Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 429,106 A→G A126A (GCA→GCG)  secF → SecYEG protein translocase auxillary subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb429,1060AG100.0% 266.0 / NA 91A126A (GCA→GCG) secFSecYEG protein translocase auxillary subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (91/0);  total (91/0)

AGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCG  >  W3110S.gb/429075‑429136
                               |                              
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATTCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:300795/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGTAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:747165/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTg                          >  1:31744/1‑38 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGa                         >  1:166934/1‑39 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGc                      >  1:935609/1‑42 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTAt                  >  1:1547507/1‑46 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTAt                  >  1:1550236/1‑46 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTg                >  1:466071/1‑48 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGa               >  1:124944/1‑49 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:419736/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:1540796/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:156395/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:1632140/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:189314/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:1054145/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:526612/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:632939/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:808292/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:865582/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:900759/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:909002/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:997662/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:1478993/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:1160576/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:1356168/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTcc   >  1:1191150/1‑61 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTc    >  1:1384682/1‑60 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:62198/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:725273/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:721376/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:704495/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:689513/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:677615/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:651982/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:487305/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:580025/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:566093/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:553878/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:119653/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:494110/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:492593/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:436739/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:731192/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:784706/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1131129/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:843453/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:112175/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:884405/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:900051/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1085720/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:902618/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1081950/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:932239/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:106771/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:942957/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:962645/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:967779/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1048626/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1561370/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:213530/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1325890/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:182520/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1331434/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1639303/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1633371/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1622899/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1606379/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:22478/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1560369/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:142038/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1440257/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1546872/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1469906/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1507967/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1480026/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:4872/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:240214/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:247527/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:258448/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:276590/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1309292/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:308992/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:313115/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1264519/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:347908/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:375902/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:375983/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:409500/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:411714/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1228249/1‑62 (MQ=255)
aGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCGGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCg  >  1:1198069/1‑62 (MQ=255)
                               |                              
AGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCG  >  W3110S.gb/429075‑429136

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A