Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 919,527 G→A P6S (CCA→TCA)  ybjX ← conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb919,5270GA100.0% 670.8 / NA 237P6S (CCA→TCA) ybjXconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (237/0);  total (237/0)

Only 100 of 237 total aligned reads displayed.

ATTCATGAAATCAATGGTTATACATGGCGTCGATTTCACCATTGCGTATCTTAACCAAACATC  >  W3110S.gb/919501‑919563
                          |                                    
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAAcc                         >  1:298639/1‑40 (MQ=38)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAAc     >  1:214935/1‑60 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAAc     >  1:925347/1‑60 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAAc     >  1:701678/1‑60 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAAc     >  1:414305/1‑60 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAAc     >  1:458467/1‑60 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:396157/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:589898/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:564917/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:563385/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:555043/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:531557/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:522798/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:514042/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:486408/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:475142/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:450627/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:600130/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:393004/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:381579/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:373054/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:361001/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:352611/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:351848/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:292634/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:289542/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:269662/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:798029/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:983139/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:960569/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:948463/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:935034/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:909267/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:903597/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:894373/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:880312/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:863950/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:822242/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:816735/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:59529/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:784363/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:76543/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:745518/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:707710/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:694107/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:655321/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:644237/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:63113/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:624245/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:60537/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:263278/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1156335/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1309661/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1299293/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1293623/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:125315/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1252144/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1245946/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1226875/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1221704/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1194863/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1192956/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1181655/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1175235/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1323617/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1144540/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1141335/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:11372/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:113300/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1129875/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1113231/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1079363/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:107401/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1045376/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1038950/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1026408/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1514768/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:236286/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:21029/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:181122/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1650529/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1649185/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:163538/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1611643/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1577968/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1553569/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1537918/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1536298/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1012521/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1493929/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1463728/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1451317/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:144827/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1417892/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1406760/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1383393/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1350868/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1347029/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTTAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1328735/1‑61 (MQ=255)
atTCATGAAATCAATGGTTATACATGACGTCGATTAAACCATTGCGTATCTTAACCAAACa    >  1:1334932/1‑61 (MQ=255)
                          |                                    
ATTCATGAAATCAATGGTTATACATGGCGTCGATTTCACCATTGCGTATCTTAACCAAACATC  >  W3110S.gb/919501‑919563

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A