Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,241,727 C→T G299G (GGG→GGA)  mglA ← fused methyl‑galactoside transporter subunitsl and ATP‑binding components of ABC superfamily

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,241,7270CT100.0% 347.6 / NA 121G299G (GGG→GGA) mglAfused methyl‑galactoside transporter subunitsl and ATP‑binding components of ABC superfamily
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (121/0);  total (121/0)

Only 100 of 122 total aligned reads displayed.

AAATAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCCCCCACCAGACCGGCAATACCGAGGATCT  >  W3110S.gb/2241694‑2241755
                                 |                            
aaaTAACGTCTCAACAGTATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:979822/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGctcc                            >  1:1194471/1‑36 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATAc           >  1:380633/1‑53 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:588317/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:595556/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:580932/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:56414/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:556921/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:552811/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:466416/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:451803/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:447181/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:410347/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:404621/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:40188/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:386587/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:335328/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:3188/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:302174/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:288244/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:268811/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:220563/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:216945/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:207613/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:204224/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:199998/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:186212/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:817933/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:987327/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:981740/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:966097/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:954481/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:906330/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:878621/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:876773/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:874273/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:856390/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:848466/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:825673/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:594933/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:773262/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:771372/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:76699/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:766321/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:762062/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:680754/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:662519/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:651466/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:629999/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:600591/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:166326/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1163796/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1334526/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1330366/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1316156/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:12948/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1282918/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1273634/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1232145/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1231428/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1223716/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1223591/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1186851/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1352100/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1157281/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1152091/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1079592/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1067295/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1064889/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1054391/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1043443/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1030683/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1029437/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1009717/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1008258/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1471283/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1596678/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1595747/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1587321/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1576986/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1566264/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1555134/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1508222/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1497402/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1493177/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1487090/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1479213/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1465625/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1420508/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:141063/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1618388/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1398843/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1397116/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1387235/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1386151/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1361336/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtct  >  1:1006186/1‑62 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAtc   >  1:1345632/1‑61 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACCGAGAAt    >  1:1404930/1‑60 (MQ=255)
aaaTAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCTCCCACCAGACCGGCTATACAGAGAAtct  >  1:1635290/1‑62 (MQ=255)
                                 |                            
AAATAACGTCTCAACAATATCGGTACGTTTCGCCCCCACCAGACCGGCAATACCGAGGATCT  >  W3110S.gb/2241694‑2241755

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A