Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 575,788 G→A pseudogene (321/1128 nt) nmpC ← DLP12 prophage region; ECK0544:JW5078:b0553; truncated outer membrane porin

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb575,7880GA100.0% 452.3 / NA 160pseudogene (321/1128 nt)nmpCDLP12 prophage region; ECK0544:JW5078:b0553; truncated outer membrane porin
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (160/0);  total (160/0)

Only 100 of 160 total aligned reads displayed.

AAGACGGGTTTTATCTTTGGAGGAACCTTGAGATTCAGCGCGGTTGCCTTTGAATTCATATT  >  W3110S.gb/575749‑575810
                                       |                      
aaGACTGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCa      >  1:1000554/1‑58 (MQ=255)
aaGACGTGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:24665/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGt                    >  1:795410/1‑44 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGt                    >  1:1061777/1‑44 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGc                 >  1:325992/1‑47 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:769068/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1021160/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1250135/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1611479/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:381509/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:65865/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:639477/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:407494/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:621120/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:578005/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:554590/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1497517/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1172068/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:31564/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1082312/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1047524/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1079353/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCata    >  1:329401/1‑60 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCa      >  1:1155280/1‑58 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:294711/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:518311/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:279786/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:926065/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:512806/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:486590/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:434970/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:337481/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:387165/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:3451/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:344506/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:735087/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:946426/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:890581/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:879459/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:86980/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:850156/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:836587/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:832886/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:787998/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:750937/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:538597/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:732942/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:697593/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:692560/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:634438/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:626506/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:597739/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:579049/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:551879/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1191355/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1344833/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1337832/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1329399/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1328164/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1323763/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1302223/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:130108/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1258850/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:965861/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1210171/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:264209/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1184602/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:118361/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1164758/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:113020/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1114843/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1103697/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1089541/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1081092/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1038166/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1354575/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:270110/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:218785/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:2037/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:188408/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:182501/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:178576/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1620896/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:160520/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1594789/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:157448/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1549489/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1534698/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1513327/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1472083/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1429274/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1407137/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1395017/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:961566/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:135189/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACGGTTGCATTTGAATTCatat   >  1:235690/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCAGCACCGTTGCCTTTAAAATCATAtt  >  1:91026/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTCACCACGGTGGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:978381/1‑62 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACCTTGAGATTAAGCACGGTTGCCTTTGAATTCatat   >  1:1355312/1‑61 (MQ=255)
aaGACGGGTTTTATCTTTGGAAGAACATTGAGATTCAGCACGGTTGCCTTTGAATTCATAtt  >  1:1224623/1‑62 (MQ=255)
                                       |                      
AAGACGGGTTTTATCTTTGGAGGAACCTTGAGATTCAGCGCGGTTGCCTTTGAATTCATATT  >  W3110S.gb/575749‑575810

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A