Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,705,324 A→G A233A (GCT→GCC)  ydgJ ← predicted oxidoreductase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,705,3240AG99.6% 825.9 / ‑5.7 281A233A (GCT→GCC) ydgJpredicted oxidoreductase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  major base G (0/280);  minor base T (0/1);  total (0/281)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01

Only 100 of 281 total aligned reads displayed.

TCACATAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGT  >  W3110S.gb/1705278‑1705341
                                              |                 
   caTAACTGCCTCTGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1237463/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCGTGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:292881/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACTATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1120220/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACGGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:24574/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCTGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:976133/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCAgggg  <  1:923477/61‑2 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:333599/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:539761/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:526655/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:514790/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:512837/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:487348/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:456085/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:42707/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:411314/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:381021/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:366700/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:353102/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:344780/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:585888/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:323420/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:307037/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:303404/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:278492/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:262583/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:245798/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:239303/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:734636/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:99512/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:95552/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:938021/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:909255/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:899309/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:867232/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:851075/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:83738/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:816125/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:775867/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:759526/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:55368/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:716147/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:712176/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:688599/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:663340/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:66043/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:653900/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:631899/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:594558/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:219661/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:55976/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1185815/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:133070/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1001749/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1305083/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1299951/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1285499/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1275321/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1255242/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1250768/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1221028/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:120876/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1201240/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1326447/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1175505/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1163507/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1147870/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1135294/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1109503/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1083358/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1066746/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1065555/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1042392/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1026065/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1003485/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1521225/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:200595/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:17414/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:173420/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:163793/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1619693/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1595004/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1589493/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1575830/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1559280/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1536635/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1349074/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1506787/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1500015/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1478803/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1462383/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1451975/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:141794/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1412194/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1392846/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1365109/61‑1 (MQ=255)
   caTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGACAGCATGGt  <  1:823755/61‑1 (MQ=255)
    aTAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:126984/60‑1 (MQ=255)
                 gATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:385540/47‑1 (MQ=255)
                 gATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:1059869/47‑1 (MQ=255)
                            gATATACCGTGCTGACTCGGCTGCTGCCAGCATGGt  <  1:143758/36‑1 (MQ=37)
                                              |                 
TCACATAACTGCCTCGGGATCCATGCACGATATACCGTGCTGACTCAGCGGCTGCCAGCATGGT  >  W3110S.gb/1705278‑1705341

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A