Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 997,807 G→A A43V (GCC→GTC)  ssuE ← NAD(P)H‑dependent FMN reductase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb997,8070GA100.0% 278.8 / NA 98A43V (GCC→GTC) ssuENAD(P)H‑dependent FMN reductase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (98/0);  total (98/0)

GAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGTAGATCTTCCGGGGCGAAGTTT  >  W3110S.gb/997755‑997815
                                                    |        
gAAGGTCTTGAGTGTCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1095398/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGTACGAAGttt  >  1:1616578/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGa       >  1:859207/1‑56 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAg     >  1:339124/1‑58 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:611135/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:650971/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:596119/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:594748/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:556467/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:516775/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:510700/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:487964/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:451072/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:448016/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:436663/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:404901/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:385847/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:315140/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:293728/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:293048/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:291792/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:233501/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:223431/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:210322/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:207680/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:204892/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:821153/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:998148/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:992551/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:980885/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:944017/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:942271/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:927231/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:924159/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:899659/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:897746/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:88816/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:886339/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:639277/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:812577/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:803724/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:801777/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:790007/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:788701/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:779838/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:77487/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:699822/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:674283/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:651367/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:193361/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1127062/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1313384/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1299141/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1293372/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1277187/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1258859/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1232801/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1228921/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1205894/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1174275/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1171084/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1131807/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1316072/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1125782/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1115785/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1104466/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1102729/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1102424/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1081544/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1079711/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1074728/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1059038/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1049858/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1033805/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:146714/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1017909/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1618095/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1606688/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1599852/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1589236/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1579292/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1556759/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1541357/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1532657/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1532559/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1532283/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:201446/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1465756/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1453384/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1433800/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1404197/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1394412/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1393003/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1364647/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1355970/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGttt  >  1:1340318/1‑61 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGtt   >  1:1465055/1‑60 (MQ=255)
gAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGCAGATCTTCCGGGACGAAGtt   >  1:1424388/1‑60 (MQ=255)
                                                    |        
GAAGGTCTTGAGTGCCGGACTATCGAAACGAGCATAAAGTAGATCTTCCGGGGCGAAGTTT  >  W3110S.gb/997755‑997815

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A