Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,516,711 C→T A79V (GCG→GTG)  ydcV → predicted spermidine/putrescine transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,516,7110CT100.0% 210.0 / NA 74A79V (GCG→GTG) ydcVpredicted spermidine/putrescine transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (66/8);  total (66/8)

CTTGATGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGCGCTGGTGTTAGGGAC  >  W3110S.gb/1516659‑1516726
                                                    |               
cTTGATGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGgtgt         <  1:465579/61‑1 (MQ=255)
cTTGATGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGgtgt         <  1:493654/61‑1 (MQ=255)
cTTGATGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGgtgt         <  1:1397800/61‑1 (MQ=255)
cTTGATGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGgtgt         <  1:467131/61‑1 (MQ=255)
cTTGATGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGgtgt         <  1:146910/61‑1 (MQ=255)
cTTGATGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGgtgt         <  1:318337/61‑1 (MQ=255)
cTTGATGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGgtgt         <  1:1097463/61‑1 (MQ=255)
cTTGATGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGgtgt         <  1:435541/61‑1 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAggg    >  1:455584/1‑61 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAggg    >  1:1452809/1‑61 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAggg    >  1:1207118/1‑61 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAggg    >  1:565068/1‑61 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAggg    >  1:410792/1‑61 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAggg    >  1:1396570/1‑61 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAggg    >  1:501329/1‑61 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAggg    >  1:253485/1‑61 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAggg    >  1:1485382/1‑61 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAgg     >  1:863800/1‑60 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:395744/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:411532/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:473440/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:379643/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:379146/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:328900/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:323320/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:289643/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:288536/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:285270/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:447206/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:233629/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:552206/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:562255/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:624202/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:631902/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:678453/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:678861/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:692071/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:716586/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:881823/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:907718/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:937733/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1412764/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1060999/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1074886/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1075369/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1100106/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1105850/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1145474/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1158087/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1177507/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1196780/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1215393/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1317442/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1346918/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1354756/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1396897/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1406924/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1588430/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:247240/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1003828/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1628223/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1626351/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1622638/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1607585/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1601977/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:25433/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1562571/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1501645/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1486994/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1484355/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1476001/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1431780/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTGTTAGGGa   >  1:1420657/1‑62 (MQ=255)
     tGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGTGCTGGTG‑TAGGGAc  >  1:763715/1‑62 (MQ=38)
                                                    |               
CTTGATGCCGTGACACTGTCACTTAAAGTGGCGGCGCTGGCGACATTAATTGCGCTGGTGTTAGGGAC  >  W3110S.gb/1516659‑1516726

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A