Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 898,872 C→A T154T (ACC→ACA)  ybjO → predicted inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb898,8720CA100.0% 432.3 / NA 151T154T (ACC→ACA) ybjOpredicted inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (151/0);  total (151/0)

Only 100 of 151 total aligned reads displayed.

GCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATG  >  W3110S.gb/898851‑898901
                     |                             
gctgctGTTCGTTCCCTGGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1350968/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGCCAAGTCGGCGGTTCTTCCAg             >  1:1218160/1‑40 (MQ=38)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGTCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:524573/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCaataat   >  1:1459640/1‑50 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCaataat   >  1:516083/1‑50 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCaataaag  >  1:277740/1‑49 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:602530/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:62813/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:592887/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:57649/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:553981/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:544797/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:537195/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:468477/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:461384/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:439632/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:434505/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:429484/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:372583/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:371032/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:352260/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:351693/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:346308/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:342173/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:306850/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:306165/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:795879/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:989027/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:970090/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:969076/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:945915/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:941376/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:917843/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:904077/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:876693/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:874025/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:859018/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:838521/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:611436/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:794454/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:788731/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:788114/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:775970/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:765297/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:746031/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:742217/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:692572/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:679194/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:629317/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:289414/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1175281/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1015657/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1392805/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1367802/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1360120/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1351625/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1326787/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1310557/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1297824/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1267201/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1238634/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:123804/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1193975/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1394726/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1165994/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1155680/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1150159/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1130953/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1115461/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1111106/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1103255/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1103082/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1090935/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1064010/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1031346/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1617328/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:257155/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:22544/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:212870/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:209664/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:191656/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:181592/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:181104/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1628689/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1421653/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:16075/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1598847/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1539140/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1534526/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1509426/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1499879/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1480600/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1468528/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1443528/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGAGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:424590/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGAGGTTCGTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:426566/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTCCGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1118105/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTCGACAAGTAGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:393626/1‑51 (MQ=255)
gctgctGTTCGTTCCCTAGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAAtg  >  1:1465664/1‑51 (MQ=255)
gatgctgTTCGTTCCCTCGACAAGTCGGCGGTTCTTCCAGATGCAATAAtg  >  1:561098/3‑51 (MQ=255)
                     |                             
GCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATG  >  W3110S.gb/898851‑898901

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A