Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,014,972 A→G T60T (ACT→ACC)  fliE ← flagellar basal‑body component

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,014,9720AG100.0% 642.2 / NA 218T60T (ACT→ACC) fliEflagellar basal‑body component
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (218/0);  total (218/0)

Only 100 of 218 total aligned reads displayed.

GGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCACCGAGAGTGAATT  >  W3110S.gb/2014918‑2014979
                                                      |       
ggCTTTTTGCATATCGGTCTTCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1220184/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGTGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1436122/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCTCCGAGGGTGAAtt  >  1:821458/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTg      >  1:794873/1‑58 (MQ=39)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGaagt  >  1:136141/1‑60 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGaa    >  1:52226/1‑60 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGaa    >  1:443279/1‑60 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGaa    >  1:675071/1‑60 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGaa    >  1:368516/1‑60 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGaa    >  1:1486196/1‑60 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGaa    >  1:267131/1‑60 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGaa    >  1:1012479/1‑60 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGa     >  1:260954/1‑59 (MQ=39)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGa     >  1:355116/1‑59 (MQ=39)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGa     >  1:1292059/1‑59 (MQ=39)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGa     >  1:169013/1‑59 (MQ=39)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:318199/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:3323/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:22167/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:219490/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:440803/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:216016/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:209537/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:46201/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:496008/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:587042/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:812581/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:980154/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:977351/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:973067/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:94970/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:925269/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:895772/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:859348/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:844815/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:827510/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:54476/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:731886/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:722435/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:679848/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:672122/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:63800/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:624485/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:594763/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:230064/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:565335/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1242787/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1395261/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1371575/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1364712/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:13507/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1636844/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1329147/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1299996/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1278176/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1258126/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1247219/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1333922/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1238272/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:120747/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1194315/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1168558/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1139801/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1122553/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1108434/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1085052/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1061126/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1551969/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:16262/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1618736/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1599319/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1584928/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1407696/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1541661/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1512698/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1493526/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1457598/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:145035/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:1427202/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:629361/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:509659/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:48524/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:466270/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:111342/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:1591821/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:1132389/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:882060/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:865859/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:239923/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:1154391/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:24725/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:1415156/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:805260/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:1217435/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:700805/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:604343/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:404067/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAt   >  1:396289/1‑61 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAGCGCCACGACGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:242049/1‑62 (MQ=255)
ggCTTTTTGCATATCGATCATCACATCGTTTAGCGCCACGCCGGGTTCACCGAGGGTGAAtt  >  1:894277/1‑62 (MQ=255)
                                                      |       
GGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCACCGAGAGTGAATT  >  W3110S.gb/2014918‑2014979

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A