Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 756,245 T→C A88A (GCT→GCC)  sdhD → succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb756,2450TC100.0% 874.1 / NA 297A88A (GCT→GCC) sdhDsuccinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (297/0);  total (297/0)

Only 100 of 297 total aligned reads displayed.

TGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGT  >  W3110S.gb/756217‑756277
                            |                                
tgtTGACCGTCTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGcc                           >  1:1131721/1‑36 (MQ=37)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGAt        >  1:181662/1‑55 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCg   >  1:911595/1‑60 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:413149/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:618666/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:592828/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:583677/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:557918/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:547066/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:528607/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:511911/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:507064/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:497197/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:476168/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:462191/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:454325/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:429492/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:643792/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:409214/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:399498/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:38601/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:374023/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:361519/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:349534/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:337271/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:330732/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:326106/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:811367/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:982587/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:969871/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:957576/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:953550/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:92926/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:887338/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:882288/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:869889/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:854716/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:831881/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:820529/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:632020/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:793756/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:783999/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:764603/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:755455/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:743736/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:739607/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:727023/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:701182/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:693722/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:66675/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:284029/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1187387/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1366780/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1342799/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1329928/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1294576/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1289887/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1265653/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1257437/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1237148/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1226947/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1216146/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:120523/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1189892/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1396664/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:118099/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1166200/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1149009/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1143486/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1111960/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1102320/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:107314/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1050163/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1037789/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1022679/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:100850/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1594967/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1001733/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:265362/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:242071/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:221872/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:214163/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:196616/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:176341/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:163777/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1619691/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:160504/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:303173/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1576434/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1567364/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1546346/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1538020/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1504217/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1491310/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1466042/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1453440/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1441392/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1432679/1‑61 (MQ=255)
tgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:1404375/1‑61 (MQ=255)
tgtTGAACGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGt  >  1:231/1‑61 (MQ=255)
                            |                                
TGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGT  >  W3110S.gb/756217‑756277

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A