Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,565,237 A→G L737L (CTT→CTC)  dos ← cAMP phosphodiesterase, heme‑regulated

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,565,2370AG100.0% 588.1 / NA 200L737L (CTT→CTC) doscAMP phosphodiesterase, heme‑regulated
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/200);  total (0/200)

Only 100 of 200 total aligned reads displayed.

GACGGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCAAGTAAGGCAAGGATGCGTT  >  W3110S.gb/1565195‑1565256
                                          |                   
gacgGTTAGATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:350386/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:477805/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:613878/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:605694/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:592719/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:577498/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:557651/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:556084/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:550375/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:520705/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:511595/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:50275/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:489586/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:480975/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:620984/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:454255/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:416956/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:40020/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:38989/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:385271/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:369536/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:366549/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:365028/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:340801/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1005772/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:830008/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:995164/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:967512/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:948935/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:943142/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:936992/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:923605/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:908157/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:879571/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:873405/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:847316/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:83382/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:326208/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:823968/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:793788/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:791406/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:785346/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:76260/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:756012/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:751396/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:726136/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:723140/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:720095/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:647218/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1263407/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1466814/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:311192/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1435181/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1423177/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1411857/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1382383/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1345544/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1322339/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1311842/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1300636/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1281965/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1442824/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1230510/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:117866/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1159790/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1137199/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1132826/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1123315/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1112656/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1086043/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1075458/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1059073/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1021553/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1630267/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:307630/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:286260/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:268079/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:252376/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:245566/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:234811/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:232203/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:204448/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:186759/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:168963/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1641039/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1468484/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1622308/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1599282/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:158825/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1553336/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1539803/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1530773/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1526357/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1489915/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1488915/62‑1 (MQ=255)
gacgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1485425/62‑1 (MQ=255)
 acgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1095961/61‑1 (MQ=255)
 acgGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:657928/61‑1 (MQ=255)
   ggTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:681314/59‑1 (MQ=255)
                          tGCTGGTAATGGCTTCGAGTAAGGCAAGGATGCGtt  <  1:1070877/36‑1 (MQ=255)
                                          |                   
GACGGTTAAATTGAGGCTTTGCCCAATGCTGGTAATGGCTTCAAGTAAGGCAAGGATGCGTT  >  W3110S.gb/1565195‑1565256

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A