Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,495,794 G→T A537A (GCG→GCT)  trg → methyl‑accepting chemotaxis protein III, ribose and galactose sensor receptor

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,495,7940GT100.0% 646.6 / NA 225A537A (GCG→GCT) trgmethyl‑accepting chemotaxis protein III, ribose and galactose sensor receptor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (0/225);  total (0/225)

Only 100 of 225 total aligned reads displayed.

ACATTCTGTGTCGGCAGAACCTCGCGGAGCGGGTGAACCAGTTAGTTTCGCTACGGTGTGAA  >  W3110S.gb/1495764‑1495825
                              |                               
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTTGTGAACCAGTTATTTTTGCTACTGTGTGaa  <  1:1621578/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:248387/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:445743/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:421348/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:41520/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:391383/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:364427/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:348801/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:342529/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:300450/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:262313/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:249359/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:504785/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:235676/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1633412/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1613085/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1610811/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1605354/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1592574/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1584900/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1565977/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:662720/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:969559/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:909214/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:830471/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:798726/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:783158/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:756477/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:745208/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:701164/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:676153/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:212200/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:660691/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:629122/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:605253/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:585989/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:582958/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:554175/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:552946/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:539639/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:523724/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:120486/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1408489/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1357937/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1338191/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1302616/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:128014/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1260837/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1249812/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1247677/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1529582/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1183568/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:117057/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1113601/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1106404/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1057792/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1033708/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1026424/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1024541/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1423346/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1426736/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1489693/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1432990/62‑1 (MQ=255)
aCATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1445829/62‑1 (MQ=255)
 gaTTCTGTGTCTGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGATCCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1552687/60‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:636023/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:174238/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1150346/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1132662/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:704710/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1491980/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:110061/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:777444/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1065391/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:785116/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:150105/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:804385/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1514228/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:866121/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:916419/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:93864/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:332973/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:314470/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1396971/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:276887/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1310613/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:429182/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1292649/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:458869/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1451876/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:22121/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1243770/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:570988/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1221275/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1008462/61‑1 (MQ=255)
 cATTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1473626/61‑1 (MQ=255)
  aTTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:487903/60‑1 (MQ=255)
  aTTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:484934/60‑1 (MQ=255)
  aTTCTGTGTCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1516813/60‑1 (MQ=255)
       gtgtCGGCAGAACCACGAGGAGCTGGTGAACCAGTTAGTTTTGCTACGGTGTGaa  <  1:1117184/55‑1 (MQ=255)
                              |                               
ACATTCTGTGTCGGCAGAACCTCGCGGAGCGGGTGAACCAGTTAGTTTCGCTACGGTGTGAA  >  W3110S.gb/1495764‑1495825

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A