Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,483,432 A→C L270L (CTA→CTC)  ynbD → predicted phosphatase, inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,483,4320AC100.0% 339.4 / NA 116L270L (CTA→CTC) ynbDpredicted phosphatase, inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base C (0/116);  total (0/116)

Only 100 of 116 total aligned reads displayed.

GGGAAACTACCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGCCGCATCGGGATGTGGCTGTC  >  W3110S.gb/1483424‑1483485
        |                                                     
tggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:83776/61‑1 (MQ=255)
gggACACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:980085/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:623573/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:314921/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:600155/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:525115/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:519862/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:511945/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:506106/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:491190/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:476971/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:474767/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:465585/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:441214/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:421491/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:421070/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:4091/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:396961/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:390837/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:387599/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:385346/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:372057/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1015100/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:349488/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:358894/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:78195/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:979167/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:949423/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:930837/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:914763/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:836886/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:834087/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:832336/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:826163/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:798224/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:782077/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:632627/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:746462/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:738004/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:728945/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:715369/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:712415/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:707290/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:706965/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:667424/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:653033/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:641744/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1163585/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1357751/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:312004/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1309449/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1307695/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1303378/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1278371/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1255904/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1252901/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1205445/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1196891/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1190957/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1188629/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1323729/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1160290/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:114030/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1137692/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1118715/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1113661/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1066452/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1065358/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1055644/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1029810/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1025482/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1022402/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1608560/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:304527/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:299872/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:289229/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:20456/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:182758/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:179977/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:174859/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1398479/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1597822/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1584175/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1448055/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1399283/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:141431/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1438842/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1566436/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1456841/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1565971/62‑1 (MQ=255)
gggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGACCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:583190/62‑1 (MQ=255)
 ggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCTTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1601137/61‑1 (MQ=255)
 ggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTGTCGGGATGTGGCTGTc  <  1:970593/61‑1 (MQ=255)
 ggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1640899/61‑1 (MQ=255)
 ggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:392727/61‑1 (MQ=255)
 ggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:801812/61‑1 (MQ=255)
 ggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:1468324/61‑1 (MQ=255)
 ggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:847496/61‑1 (MQ=255)
 ggAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:669896/61‑1 (MQ=255)
  gAAACTCCCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGGCGTATCGGGATGTGGCTGTc  <  1:247346/60‑1 (MQ=255)
        |                                                     
GGGAAACTACCGCCCGCCGTTTACTGGCTGACATTGCCCTGCCGCATCGGGATGTGGCTGTC  >  W3110S.gb/1483424‑1483485

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A