Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,101,076 G→A S225T (TCC→ACT)  ugd ← UDP‑glucose 6‑dehydrogenase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,101,0760GA100.0% 545.2 / NA 190S225T (TCC→ACT) ugdUDP‑glucose 6‑dehydrogenase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (190/0);  total (190/0)

Only 100 of 190 total aligned reads displayed.

CCTTCGATTATTTGACGGGAATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCGTTAA  >  W3110S.gb/2101059‑2101119
                 |                                           
ccTTCGATAATCTGGCTAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:8969/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCGTAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1127740/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGtt        >  1:1031767/1‑55 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:432220/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:625450/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:616594/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:605857/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:600107/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:586227/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:510102/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:484762/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:479365/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:452890/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:450911/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:448201/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:447720/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:693501/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:405504/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:397259/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:349417/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:334127/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:331439/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:305992/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:279611/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:263565/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1017760/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:802408/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:985034/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:954521/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:921565/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:913643/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:887154/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:878821/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:872489/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:869150/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:842720/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:834508/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:811847/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:639514/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:775959/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:762507/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:749058/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:74259/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:732598/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:718130/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:713848/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:703664/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:242507/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:650705/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1149137/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:226269/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1326819/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1295290/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1286200/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1270452/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1256263/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:125126/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1206988/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1194540/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1177959/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1150898/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1341945/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:114576/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1135422/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1128629/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1098342/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1082216/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1073443/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1069332/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1062832/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1047547/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1023715/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1019246/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1538175/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:213229/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:198692/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:188011/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:17382/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1650837/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1627190/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1615192/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1603651/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1592780/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1585309/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1560438/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1351859/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1526964/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1519803/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1476319/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1468210/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1447707/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1422417/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1417961/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1373440/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1372518/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTaa  >  1:1361811/1‑61 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTa   >  1:820334/1‑60 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTa   >  1:538179/1‑60 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTa   >  1:945367/1‑60 (MQ=255)
ccTTCGATAATCTGGCGAGTATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCATTa   >  1:661353/1‑60 (MQ=255)
                 |                                           
CCTTCGATTATTTGACGGGAATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCGTTAA  >  W3110S.gb/2101059‑2101119

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A