Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R2
|
489 |
0.0 |
1652083 |
58.3% |
963164 |
55.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,119,069 |
T→C |
T66A (ACG→GCG) |
wcaL ← |
predicted glycosyl transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,119,069 | 0 | T | C | 99.6%
| 673.6
/ ‑5.6
| 229 | T66A (ACG→GCG) | wcaL | predicted glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (0/228); minor base A (0/1); total (0/229) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
GCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTA > W3110S.gb/2119024‑2119083
|
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:397016/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:594095/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:580644/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:571041/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:54755/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:534918/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:51434/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:504959/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:49074/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:465485/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:452955/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:449798/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:599528/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:392339/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:38210/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:36727/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:345295/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:336519/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:298941/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:294309/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:273414/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:237184/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1010755/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:204897/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:83898/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:977921/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:970925/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:964611/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:948607/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:936284/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:930007/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:91309/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:911190/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:88304/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:853278/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:845335/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:224035/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:822399/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:772997/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:749719/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:745166/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:72048/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:691145/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:669297/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:663356/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:65059/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:626895/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:603381/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1182351/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:138119/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:179944/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1367980/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1345124/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1336017/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1319770/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:131236/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1288982/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1272904/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1254142/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1252952/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1205153/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1371819/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1165504/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1151341/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1128626/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:111457/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1109280/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1090249/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1068307/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1065870/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1056699/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1047709/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1028214/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1415328/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:173003/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:170453/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1643203/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1639302/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1635210/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1630106/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1625430/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1614479/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1610392/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1591081/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1579923/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1549069/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:15393/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1514498/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1502028/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1490222/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1446882/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1444268/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1435814/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1431843/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1404958/58‑1 (MQ=255)
gtaaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGAAGGTTCGTCCTGTa < 1:266595/58‑1 (MQ=255)
taaGGTCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:411856/58‑1 (MQ=255)
tCTGGCTGGCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:1243309/54‑1 (MQ=39)
ctggctggCGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:708882/53‑1 (MQ=39)
tggctggcGCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGCAGGTTCGTCCTGTa < 1:78393/52‑1 (MQ=39)
|
GCAAGGTCTGGCTGGCTCGGTGGCGCAGTTTCGCCACTTTGCCCGTAGGTTCGTCCTGTA > W3110S.gb/2119024‑2119083
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
