Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,617,057 T→G V180V (GTT→GTG)  yneJ → predicted DNA‑binding transcriptional regulator

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,617,0570TG100.0% 582.0 / NA 201V180V (GTT→GTG) yneJpredicted DNA‑binding transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (0/201);  total (0/201)

Only 100 of 201 total aligned reads displayed.

CAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGA  >  W3110S.gb/1617052‑1617113
     |                                                        
cAGGTGAATGGCAGTAAGATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCTCTTCga  <  1:849876/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACTTTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:454556/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCgt  <  1:699130/62‑2 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:398974/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:615003/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:595127/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:564934/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:555451/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:516200/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:500335/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:482141/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:470792/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:427391/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:415356/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:645273/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:394716/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:363685/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:352899/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:340642/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:3221/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:30998/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:287284/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:276403/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1007286/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:240924/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:803029/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:978767/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:962962/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:948546/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:927943/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:905927/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:878384/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:861298/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:843946/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:835778/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:827264/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:815363/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:626238/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:767285/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:73799/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:724142/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:705665/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:695368/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:687375/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:661526/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:653734/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:647001/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:243212/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1205881/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1427552/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:237210/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1399916/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1396694/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:135360/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1336086/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1304679/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:12748/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1261410/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1250195/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1218194/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1407085/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1177221/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1160564/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1151203/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1146792/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1144856/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1140800/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1121808/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1097588/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1083090/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1056618/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1017782/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1550892/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:223324/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:197979/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:186092/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:175706/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1635474/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1627867/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1604157/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:158314/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1563958/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1535343/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1520165/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1462954/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1464600/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1469219/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1471211/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1481690/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1498608/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:15019/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1525917/62‑1 (MQ=255)
cAGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTACGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:478895/62‑1 (MQ=255)
 aGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1331834/61‑1 (MQ=255)
 aGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1615977/61‑1 (MQ=255)
 aGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1598979/61‑1 (MQ=255)
 aGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:620576/61‑1 (MQ=255)
 aGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:945059/61‑1 (MQ=255)
 aGGTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:792400/61‑1 (MQ=255)
  ggTGAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCga  <  1:1069012/60‑1 (MQ=255)
     |                                                        
CAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGA  >  W3110S.gb/1617052‑1617113

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A