Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,532,793 G→A S134S (TCG→TCA)  yfeH → predicted inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,532,7930GA100.0% 651.5 / NA 225S134S (TCG→TCA) yfeHpredicted inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/225);  total (0/225)

Only 100 of 225 total aligned reads displayed.

ATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCC  >  W3110S.gb/2532737‑2532799
                                                        |      
aTCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCAt    <  1:991953/61‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGGGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:613502/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCAtac  <  1:1423731/62‑3 (MQ=38)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:444398/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1603306/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:44104/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:4078/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:394519/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:389782/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:370107/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:362889/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:35346/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:325366/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:290146/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:278506/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:260439/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:243143/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:217937/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:21011/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:204221/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:181367/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:170385/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1001855/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1625265/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1632355/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:758723/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:98672/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:969023/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:955468/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:926143/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:904730/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:896712/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:892589/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:860586/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:81957/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:800586/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:76818/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:455525/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:754641/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:658482/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:631450/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:628388/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:592577/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:588180/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:558305/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:539177/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:517999/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:480475/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1174526/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:127451/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1268530/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1597873/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1260265/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1248625/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1240152/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1225213/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1221208/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1195945/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1185122/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1179396/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1264506/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1164463/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1137018/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1100020/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1084376/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1069669/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1062415/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1056682/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1034443/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1033190/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1024063/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1318993/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1580651/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1577706/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:157075/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1544666/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1524933/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1522289/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1487061/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1483461/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1457839/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1453527/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1290750/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1330167/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1433783/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:141123/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1347299/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1398175/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:136770/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1378613/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1384960/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGAGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:751731/62‑1 (MQ=255)
 tCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGGCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:735613/62‑1 (MQ=38)
 tCGCCTTCACCTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:725540/62‑1 (MQ=38)
  cGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:563748/61‑1 (MQ=255)
  cGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1451795/61‑1 (MQ=255)
    ccTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:83527/59‑1 (MQ=39)
        cACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGGTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1513281/55‑1 (MQ=255)
              aaTGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:1119228/49‑1 (MQ=38)
                        ggTAACGTCGCGGCGGCGGTTTGTTCTGCGTCAGCATcc  <  1:268225/39‑1 (MQ=25)
                                                        |      
ATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCC  >  W3110S.gb/2532737‑2532799

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A