614/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1091260/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1071501/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1059093/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:105111/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1040759/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1023907/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1536764/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1618173/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1611128/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1593421/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1579821/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1572018/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1566838/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1564793/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1557249/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1545248/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1543462/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1332324/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1530387/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1488324/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1485933/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1483640/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1464054/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1438436/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1421601/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1411243/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1396093/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:1372650/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTaa  >  1:133743/1‑62 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTa   >  1:1141710/1‑61 (MQ=255)
gACCAATG‑AAAAAGCCCACACAGGGGAGAGT‑GGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTa   >  1:177296/1‑61 (MQ=255)
        |                                                       
GACCAATGAAAAAAGCCCACACAGGGGAGAGTGGGCTGAAATGGGAAGCTAAAGACTCAAGTAA  >  W3110S.gb/344728‑344791

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A