Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,131,912 A→C F177V (TTT→GTT)  flgA ← assembly protein for flagellar basal‑body periplasmic P ring

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,131,9120AC100.0% 681.7 / NA 232F177V (TTT→GTT) flgAassembly protein for flagellar basal‑body periplasmic P ring
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base C (232/0);  total (232/0)

Only 100 of 232 total aligned reads displayed.

TTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCT  >  W3110S.gb/1131902‑1131952
          |                                        
ttGGGGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1642626/1‑51 (MQ=37)
ttGGCGCTACCCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:489097/1‑51 (MQ=37)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGtt          >  1:1550823/1‑43 (MQ=37)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGc   >  1:756394/1‑50 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGc   >  1:1612054/1‑50 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:481128/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:612455/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:577482/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:568263/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:556614/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:549347/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:54143/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:523601/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:503773/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:491008/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:631638/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:45956/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:441911/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:420176/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:384205/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:348537/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:332811/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:302931/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:279194/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:263319/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:25332/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:835420/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:972182/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:970796/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:967602/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:965459/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:954555/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:953108/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:933761/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:913330/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:903777/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:858116/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:852/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:849019/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:627892/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:832289/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:828536/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:799785/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:792703/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:785824/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:744791/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:710374/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:689456/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:669804/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:649148/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:249349/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1234788/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1408366/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1395850/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1378287/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1358762/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1340365/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1334545/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1329657/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1320976/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1273226/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1265925/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1253357/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1414599/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1222546/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1213813/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1191199/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1180022/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1127079/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1125260/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1122307/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1103596/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1092346/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1066601/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1034646/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1546858/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:228309/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:222154/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:192734/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:187142/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1708/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1638578/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1631011/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1606363/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1581833/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1560414/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1017902/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1525531/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1521506/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1518103/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1496151/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1491223/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1481408/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1466111/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:144588/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1422262/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:1419662/1‑51 (MQ=38)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTGACGCGCTGTCCCGCt  >  1:209148/1‑51 (MQ=37)
ttGGCGCTAACCCCATAACCGCTGGCGATCACGTTCACGCGTTGTCCCGCt  >  1:814367/1‑51 (MQ=255)
ttGGCGCTAACCCCATAACAGCTGGCGATCACGTTGACGCGTTGTCCCGCt  >  1:409710/1‑51 (MQ=37)
          |                                        
TTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCT  >  W3110S.gb/1131902‑1131952

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A