Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,405,398 A→G D276D (GAT→GAC)  nuoF ← NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,405,3980AG100.0% 459.1 / NA 156D276D (GAT→GAC) nuoFNADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/156);  total (0/156)

Only 100 of 156 total aligned reads displayed.

AATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCGGTGGTG  >  W3110S.gb/2405366‑2405425
                                |                           
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:381844/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:537739/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:522645/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:501954/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:501585/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:497303/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:471911/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:455789/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:406278/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:404344/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:400282/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:40022/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:545215/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:345601/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:331828/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:321429/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:311282/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:295354/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:294699/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:271680/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1002904/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:239134/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:222110/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:731851/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:986970/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:963492/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:935516/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:903243/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:888254/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:86560/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:848766/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:802906/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:785404/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:76574/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:748506/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:243275/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:699916/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:661812/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:638799/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:60462/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:590878/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:579662/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:568053/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:567616/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:557773/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:546876/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1145006/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1315247/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1310755/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1304433/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:188112/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1264627/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1238412/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1234284/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1188666/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:117738/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1145284/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1298867/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1136676/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1125597/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1105296/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1088076/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1075387/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1043354/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1041734/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1034040/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:102505/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:10102/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1441449/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:150763/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1508884/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1460184/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1578813/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1459237/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:161174/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1633427/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1644606/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1650955/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1427662/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:186709/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1388728/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1379909/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1330239/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1347666/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1344337/60‑1 (MQ=255)
aaTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1336029/60‑1 (MQ=255)
 aTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:201498/59‑1 (MQ=255)
 aTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1063529/59‑1 (MQ=255)
 aTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:752068/59‑1 (MQ=255)
 aTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:738773/59‑1 (MQ=255)
 aTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:676458/59‑1 (MQ=255)
 aTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:627837/59‑1 (MQ=255)
 aTTTCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1258179/59‑1 (MQ=255)
  tttCAGACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1441246/58‑1 (MQ=255)
       gACCGTCACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:327461/53‑1 (MQ=255)
             cACGCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1101015/47‑1 (MQ=255)
                gCATACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:358181/44‑1 (MQ=255)
                  aTACCACCGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:116236/42‑1 (MQ=255)
                      caccGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:1303907/38‑1 (MQ=255)
                        ccGGCGTAGTCTTCGAGGATCTCGCGTGCGgtggtg  <  1:617706/36‑1 (MQ=255)
                                |                           
AATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCGGTGGTG  >  W3110S.gb/2405366‑2405425

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A