Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R2
|
489 |
0.0 |
1652083 |
58.3% |
963164 |
55.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
513,008 |
T→C |
G403G (GGT→GGC) |
ybaT → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 513,008 | 0 | T | C | 100.0%
| 832.1
/ NA
| 281 | G403G (GGT→GGC) | ybaT | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (0/281); total (0/281) |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
GTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATAT > W3110S.gb/512963‑513024
|
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gCTTTATCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGatat < 1:1157058/45‑1 (MQ=38)
aTCTACAGTCTCTGGTCCCAGGGCAGCCGTGCGCTGatat < 1:219660/40‑1 (MQ=37)
|
GTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATAT > W3110S.gb/512963‑513024
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
