Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,060,283 A→G V202V (GTA→GTG)  torA → trimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,060,2830AG86.6% 367.3 / 32.7 173V202V (GTA→GTG) torAtrimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (23/0);  new base G (149/0);  total (173/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01

Only 100 of 173 total aligned reads displayed.

TACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGAT  >  W3110S.gb/1060232‑1060294
                                                   |           
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTc     >  1:16260/1‑60 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCg    >  1:1338335/1‑61 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCg    >  1:582884/1‑61 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1001248/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1507496/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:181542/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:218317/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:228284/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1441508/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1379103/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:340391/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1310592/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1309636/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:376324/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1044111/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1057193/1‑62 (MQ=255)
  cGGGCGGAGCTTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:901111/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGTTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:552977/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGGTca    >  1:1597243/1‑58 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTcaa   >  1:305812/1‑58 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTcaa   >  1:1116804/1‑58 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:185365/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:827123/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:29359/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:255096/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:332298/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:962865/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:980569/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:172385/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1650867/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:982696/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:330814/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:677312/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:762618/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:369407/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:748420/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:730083/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:711310/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:464424/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:489315/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:518452/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:563366/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:69143/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:608159/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:632464/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:645618/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1597363/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:104162/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1092564/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1184699/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1203489/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1245936/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1260661/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1277787/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1303045/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1332204/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1343412/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1344445/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1403315/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1603077/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1403107/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1466598/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCATGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1175222/1‑61 (MQ=21)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTcaa   >  1:1538558/1‑58 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTcaa   >  1:598738/1‑58 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:804592/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1155806/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1155617/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1137014/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1107790/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:763372/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:786881/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1189437/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:82436/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1575475/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:836708/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:858795/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1080704/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:93801/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:955635/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1035680/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1002783/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:473158/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1352283/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1434026/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:145217/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1453042/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:416493/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:432206/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1294606/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:467125/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:661390/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:210288/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1263708/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:190625/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1250496/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1216437/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:629681/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1478838/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:640710/1‑61 (MQ=255)
                                                   |           
TACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGAT  >  W3110S.gb/1060232‑1060294

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A