Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 511,701 C→T F279F (TTC→TTT)  ybaS → predicted glutaminase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb511,7010CT100.0% 639.6 / NA 221F279F (TTC→TTT) ybaSpredicted glutaminase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (221/0);  total (221/0)

Only 100 of 223 total aligned reads displayed.

CTGGCGGTCGTCCCTGGAGTGATGGGAATTGCCGCGTTCTCACCACCGCTGGACGAAGATG  >  W3110S.gb/511663‑511723
                                      |                      
cTGGCTGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:320530/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTtttc                      >  1:69289/1‑41 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTtttc                      >  1:1361942/1‑41 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGaa      >  1:1002373/1‑57 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:646939/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:65665/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:628509/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:608393/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:577264/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:570225/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:55873/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:518526/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:496080/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:484721/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:445398/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:418008/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:412505/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:381702/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:363177/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:351108/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:344495/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:308977/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:30690/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:290179/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:268966/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:249457/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:79965/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:980626/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:958753/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:953217/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:942347/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:915156/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:910994/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:884984/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:859751/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:834027/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:812052/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:802037/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:21965/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:791708/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:766308/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:759027/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:756029/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:735690/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:732469/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:731254/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:724308/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:688081/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:674959/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:670688/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1121095/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1314005/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1304419/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1283016/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1240171/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1230246/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:122303/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1213343/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1181731/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1172174/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1149953/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1125860/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:185522/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1112431/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:110529/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1095335/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1088911/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1069246/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1054628/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1045312/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1025198/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:101946/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1003115/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1515662/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:207213/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:172029/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:167899/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1648830/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1632847/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1593132/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1572374/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1558848/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1528616/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1522529/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1321792/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1491529/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1479882/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:142685/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1423280/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1416999/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1387345/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1357693/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1343479/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:1340262/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaa   >  1:156233/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaa   >  1:631209/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGa    >  1:1055104/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGTTTTCACAACCGCTGGACGAAGaag  >  1:103350/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGGGAATTGCCGCGATTTCACCACAGCTGGACGAAGaag  >  1:126254/1‑59 (MQ=255)
cTGGCGGTCGTTCCTGGCGTGATGCGAATTGCCGCGTTTTCACCACCGCTGGACGAAGaag  >  1:665991/1‑59 (MQ=255)
                                      |                      
CTGGCGGTCGTCCCTGGAGTGATGGGAATTGCCGCGTTCTCACCACCGCTGGACGAAGATG  >  W3110S.gb/511663‑511723

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A