Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,515,229 G→A G233G (GGG→GGA)  ydcT → predicted spermidine/putrescine transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,515,2290GA100.0% 606.2 / NA 211G233G (GGG→GGA) ydcTpredicted spermidine/putrescine transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (211/0);  total (211/0)

Only 100 of 211 total aligned reads displayed.

CCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAT  >  W3110S.gb/1515205‑1515264
                        |                                   
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGa                     >  1:929494/1‑41 (MQ=25)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATTTTTTTGATGGACTGAt  >  1:840565/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGtttt              >  1:45282/1‑48 (MQ=37)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTg            >  1:810934/1‑50 (MQ=38)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATg         >  1:785000/1‑53 (MQ=38)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACt     >  1:801022/1‑57 (MQ=38)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTTAt  >  1:144185/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGa   >  1:1570211/1‑59 (MQ=38)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGa   >  1:531030/1‑59 (MQ=38)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGa   >  1:67723/1‑59 (MQ=38)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGa   >  1:1280015/1‑59 (MQ=38)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGa   >  1:456631/1‑59 (MQ=38)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:504012/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:483576/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:470689/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:529654/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:550395/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:556078/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:57470/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:643262/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:444104/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:438093/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:401257/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:378032/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:373997/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:360851/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:346136/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:335058/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:322118/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:307709/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:837780/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:99236/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:983821/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:969129/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:949769/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:946611/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:939430/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:932303/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:918191/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:893267/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:849539/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:583684/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:825618/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:820973/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:793957/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:761837/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:736414/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:712261/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:658291/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:287158/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:623623/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:613821/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1224074/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:297828/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:137635/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1368374/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1343885/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1328135/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:129249/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1267150/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1262931/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1258316/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1254807/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1249154/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1384633/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1174908/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1171176/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1160170/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1159433/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1143179/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1121858/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1117482/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1084955/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1068804/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1057665/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1037472/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1583584/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1016360/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:269702/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:23134/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:221409/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:198350/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:197674/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:178739/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1642683/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1628076/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1616479/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1394041/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1550029/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1518483/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1503638/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1493733/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1480324/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:14592/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1432908/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:142679/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:142079/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1399793/1‑60 (MQ=255)
cccGCGCACGCCGTTTGGTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:249711/1‑60 (MQ=255)
ccagcgcACGCCGTTTGTTGCGGGATTCGTTGGGACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAt  >  1:1233498/4‑60 (MQ=255)
                        |                                   
CCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGAT  >  W3110S.gb/1515205‑1515264

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A