Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,180,505 A→T S112S (TCA→TCT)  ycfX → predicted DNA‑binding transcriptional regulator

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,180,5050AT100.0% 406.4 / NA 142S112S (TCA→TCT) ycfXpredicted DNA‑binding transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (0/142);  total (0/142)

Only 100 of 142 total aligned reads displayed.

TGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATC  >  W3110S.gb/1180475‑1180536
                              |                               
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:458670/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:628873/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:62265/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:597997/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:574480/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:564930/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:541905/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:539904/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:498005/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:495961/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:486170/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:482702/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:476952/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:639409/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:44143/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:43388/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:423184/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:417661/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:411906/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:392688/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:376643/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:332335/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:326595/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:307723/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:283914/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:82453/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:982721/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:960524/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:953278/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:936865/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:931614/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:913729/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:889958/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:864505/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:860485/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:850640/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:840590/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1012701/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:810736/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:795291/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:746584/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:73636/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:732828/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:701301/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:69584/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:687854/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:654741/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:651970/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:643396/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1114886/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1309412/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1249779/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1247449/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1234248/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1223999/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1211747/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1202341/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1191127/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1153359/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:115048/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1133947/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1129874/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:219565/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1109666/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1108582/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1082746/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1072198/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1064765/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1062991/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1049684/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1043792/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1017478/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1013150/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1010393/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1329511/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:266420/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:216488/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:21479/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:20795/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:204032/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:184036/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:183062/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1574595/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1568967/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1566322/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1559347/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1509405/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1489373/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1460627/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1455240/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1453437/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1412487/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1408602/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:136218/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1356287/62‑1 (MQ=255)
tGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1318243/62‑1 (MQ=255)
 gATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGTATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:925644/61‑1 (MQ=255)
 gATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:406008/61‑1 (MQ=255)
      cGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:989467/56‑1 (MQ=255)
           cgaaCTGTTTTGCCCTTTCTGAAGCATGGGATGATGAATTTACTCAATATc  <  1:1537445/49‑1 (MQ=255)
                              |                               
TGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATC  >  W3110S.gb/1180475‑1180536

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A